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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8urk
タイトルCrystal structure of DNA N6-Adenine Methyltransferase M.BceJIV from Burkholderia cenocepacia in complex with duplex DNA substrates
要素
  • DNA1
  • DNA2
  • Methyltransferase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA N6-Adenine Methyltransferase / M.BceJIV / Burkholderia cenocepacia
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / DNA restriction-modification system / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Restriction/modification DNA-methyltransferase / DNA methylase N-4/N-6 / DNA methylase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / SINEFUNGIN / DNA / DNA (> 10) / Methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Kottur, J. / Quintana-Feliciano, R. / Aggarwal, A.K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Burkholderia cenocepacia epigenetic regulator M.BceJIV simultaneously engages two DNA recognition sequences for methylation.
著者: Quintana-Feliciano, R. / Kottur, J. / Ni, M. / Ghosh, R. / Salas-Estrada, L. / Ahlsen, G. / Rechkoblit, O. / Shapiro, L. / Filizola, M. / Fang, G. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2023年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年9月25日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase
E: DNA1
F: DNA2
C: Methyltransferase
D: Methyltransferase
B: Methyltransferase
G: DNA1
H: DNA2
I: DNA1
J: DNA2
K: DNA1
L: DNA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,64619
ポリマ－160,19712
非ポリマー2,4487
水9,926551
1
A: Methyltransferase
E: DNA1
F: DNA2
B: Methyltransferase
G: DNA1
H: DNA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,78411
ポリマ－80,0996
非ポリマー1,6865
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16190 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area23270 Å2
手法PISA
2
C: Methyltransferase
D: Methyltransferase
I: DNA1
J: DNA2
K: DNA1
L: DNA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8618
ポリマ－80,0996
非ポリマー7632
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14110 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area23730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.728, 137.728, 167.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-732-

HOH

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要素

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DNA鎖 , 2種, 8分子 EGIKFHJL

#2: DNA鎖
DNA1


分子量: 4254.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
#3: DNA鎖
DNA2


分子量: 4303.829 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ACDB

#1: タンパク質
Methyltransferase


分子量: 31490.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
遺伝子: JAO13_04290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8I1DKW0
#4: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 556分子

#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 551 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.10% w/v n-Octyl-beta-D-glucoside, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, and 22% w/v Polyethylene glycol 3350
PH範囲: 5-6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979338 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979338 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→97.39 Å / Num. obs: 49313 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.11→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.952 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2466 / CC1/2: 0.567 / % possible all: 85

