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- PDB-8uqu: Crystal Structure of N-terminal Domain of Fic Family Protein from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uqu
タイトルCrystal Structure of N-terminal Domain of Fic Family Protein from Bordetella bronchiseptica
要素Fido domain-containing protein
キーワードTRANSFERASE / CSBID / Fic / structural genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases
機能・相同性Fido domain-containing protein / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / ATP binding / D(-)-TARTARIC ACID / Fido domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of N-terminal Domain of Fic Family Protein from Bordetella bronchiseptica
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2023年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fido domain-containing protein
B: Fido domain-containing protein
C: Fido domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,31722
ポリマ－124,2363
非ポリマー2,08119
水2,072115
1
A: Fido domain-containing protein
B: Fido domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,36317
ポリマ－82,8242
非ポリマー1,53815
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Fido domain-containing protein
ヘテロ分子

C: Fido domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,90910
ポリマ－82,8242
非ポリマー1,0858
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)149.971, 149.971, 371.921
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Fido domain-containing protein


分子量: 41412.137 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
遺伝子: BB0907 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 Magic / 参照: UniProt: A0A0H3LJJ5

-
非ポリマー , 6種, 134分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.1 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein: 4.5 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3, 5% Gly, 2mM GDP, 2mM Magnesium chloride; Screen: Classics II (C6), 0.8M Sodium/Potassium tartrate, 0.1M Bis-Tris pH 8.5, 0.5% (w/v) ...詳細: Protein: 4.5 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3, 5% Gly, 2mM GDP, 2mM Magnesium chloride; Screen: Classics II (C6), 0.8M Sodium/Potassium tartrate, 0.1M Bis-Tris pH 8.5, 0.5% (w/v) PEG 5000 MME; Cryo: 20% Glycerole in screen solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月16日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→30 Å / Num. obs: 53143 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.5 % / Biso Wilson estimate: 78.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rpim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.199 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.95→3 Å / 冗長度: 17.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2590 / CC1/2: 0.593 / CC star: 0.863 / Rpim(I) all: 0.528 / Χ2: 0.992 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→29.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 20.12 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2069 2699 5.1 %RANDOM
Rwork0.1776 ---
obs0.1791 50134 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 180.28 Å2 / Biso mean: 78.553 Å2 / Biso min: 49.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20.4 Å20 Å2
2--0.79 Å2-0 Å2
3----2.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→29.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6000 0 137 115 6252
Biso mean--118.48 69.94 -
残基数----749
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0136258
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0155864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3751.6438455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.371.5713459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.6175743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg20.53620.85353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.409151028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.5821555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2771
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0540.026999
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0460.021487
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.026 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 143 -
Rwork0.338 3639 -
all-3782 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.94441.9018-0.17654.29531.89483.9633-0.11290.1111-0.3041-0.55450.2973-0.1896-0.07040.4798-0.18440.3301-0.0801-0.00630.0813-0.02750.0293-25.212127.69817.9384
211.4437-3.5475-2.99612.37410.85976.83080.0692-0.35450.0644-0.14550.0040.0455-0.5963-0.0478-0.07320.3015-0.0359-0.00870.0448-0.02720.0796-39.760236.607829.6909
33.9232-1.33640.42773.112-0.97882.9859-0.0092-0.0239-0.1243-0.24740.0470.48050.0515-0.7375-0.03790.367-0.0734-0.16560.3211-0.06870.1746-53.23522.497516.2735
41.14180.1725-0.03922.33050.62993.82990.16960.11090.0578-0.3597-0.11470.0618-0.1445-0.1028-0.05490.3659-0.0289-0.09420.0926-0.02930.0938-37.873826.48239.6652
52.77754.44390.232512.71581.75053.78080.2845-0.25430.2265-0.32510.1128-0.0108-0.44540.3185-0.39730.3185-0.08180.05880.1614-0.10910.1611-37.32342.207824.2037
66.1262-0.3051-1.0651.97551.47631.2568-0.160.1189-0.1056-0.40640.06990.1971-0.33830.14420.09020.3663-0.19640.02710.2467-0.11030.0809-16.760236.780314.09
78.48870.56964.19951.73261.01022.4366-0.2257-0.3057-0.03010.25590.13920.10590.0043-0.08480.08650.1432-0.06650.0180.13310.0080.073-19.796235.536541.4796
82.9452-1.09841.13994.0203-0.32432.1931-0.09080.03540.2017-0.27690.0659-0.7130.06610.5380.02490.1492-0.13430.02060.38260.0220.2738-0.577746.517834.7291
92.47280.48770.30423.1922-0.12223.0729-0.00690.3559-0.1243-0.38770.0801-0.35960.27060.4875-0.07320.2513-0.11310.070.2354-0.05830.1112-7.653638.612921.8402
102.17216.0371-1.569120.26962.500414.6209-0.08520.1427-0.1289-0.2781-0.3598-0.1792-0.023-1.5870.4450.0174-0.0050.01150.25050.06270.2068-19.55125.795944.2206
113.6437-0.3356-1.83082.1334-1.05261.63620.0955-0.0353-0.0374-0.4872-0.1261-0.06980.19640.07680.03070.385-0.08980.00940.13130.06440.3262-7.73884.622732.7764
121.308-0.0151-0.19224.0494-0.35612.58770.0278-0.2023-0.00640.2950.1133-0.31840.08570.1658-0.14120.1533-0.1523-0.0760.26160.05050.0648-4.327661.251746.6242
131.581-0.3124-1.48559.7362-5.19224.65230.1566-0.0617-0.42990.1091-0.20550.9440.0231-0.02520.04890.4759-0.35940.07510.5252-0.03240.4916-21.990159.7938.3024
142.67250.28190.05654.1359-0.16431.5376-0.07-0.2810.30880.13020.06270.251-0.2466-0.30010.00730.2574-0.1367-0.03730.26450.01980.1293-11.691776.463539.7965
1512.5295-0.064113.71649.0365-9.535824.93150.45120.1407-0.19260.4541-0.467-0.21550.01740.63990.01580.0743-0.0825-0.0280.15030.00360.091813.959578.534848.1859
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2A26 - 49
3X-RAY DIFFRACTION3A50 - 169
4X-RAY DIFFRACTION4A170 - 268
5X-RAY DIFFRACTION5A269 - 282
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 31
7X-RAY DIFFRACTION7B32 - 49
8X-RAY DIFFRACTION8B50 - 172
9X-RAY DIFFRACTION9B173 - 276
10X-RAY DIFFRACTION10B277 - 285
11X-RAY DIFFRACTION11C1 - 35
12X-RAY DIFFRACTION12C36 - 124
13X-RAY DIFFRACTION13C125 - 166
14X-RAY DIFFRACTION14C167 - 275
15X-RAY DIFFRACTION15C276 - 283

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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