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- PDB-8utg: An RNA G-Quadruplex from the NS5 gene in the West Nile Virus Genome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8utg
タイトルAn RNA G-Quadruplex from the NS5 gene in the West Nile Virus Genome
要素RNA (5'-R(*UP*AP*UP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*UP*GP*GP*UP*AP*U)-3')
キーワードRNA / RNA Quadruplex / G-Quadruplex / G-tetrad / West Nile Virus / Orthoflavivirus
機能・相同性: / AMMONIUM ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種West Nile virus strain NY-99 (西ナイルウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Terrell, J.R. / Le, T.T. / Wilson, W.D. / Siemer, J.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1U19AI171403-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111749 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB2028902 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL155178 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of an RNA G-quadruplex from the West Nile virus genome.
著者: Terrell, J.R. / Le, T.T. / Paul, A. / Brinton, M.A. / Wilson, W.D. / Poon, G.M.K. / Germann, M.W. / Siemer, J.L.
履歴
登録2023年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年7月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*UP*AP*UP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*UP*GP*GP*UP*AP*U)-3')
B: RNA (5'-R(*UP*AP*UP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*UP*GP*GP*UP*AP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8337
ポリマ－13,7002
非ポリマー1325
水39622
1
A: RNA (5'-R(*UP*AP*UP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*UP*GP*GP*UP*AP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9254
ポリマ－6,8501
非ポリマー753
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (5'-R(*UP*AP*UP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*UP*GP*GP*UP*AP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9073
ポリマ－6,8501
非ポリマー572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.805, 33.805, 163.376
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: U / Beg label comp-ID: U / End auth comp-ID: U / End label comp-ID: U / Auth seq-ID: 1 / Label seq-ID: 1

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.971509729087, -0.0247860338485, 0.2357000187), (-0.0253816548387, -0.999677705292, -0.000507088737204), (0.23563662255, -0.00548981487841, -0.971825727199) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.971509729087, -0.0247860338485, 0.2357000187), (-0.0253816548387, -0.999677705292, -0.000507088737204), (0.23563662255, -0.00548981487841, -0.971825727199)
ベクター: 2.58901536556, -5.83114676972, -23.0204857678)

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*AP*UP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*UP*GP*GP*UP*AP*U)-3')


分子量: 6850.101 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) West Nile virus strain NY-99 (西ナイルウイルス)
#2: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION


分子量: 18.038 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.47 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Sitting-drop tray prepared 1:1 using an Art Robbins Crystal Gryphon. Molecular Dimensions Helix HT condition F4 (50mM KCl, 50mM Bis-Tris pH=7.0, 1.1M ammonium sulfate) yielded loopable ...詳細: Sitting-drop tray prepared 1:1 using an Art Robbins Crystal Gryphon. Molecular Dimensions Helix HT condition F4 (50mM KCl, 50mM Bis-Tris pH=7.0, 1.1M ammonium sulfate) yielded loopable crystals after 6 weeks. Crystals were directly flash frozen without cryoprotection

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月25日
放射モノクロメーター: Horizontal double crystal monochromator (DCM)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→29.28 Å / Num. obs: 8368 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 41.25 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.97→2.02 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 3.286 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 567 / CC1/2: 0.831 / Rpim(I) all: 0.85 / Rrim(I) all: 3.397 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→29.28 Å / SU ML: 0.2867 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.7178
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2426 835 10.08 %
Rwork0.1937 7450 -
obs0.1987 8285 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→29.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 908 5 22 935
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01491018
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.87741588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0889208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.022342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0557496
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.12272322381 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.090.31971350.2721208X-RAY DIFFRACTION99.33
2.09-2.250.3061360.20911205X-RAY DIFFRACTION99.33
2.26-2.480.28561380.28691201X-RAY DIFFRACTION99.85
2.48-2.840.33781320.24741230X-RAY DIFFRACTION99.85
2.84-3.580.22411430.19711244X-RAY DIFFRACTION99
3.58-29.280.20571510.15111362X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.0899780457 Å / Origin y: -2.73395615904 Å / Origin z: -13.195263151 Å
111213212223313233
T0.231130571944 Å20.0511127752448 Å2-0.00114318782027 Å2-0.212141126461 Å2-0.0233739124629 Å2--0.330229233167 Å2
L3.02636150006 °20.34372271488 °2-1.27786046885 °2-3.44926737682 °20.480283526773 °2--6.49243527035 °2
S-0.0235758115069 Å °0.210337475713 Å °-0.0703362067196 Å °-0.260594213232 Å °0.0214087386391 Å °0.0313088932687 Å °-0.0392337612711 Å °-0.200641100158 Å °-0.00258182373177 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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