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20rc3_4406: ???)精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
XDSJan 10, 2022 (BUILT 20220110)データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.11→44.27 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2342 2484 5.04 %
Rwork0.1839 --
obs0.1864 49285 55.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→44.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7932 2269 61 551 10813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610824
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84115183
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.9532228
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471640
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061558
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.11-2.150.47350.299365X-RAY DIFFRACTION1
2.15-2.20.3272100.289246X-RAY DIFFRACTION5
2.2-2.240.3286240.3025402X-RAY DIFFRACTION9
2.24-2.30.3202340.3085584X-RAY DIFFRACTION13
2.3-2.350.2672260.3083730X-RAY DIFFRACTION15
2.35-2.420.3082540.29896X-RAY DIFFRACTION19
2.42-2.490.2988490.30681145X-RAY DIFFRACTION24
2.49-2.570.3611920.30541440X-RAY DIFFRACTION31
2.57-2.660.30671040.2791817X-RAY DIFFRACTION39
2.66-2.770.31621310.2652583X-RAY DIFFRACTION55
2.77-2.890.29632110.25423942X-RAY DIFFRACTION83
2.89-3.040.29282610.23464624X-RAY DIFFRACTION99
3.04-3.230.24152450.19684692X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.480.22532470.16994720X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.830.19842580.16334689X-RAY DIFFRACTION100
3.83-4.390.19452660.13994694X-RAY DIFFRACTION100
4.39-5.530.21192270.14164773X-RAY DIFFRACTION100
5.53-44.270.23442400.1924759X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1702-0.06390.03160.028-0.00590.0156-0.0133-0.01370.30960.2216-0.0274-0.2107-0.34660.0540.04610.6637-0.0282-0.24810.17320.18730.6131-13.4643-5.7846-50.6893
21.8946-2.21260.00192.60790.22192.2148-0.0590.0858-0.219-0.21530.00090.994-0.1158-0.40990.05390.27120.0022-0.03220.1260.0750.4824-18.728-23.1143-47.6291
30.4002-0.12640.19310.5699-0.20340.6071-0.3059-0.0150.43450.1340.10670.1709-0.6778-0.1393-0.25460.3681-0.1522-0.1123-0.26380.0450.4179-5.4048-20.1203-40.3538
41.77310.79080.21091.16670.15811.40470.094-0.0316-0.2162-0.01590.06410.44860.185-0.6316-0.13190.25220.0104-0.00540.30910.01910.4795-23.7246-38.4522-34.1555
51.4463-0.12321.02892.66051.31713.34760.0016-0.1586-0.1525-0.2382-0.01090.5402-0.3288-0.87690.08430.2952-0.01870.06760.30450.04250.4605-24.6892-39.9029-35.3888
61.13640.264-0.32820.5231-0.49780.6636-0.06940.1351-0.2069-0.42320.06580.45380.3074-0.5298-0.43510.60270.1173-0.25160.886-0.17960.50817.3781-17.7324-3.2905
70.09570.3193-0.13281.0378-0.43590.18190.17520.43550.0431-0.6216-0.21610.1060.079-0.32730.0190.45010.297-0.05570.791-0.02130.256326.4071-5.751.6525
81.2023-0.6807-0.86342.7851.35891.16710.0678-0.5190.326-0.1713-0.18940.3376-0.2231-0.0690.19820.47720.22940.00420.6928-0.08010.351220.230211.137619.4185
90.6132-0.2051-0.02040.570.16530.40980.1820.1454-0.3221-0.2944-0.23770.58340.2408-0.6863-0.06350.39210.061-0.09320.8286-0.05720.51215.07-14.643410.7227
100.25220.05690.13290.13020.42141.3658-0.05760.06060.06-0.41550.0043-0.5075-0.09650.38790.15130.82120.29170.41750.81360.35950.816253.07788.0282-6.4374
110.1856-0.04920.16080.0391-0.01960.1619-0.1923-0.02910.12360.1118-0.0316-0.1688-0.2851-0.03190.12381.0070.42790.12180.88060.36540.734137.67117.1683-6.2382
120.60810.0982-0.30940.15620.14690.4326-0.01040.09550.021-0.3206-0.0334-0.1715-0.1359-0.1448-0.03250.92780.22240.30170.89210.34530.531443.30134.8491-12.8729
130.55350.561-0.42521.17820.24051.060.20210.2383-0.1229-0.5022-0.1573-0.1781-0.2531-0.0299-0.00430.60.3460.16020.74730.15670.439841.299-1.4285-5.4217
140.2742-0.04480.09010.7749-0.08830.43380.02240.10080.0189-0.2753-0.25060.0716-0.057-0.1123-0.00620.42550.3990.09760.6240.13070.352633.30862.51674.7309
151.25170.8051-0.41011.12420.30050.69640.1747-0.01170.2408-0.0418-0.3098-0.5783-0.0430.0480.03420.32070.13490.03640.42610.06320.407247.3172-11.34619.0599
160.2166-0.229-0.24710.78580.36990.93430.04640.18510.5475-0.3542-0.1453-0.6953-0.32320.10160.03310.35680.13490.0970.53750.16130.638646.8084.654210.1122
170.9847-0.0873-0.20212.4535-0.44080.97670.17570.3120.309-0.0637-0.291-0.1709-0.42520.1799-0.02250.6690.05610.33930.5610.37631.126854.96213.54024.2592
