[日本語] English
万見
- PDB-8uud: BCX2627 complexed with human FVIIa and soluble Tissue Factor. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uud
タイトルBCX2627 complexed with human FVIIa and soluble Tissue Factor.
要素
  • (Tissue factor) x 2
  • Coagulation factor VII Heavy Chain
  • Factor VII light chain
キーワードBLOOD CLOTTING / Factor VIIA & soluble Tissue factor
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to genistein / serine-type peptidase complex / response to carbon dioxide ...activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to genistein / serine-type peptidase complex / response to carbon dioxide / response to vitamin K / response to thyroxine / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of leukocyte chemotaxis / NGF-stimulated transcription / response to cholesterol / cytokine receptor activity / response to growth hormone / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of blood coagulation / positive regulation of TOR signaling / animal organ regeneration / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / positive regulation of endothelial cell proliferation / serine-type peptidase activity / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / positive regulation of interleukin-8 production / cytokine-mediated signaling pathway / protein processing / phospholipid binding / Golgi lumen / response to estrogen / circadian rhythm / positive regulation of angiogenesis / blood coagulation / response to estradiol / protease binding / : / vesicle / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily ...Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / alpha-L-fucopyranose / : / Coagulation factor VII / Tissue factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Krishnan, R. / Kotian, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure based Drug design of human Factor VIIa Inhibitors.
著者: Krishnan, R.
履歴
登録2023年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: Factor VII light chain
H: Coagulation factor VII Heavy Chain
T: Tissue factor
U: Tissue factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,72316
ポリマ－66,5344
非ポリマー1,19012
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9410 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area27170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.494, 82.870, 126.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 LHTU

#1: タンパク質 Factor VII light chain


分子量: 16359.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F7 / 細胞株 (発現宿主): BHK / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ) / 参照: UniProt: P08709
#2: タンパク質 Coagulation factor VII Heavy Chain / Proconvertin / Serum prothrombin conversion accelerator / SPCA


分子量: 28103.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F7 / 細胞株 (発現宿主): bhk / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ) / 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa
#3: タンパク質 Tissue factor


分子量: 8715.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F3 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P13726
#4: タンパク質 Tissue factor


分子量: 13354.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F3 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P13726

-
糖 , 2種, 2分子

#5: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 131分子

#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-XGX / (1P)-2'-[(4-carbamimidoylphenyl)carbamoyl]-4'-ethenyl-4-[(2-methylpropyl)carbamoyl][1,1'-biphenyl]-2-carboxylic acid / BCX2627


分子量: 484.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H28N4O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 14% (w/v)PEG 4K, 0.1M MgCl2, 0.1M ADA buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION,

-
データ収集

回折平均測定温度: 98 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年1月14日
放射モノクロメーター: 1.5418 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.13 Å / Num. obs: 25452 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 1.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.4 Å / Num. unique obs: 1000 / R split: 3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
CrystalClearデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→47.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 10.301 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.461 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26496 1290 4.8 %RANDOM
Rwork0.20406 ---
obs0.20697 25452 90.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.433 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å2-0 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→47.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4727 0 0 121 4848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0124875
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0164417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5831.6716514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.531.58510194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.225555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.9379.28642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.48110770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021087
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4073.4342339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4033.4342339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.835.9712839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.835.9722840
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2684.1132536
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2674.1132537
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.5757.0813676
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1235.315148
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.00635.315140
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 73 -
Rwork0.324 1488 -
obs--72 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る