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- PDB-8ura: Crystal structure of Corynebacterium ulcerans endo-beta-N-acetylg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ura
タイトルCrystal structure of Corynebacterium ulcerans endo-beta-N-acetylglucosaminidase catalytically inactive CU43 D187A-E189A at 2.6 A resolution (space group P21)
要素Corynebacterial protease CP40
キーワードHYDROLASE / Endoglycosidase / GH18 family / endo-beta-N-acetylglucosaminidase / single-domain IgG-specific
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium ulcerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Sastre, D.E. / Sultana, N. / Sundberg, E.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Potent efficacy of an IgG-specific endoglycosidase against IgG-mediated pathologies.
著者: Sastre, D.E. / Bournazos, S. / Du, J. / Boder, E.J. / Edgar, J.E. / Azzam, T. / Sultana, N. / Huliciak, M. / Flowers, M. / Yoza, L. / Xu, T. / Chernova, T.A. / Ravetch, J.V. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2023年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Corynebacterial protease CP40
B: Corynebacterial protease CP40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,2152
ポリマ－92,2152
非ポリマー00
水1,00956
1
A: Corynebacterial protease CP40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1071
ポリマ－46,1071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Corynebacterial protease CP40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1071
ポリマ－46,1071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.514, 70.897, 73.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Corynebacterial protease CP40


分子量: 46107.309 Da / 分子数: 2 / 変異: D187A, E189A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium ulcerans (バクテリア)
遺伝子: cpp, CULC0211_20780 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A830QWM5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.77 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Ammonium acetate 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 17% (w/v) PEG 10,000 (JCSG+,H6)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 18310 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.144 / Rsym value: 0.132 / Χ2: 0.833 / Net I/σ(I): 14.15
反射 シェル解像度: 2.59→2.64 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.632 / Num. unique obs: 1810 / CC1/2: 0.852 / CC star: 0.959 / Rpim(I) all: 0.272 / Rrim(I) all: 0.689 / Rsym value: 0.632 / Χ2: 0.387 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→44.84 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 1809 9.93 %
Rwork0.1913 --
obs0.1971 18218 95.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→44.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5089 0 0 56 5145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075210
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0727049
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8081894
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063751
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009920
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.650.30751230.26551201X-RAY DIFFRACTION90
2.65-2.730.28871400.24251187X-RAY DIFFRACTION91
2.73-2.820.29211280.22081182X-RAY DIFFRACTION90
2.82-2.920.25471520.2251277X-RAY DIFFRACTION98
2.92-3.040.28511230.23071301X-RAY DIFFRACTION99
3.04-3.180.32491630.21831289X-RAY DIFFRACTION99
3.18-3.340.27641410.20461289X-RAY DIFFRACTION99
3.34-3.550.24931570.18971306X-RAY DIFFRACTION99
3.55-3.830.27041420.17831301X-RAY DIFFRACTION99
3.83-4.210.23851380.16781282X-RAY DIFFRACTION97
4.21-4.820.17651250.16111240X-RAY DIFFRACTION93
4.82-6.070.23361240.17131215X-RAY DIFFRACTION90
6.07-44.840.21861530.17991339X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3878-0.1513-0.22631.8202-1.45392.8524-0.06330.19670.56280.04510.0725-0.0149-0.2966-0.038-0.0340.369-0.0550.03130.274-0.01270.298-2.7-3.102-33.154
26.8155-1.0766-0.34721.39690.11090.9908-0.14880.4393-0.3471-0.1277-0.00680.17080.1148-0.21460.13460.3777-0.04230.0450.4641-0.03860.2383-30.58819.178-10.7
31.93690.8366-0.22321.31480.21914.8053-0.1102-0.1271-0.18310.0744-0.077-0.03590.24920.02610.18940.23540.09010.04350.32120.02010.3985-22.25318.5847.863
43.8827-0.1690.13081.4418-0.43172.6932-0.13110.7333-0.1176-0.1569-0.0743-0.00880.04070.2760.25140.3104-0.02530.04270.45560.02050.2766-15.85227.195-12.761
53.7711-0.2954-2.18121.8680.50062.0745-0.0114-0.3752-0.26450.04790.1025-0.26190.1839-0.0376-0.06310.3096-0.0723-0.00180.3354-0.05280.3009-3.416-13.56-28.106
62.68320.27480.07320.58230.03722.9571-0.09140.04360.1302-0.01950.01010.0936-0.1339-0.2709-0.00030.2961-0.01770.0190.237-0.02260.2903-14.486-13.822-22.287
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 246:368 )A246 - 368
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 48:140 )B48 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 141:245 )B141 - 245
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 246:369 )B246 - 369
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 40:71 )A40 - 71
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 72:245 )A72 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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