PDB-8uus: Structure of Serratia proteamaculans antifeeding prophage Fibre f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uus

タイトル

Structure of Serratia proteamaculans antifeeding prophage Fibre foot domain (AfpX13)

要素

Antifeeding Prophage (Tailocin) fibre

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Anti-feeding prophage / Fibre foot / Cell binding

機能・相同性

Attachment protein shaft domain superfamily / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / virion attachment to host cell / CITRIC ACID / AMMONIUM ION / AfpX13

機能・相同性情報

生物種

Serratia proteamaculans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Young, P.G. / Hurst, M.R.H.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Serratia entomophila antifeeding prophage Fibre foot domain (Afp13)
著者: Young, P.G. / Hurst, M.R.H.

履歴

登録	2023年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uus.cif.gz	126.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uus.ent.gz	79.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uus.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/8uus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/8uus	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uutC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Antifeeding Prophage (Tailocin) fibre

B: Antifeeding Prophage (Tailocin) fibre

C: Antifeeding Prophage (Tailocin) fibre

ヘテロ分子

51.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.113, 68.241, 111.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Antifeeding Prophage (Tailocin) fibre / AfpX13 分子量: 17052.398 Da / 分子数: 3 / 断片: foot domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Serratia proteamaculans (バクテリア) 株: AGR96X / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Shuffle T7 / 参照: UniProt: A0A2R2Q2I2
#2: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.94 % / 解説: Rod
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16% PEG 3350, 0.15 M Ammonium citrate / PH範囲: 4.5 - 4.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953725 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953725 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→44.6 Å / Num. obs: 77498 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 16.91 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.47→1.49 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3684 / CC_1/2: 0.521 / R_pim(I) all: 1.112 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.47→32.62 Å / SU ML: 0.1673 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.4094
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2244	3886	5.02 %
R_work	0.1931	73493	-
obs	0.1946	77379	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.47→32.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3459	0	32	274	3765

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0057	3542
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.912	4801
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0924	571
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	597
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.8595	519

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.47-1.49	0.347	152	0.3244	2485	X-RAY DIFFRACTION	96.17
1.49-1.51	0.3125	152	0.2891	2594	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.51-1.53	0.293	128	0.2773	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.53-1.55	0.2546	139	0.2551	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.55-1.57	0.2696	137	0.2391	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.57-1.59	0.2728	135	0.2433	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.62	0.2878	130	0.2419	2583	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.62-1.64	0.2937	143	0.2326	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.67	0.2567	154	0.2233	2575	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.67-1.7	0.2768	140	0.2282	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.7-1.73	0.2498	114	0.2215	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.77	0.2652	123	0.2205	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.81	0.265	127	0.2234	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.85	0.2494	133	0.2027	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9	0.2001	129	0.1855	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.95	0.2248	105	0.1867	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.01	0.2276	163	0.183	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.07	0.1936	149	0.1759	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.14	0.2243	128	0.1862	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.23	0.2243	154	0.1795	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.23-2.33	0.2508	109	0.1859	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.45	0.2269	146	0.1964	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.61	0.2125	138	0.1967	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.81	0.2258	152	0.1967	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-3.09	0.2023	147	0.1932	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.54	0.1939	158	0.1751	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-4.46	0.2045	149	0.1609	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
4.46-10	0.2127	152	0.1829	2848	X-RAY DIFFRACTION	99.93

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)