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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8utx | |||||||||
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タイトル | Solution structure of a 12-mer peptide bearing a bicyclic Asx motif mimic (BAMM) as a synthetic N-cap | |||||||||
要素 | TRP-CYS-ASP-ALA-ALA-CYS-CYS-ALA-ALA-ALA-LYS-ALA-NH2 peptide | |||||||||
キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / helix / synthetic N-cap | |||||||||
機能・相同性 | 1,3,5-tris(bromomethyl)benzene 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | |||||||||
データ登録者 | Mi, T.X. / Burgess, K. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Bioinformatics leading to conveniently accessible, helix enforcing, bicyclic ASX motif mimics (BAMMs). 著者: Mi, T. / Nguyen, D. / Gao, Z. / Burgess, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8utx.cif.gz | 138.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8utx.ent.gz | 97.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8utx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8utx_validation.pdf.gz | 452.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8utx_full_validation.pdf.gz | 609 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8utx_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8utx_validation.cif.gz | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/8utx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/8utx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8un8C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1182.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZBR / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 5 mM Ncap-12-mer, trifluoroethanol/water / Label: peptide / 溶媒系: trifluoroethanol/water |
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試料 | 濃度: 5 mM / 構成要素: Ncap-12-mer / Isotopic labeling: natural abundance |
試料状態 | イオン強度: water/TFE Not defined / Label: peptide / pH: 5 / 圧: 1 bar / 温度: 306 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 3 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 5888 / 登録したコンフォーマーの数: 50 |