181.06130.64690.12950.62480.39710.45130.07180.1943-0.71190.20580.0015-0.1990.46820.10280.16480.4050.01460.0350.2458-0.16690.69096.7193-60.0462-52.1514
191.64730.51111.72580.53560.53841.8238-0.09910.5499-0.31-0.19660.1168-0.1260.01460.3748-0.09510.19350.00950.01110.1457-0.12730.41455.898-44.8304-53.0628
200.5107-0.0076-0.15130.3363-0.31040.3229-0.12530.2076-0.0393-0.14450.02940.0103-0.17980.0960.02360.0885-0.1583-0.04790.0061-0.00140.30210.8848-35.8589-46.6232
210.5628-0.01320.05470.3069-0.09560.5342-0.05890.0954-0.1005-0.05550.03290.21390.1232-0.0699-0.09570.1096-0.222-0.01520.02970.06040.3395-4.0293-40.4884-44.0727
220.8360.57870.69370.53640.27820.87830.0506-0.436-0.21640.3542-0.07050.18250.1519-0.2183-0.14680.194-0.03850.14690.19160.13910.4092-14.3481-43.5233-24.1311
231.9718-0.62850.30011.97580.52740.8497-0.008-0.0722-0.0067-0.04570.1344-0.32240.19640.12320.20460.21990.01060.04420.03920.05070.26679.5545-41.9357-31.8301
240.4203-0.3226-0.24290.77410.39830.924-0.0822-0.0012-0.49120.14440.1375-0.1260.4110.20530.05150.22670.05520.01220.1201-0.03020.51217.7517-54.0782-40.6348
252.3260.454-0.66962.0702-0.20360.76910.10650.16920.35990.10180.0692-0.3974-0.72150.74320.50070.3611-0.20870.04440.35680.09240.38820.3402-27.4903-37.9549
260.25060.02260.72450.68790.16893.53-0.06460.14120.1524-0.40880.036-0.3695-0.02481.08670.15240.4235-0.21090.02190.40880.03230.331521.4581-26.0356-38.7887
271.3097-0.3843-0.8082.38440.24330.6240.46680.084-0.2862-0.04720.0632-0.2939-0.02650.325-0.43970.3890.039-0.02920.6337-0.06920.360441.3524-22.178313.6304
280.79550.22490.32421.35570.30160.7685-0.01690.4-0.2734-0.21660.0635-0.20670.5879-0.3733-0.04660.50520.15020.0460.53160.00190.311642.8283-22.808412.659
290.85930.37230.13651.4505-0.04740.17560.18470.28490.6454-0.2772-0.1340.2457-0.1535-0.57810.3950.83850.3358-0.03840.76610.16130.573224.788719.47877.3694
300.1452-0.25840.19660.755-0.80781.82070.07350.61560.14910.00150.01240.0619-0.83280.05840.00280.60830.283-0.04430.86530.06130.50623.648420.29486.977
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 54 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 55 through 76 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 77 through 279 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 14 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 14 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'G' and (resid 30 through 94 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 95 through 163 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'G' and (resid 164 through 197 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'G' and (resid 198 through 279 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'J' and (resid 34 through 63 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'J' and (resid 64 through 76 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'J' and (resid 77 through 94 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'J' and (resid 95 through 120 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'J' and (resid 121 through 154 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'J' and (resid 155 through 186 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'J' and (resid 187 through 245 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'J' and (resid 246 through 277 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 30 through 54 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 55 through 106 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 107 through 140 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 141 through 163 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 164 through 197 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 198 through 210 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 211 through 278 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 1 through 14 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 1 through 14 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 1 through 14 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'I' and (resid 1 through 14 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'K' and (resid 1 through 14 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'L' and (resid 1 through 14 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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