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- PDB-8uui: X-ray structure of Interleukin-23 in complex with peptide 23-446 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uui
タイトルX-ray structure of Interleukin-23 in complex with peptide 23-446
要素
  • Interleukin-12 subunit beta
  • Interleukin-23 subunit alpha
  • peptide 23-446
キーワードCYTOKINE / IL-23
機能・相同性
機能・相同性情報


late endosome lumen / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...late endosome lumen / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / tissue remodeling / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / sexual reproduction / positive regulation of mononuclear cell proliferation / interleukin-12 receptor binding / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / positive regulation of NK T cell proliferation / T-helper cell differentiation / positive regulation of memory T cell differentiation / Interleukin-12 signaling / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / cell surface receptor signaling pathway via STAT / cytokine receptor activity / natural killer cell activation / response to UV-B / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / positive regulation of neutrophil chemotaxis / T-helper 1 type immune response / negative regulation of interleukin-10 production / defense response to protozoan / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of protein secretion / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of cell adhesion / regulation of cytokine production / cytokine activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to type II interferon / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell migration / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / protein heterodimerization activity / innate immune response / protein-containing complex binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-23 alpha / Interleukin 23 subunit alpha / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Four-helical cytokine-like, core / Immunoglobulin subtype 2 ...Interleukin-23 alpha / Interleukin 23 subunit alpha / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Four-helical cytokine-like, core / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-12 subunit beta / Interleukin-23 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Joseph, J.S. / Sridhar, V.S. / Liu, M. / Hu, Y. / Gatchalian, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: Identification of an Induced Orthosteric Pocket in IL-23: A New Avenue for Non-biological Therapeutic Targeting.
著者: Lecomte, F.C. / Joseph, J.S. / Stalewski, J. / Shen, Q. / Arnoult, E. / Sridhar, V. / Liu, M. / Hu, Y. / Gasendo, J.G. / Ben Arie, H. / Keinan, N. / Keidar, L. / Aviv, I. / Ruvinov, E. / ...著者: Lecomte, F.C. / Joseph, J.S. / Stalewski, J. / Shen, Q. / Arnoult, E. / Sridhar, V. / Liu, M. / Hu, Y. / Gasendo, J.G. / Ben Arie, H. / Keinan, N. / Keidar, L. / Aviv, I. / Ruvinov, E. / Grandjean, J. / Dores-Silva, P.R. / Mak, A. / Santoso, B. / Kim, S. / Shende, V. / Wever, W.J. / Mirzadegan, T. / Zhu, Z. / Fuchs, B. / Pinton, P. / Szabady, R.
履歴
登録2023年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Interleukin-23 subunit alpha
A: Interleukin-12 subunit beta
D: peptide 23-446
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7064
ポリマ－56,9573
非ポリマー7491
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area22340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.740, 110.740, 85.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-23 subunit alpha


分子量: 19525.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL23A / プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 GnTI / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPF7
#2: タンパク質 Interleukin-12 subunit beta / IL-12B / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / IL-12 subunit p40 / NK ...IL-12B / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / IL-12 subunit p40 / NK cell stimulatory factor chain 2 / NKSF2


分子量: 34811.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL12B, NKSF2 / プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 GnTI / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29460
#3: タンパク質・ペプチド peptide 23-446


分子量: 2620.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 19% PEG 1000, 0.1 M phosphate/citrate buffer pH 4.4, 0.2 M LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月31日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→47.95 Å / Num. obs: 44166 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.3 % / Biso Wilson estimate: 72.94 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.03 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.43→2.52 Å / 冗長度: 14.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2379 / CC1/2: 0.477 / Χ2: 0.91 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCdata processing
PHENIXdev_4788位相決定
PHENIXdev_4788精密化
Coot0.9.8モデル構築
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.43→46.48 Å / SU ML: 0.4755 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.7548
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2778 3925 8.89 %
Rwork0.2203 40241 -
obs0.2254 44166 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 79.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→46.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3343 0 50 13 3406
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00673482
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80614752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0498548
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065601
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9748492
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.460.41561380.43281484X-RAY DIFFRACTION99.82
2.46-2.490.44381360.38811398X-RAY DIFFRACTION99.74
2.49-2.520.40121540.38661451X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.560.44321400.35691398X-RAY DIFFRACTION99.94
2.56-2.590.41231380.35171455X-RAY DIFFRACTION99.87
2.59-2.630.35041440.32051466X-RAY DIFFRACTION99.63
2.63-2.670.36051330.3021389X-RAY DIFFRACTION99.87
2.67-2.720.39181440.31791438X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.770.29451370.27511486X-RAY DIFFRACTION99.88
2.77-2.820.32461340.2751408X-RAY DIFFRACTION99.81
2.82-2.870.35341460.28271430X-RAY DIFFRACTION99.94
2.87-2.930.42091460.29061454X-RAY DIFFRACTION100
2.93-2.990.3491440.28091443X-RAY DIFFRACTION99.94
2.99-3.060.36811420.28851406X-RAY DIFFRACTION99.94
3.06-3.140.34581480.30721444X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.220.42071380.28081417X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.320.25251360.24231436X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.420.27281380.22081454X-RAY DIFFRACTION100
3.42-3.550.28341380.22851456X-RAY DIFFRACTION100
3.55-3.690.25571420.2251441X-RAY DIFFRACTION99.94
3.69-3.860.26911340.21241428X-RAY DIFFRACTION100
3.86-4.060.26141400.20421434X-RAY DIFFRACTION100
4.06-4.310.23751420.19541416X-RAY DIFFRACTION100
4.31-4.650.26951350.17231474X-RAY DIFFRACTION100
4.65-5.110.22911340.17671425X-RAY DIFFRACTION100
5.11-5.850.23461520.191443X-RAY DIFFRACTION100
5.85-7.360.28221340.20471435X-RAY DIFFRACTION99.87
7.37-46.480.22831380.18551432X-RAY DIFFRACTION99.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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