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- PDB-8utc: HUMAN LEUKOCYTE ANTIGEN B*07:02 IN COMPLEX WITH SARS-COV2 EPITOPE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8utc
タイトルHUMAN LEUKOCYTE ANTIGEN B*07:02 IN COMPLEX WITH SARS-COV2 EPITOPE N105-113 (Y111F mutant)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
  • Nucleoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Viral Protein / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle ...response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / : / : / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / VEGFR2 mediated vascular permeability / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / molecular condensate scaffold activity / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / defense response / HFE-transferrin receptor complex / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / RNA stem-loop binding / Interleukin-1 signaling / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / viral capsid / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / PIP3 activates AKT signaling / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / protein refolding / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / early endosome membrane / host cell Golgi apparatus / protein homotetramerization / adaptive immune response / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / amyloid fibril formation / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Nucleoprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Oltean, N. / Nyovanie, S. / Hashem, A. / Patskovska, L. / Patskovsky, Y. / Krogsgaard, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)UL1-TR001445-06-A1-S1 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HUMAN LEUKOCYTE ANTIGEN B*07:02 IN COMPLEX WITH SARS-COV2 EPITOPE N105-113 (Y111F mutant)
著者: Oltean, N. / Nyovanie, S. / Hashem, A. / Patskovska, L. / Patskovsky, Y. / Krogsgaard, M.
履歴
登録2023年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: Nucleoprotein
F: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,14912
ポリマ－90,5046
非ポリマー6456
水5,170287
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
E: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7038
ポリマ－45,2523
非ポリマー4515
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
2
C: HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
F: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4464
ポリマ－45,2523
非ポリマー1941
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.067, 84.737, 154.189
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain


分子量: 32093.211 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01889
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 1279.464 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 105-113 (Uniprot numbering) / Mutation: Y7F / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC9

-
非ポリマー , 4種, 293分子

#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.64 % / 解説: tetragonal bipyramid
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2023年3月2日 / 詳細: SI 111 Crystal
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→44.23 Å / Num. obs: 36717 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 38.241 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 0.952 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 1.042 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1816 / CC1/2: 0.692 / CC star: 0.904 / Rpim(I) all: 0.472 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0257精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 7LG0

7lg0


解像度: 2.4→44.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 18.074 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24027 1114 3 %RANDOM
Rwork0.18337 ---
obs0.18509 35556 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.241 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2--1.6 Å2-0 Å2
3----1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6309 0 39 287 6635
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0136548
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175635
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6971.6618891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3091.57913053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.15766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.45921.088432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.833151021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1971566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027497
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021561
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.5182.8783073
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.5172.8783072
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.0184.3143833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.0174.3143834
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.2423.3063475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.2423.3063475
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.0374.7315057
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.266337239
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.28232.8117194
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A8482
12C8482
21B2946
22D2946
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 87 -
Rwork0.285 2569 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5890.2066-1.61131.4308-0.30473.22240.0327-0.01470.0929-0.098-0.0082-0.0953-0.12080.0278-0.02450.06020.0358-0.03010.0437-0.03350.0461-17.1378-16.535512.6597
25.2141-0.1354-2.14291.29530.89332.6505-0.07060.0589-0.3907-0.1449-0.0663-0.06110.0959-0.06290.13690.07030.00940.01160.0051-0.00120.0344-16.9617-31.4568-0.4171
31.6226-0.4844-2.06780.50741.06963.47590.0619-0.0180.1515-0.0034-0.02930.1419-0.2013-0.0528-0.03250.26630.04420.0210.16710.01110.1382-19.6025-58.7635-15.0522
44.0374-1.0069-1.80015.2985-0.56023.9961-0.0263-0.014-0.64620.3293-0.01770.8180.0264-0.05650.0440.22770.08480.00970.1192-0.01320.1986-20.1897-73.446-2.2819
58.6064-0.117-0.9791.26211.10471.0592-0.1096-0.0005-0.15530.08760.05420.04730.07650.06950.05540.1779-0.0066-0.03630.17320.03070.0658-18.2856-19.560232.3223
68.43222.13331.5551.3618-0.68951.7263-0.10130.07011.32010.1573-0.11670.3345-0.30320.13460.2180.24320.10690.03510.14330.04240.2184-15.2905-61.6656-34.1946
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 301
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 101
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 9

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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