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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uqs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Opossum p53 tetramerization domain | ||||||
要素 | Cellular tumor antigen p53 (Fragment) | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Opossum p53 tetramerization domain stability | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein tetramerization / transcription cis-regulatory region binding / 細胞周期 / DNA-binding transcription factor activity / apoptotic process / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Monodelphis domestica (ハイイロジネズミオポッサム) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Wahba, H.M. / Sakaguchi, S. / Nakagawa, N. / Wada, J. / Kamada, R. / Sakaguchi, K. / Omichinski, J.G. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023 タイトル: Highly Similar Tetramerization Domains from the p53 Protein of Different Mammalian Species Possess Varying Biophysical, Functional and Structural Properties. 著者: Sakaguchi, S. / Nakagawa, N. / Wahba, H.M. / Wada, J. / Kamada, R. / Omichinski, J.G. / Sakaguchi, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8uqs.cif.gz | 93.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8uqs.ent.gz | 72.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8uqs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/8uqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/8uqs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8uqrC 8uqtC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4013.499 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Monodelphis domestica (ハイイロジネズミオポッサム) 遺伝子: p53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8HY32 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.68 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG 1000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: 7B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→32.31 Å / Num. obs: 24100 / % possible obs: 90.51 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.46 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.398 Å / Num. unique obs: 1080 / CC1/2: 0.662 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→32.31 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.35 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→32.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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