PDB-8utx: Solution structure of a 12-mer peptide bearing a bicyclic Asx mot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8utx

タイトル

Solution structure of a 12-mer peptide bearing a bicyclic Asx motif mimic (BAMM) as a synthetic N-cap

要素

TRP-CYS-ASP-ALA-ALA-CYS-CYS-ALA-ALA-ALA-LYS-ALA-NH2 peptide

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / helix / synthetic N-cap

機能・相同性

1,3,5-tris(bromomethyl)benzene

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Mi, T.X. / Burgess, K.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Bioinformatics leading to conveniently accessible, helix enforcing, bicyclic ASX motif mimics (BAMMs).
著者: Mi, T. / Nguyen, D. / Gao, Z. / Burgess, K.

履歴

登録	2023年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8utx.cif.gz	139.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8utx.ent.gz	97.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8utx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8utx_validation.pdf.gz	452.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8utx_full_validation.pdf.gz	609 KB	表示
XML形式データ	8utx_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	8utx_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/8utx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/8utx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8un8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 31123Solution structure of a 12-mer peptide bearing a bicyclic Asx motif mimic (BAMM) as a synthetic N-cap

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRP-CYS-ASP-ALA-ALA-CYS-CYS-ALA-ALA-ALA-LYS-ALA-NH2 peptide

ヘテロ分子

1.54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: NMR Distance Restraints, not applicable

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	50 / 5888	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	TRP-CYS-ASP-ALA-ALA-CYS-CYS-ALA-ALA-ALA-LYS-ALA-NH2 peptide 分子量: 1182.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-ZBR / 1,3,5-tris(bromomethyl)benzene / 1,3,5-トリス(ブロモメチル)ベンゼン分子量: 356.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₉Br₃
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	1D
1	2	1	isotropic	1	2D COSY
1	3	1	isotropic	1	2D TOCSY
1	4	1	isotropic	1	2D ROESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 5 mM Ncap-12-mer, trifluoroethanol/water / Label: peptide / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料	濃度: 5 mM / 構成要素: Ncap-12-mer / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: water/TFE Not defined / Label: peptide / pH: 5 / 圧: 1 bar / 温度: 306 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
TopSpin	Bruker Biospin	chemical shift assignment
TopSpin	Bruker Biospin	peak picking
MacroModel	SCHRODINGER	structure calculation

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 3

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 5888 / 登録したコンフォーマーの数: 50

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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