PDB-8upz: Minimal PutA proline dehydrogenase domain (design #2) complexed w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8upz

タイトル

Minimal PutA proline dehydrogenase domain (design #2) complexed with (Prop-2-ynylthio)acetic acid

要素

Bifunctional protein PutA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / BETA/ALPHA BARREL / FLAVOENZYME / PROLINE CATABOLISM

機能・相同性

機能・相同性情報

proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline catabolic process to L-glutamate / : / cytoplasmic side of plasma membrane / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sinorhizobium meliloti SM11 (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Tanner, J.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Noncovalent Inhibition and Covalent Inactivation of Proline Dehydrogenase by Analogs of N -Propargylglycine.
著者: Tanner, J.J. / Ji, J. / Bogner, A.N. / Scott, G.K. / Patel, S.M. / Seravalli, J. / Gates, K.S. / Benz, C.C. / Becker, D.F.

履歴

登録	2023年10月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8upz.cif.gz	322.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8upz.ent.gz	259.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8upz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8upz_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8upz_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8upz_validation.xml.gz	40.2 KB	表示
CIF形式データ	8upz_validation.cif.gz	56 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/8upz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/8upz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uq0C 8uq1C 9c8aC 9c8bC 9c8cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Bifunctional protein PutA

B: Bifunctional protein PutA

ヘテロ分子

89.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: scanning transmission electron microscopy

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.788, 54.930, 75.825
Angle α, β, γ (deg.)	103.91, 100.56, 108.49
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Bifunctional protein PutA 分子量: 43773.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti SM11 (根粒菌) 遺伝子: putA, SM11_chr0102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: F7X6I3, proline dehydrogenase, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-X79 / (Prop-2-ynylthio)acetic acid 分子量: 130.165 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.05 - 0.2 M sodium formate, 19 - 24% PEG 3350 (w/v)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→70.62 Å / Num. obs: 126208 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.036 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 16.4 / Num. measured all: 472716
反射シェル	解像度: 1.38→1.4 Å / % possible obs: 83.3 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.521 / Num. measured all: 21862 / Num. unique obs: 5893 / CC_1/2: 0.823 / R_pim(I) all: 0.312 / R_rim(I) all: 0.609 / Net I/σ(I) obs: 2.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.38→70.62 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 19.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1864	6180	4.9 %
R_work	0.1638	-	-
obs	0.1649	126189	88.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→70.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5939	0	136	582	6657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6256
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.857	8505
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.687	2257
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	960
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1083

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.38-1.4	0.2887	183	0.2421	3763	X-RAY DIFFRACTION	83
1.4-1.41	0.2611	197	0.237	3786	X-RAY DIFFRACTION	84
1.41-1.43	0.2381	175	0.2311	3726	X-RAY DIFFRACTION	82
1.43-1.45	0.2558	203	0.2226	3645	X-RAY DIFFRACTION	80
1.45-1.47	0.2062	176	0.2091	3657	X-RAY DIFFRACTION	82
1.47-1.49	0.2228	203	0.2005	4043	X-RAY DIFFRACTION	88
1.49-1.51	0.2238	185	0.1952	3959	X-RAY DIFFRACTION	87
1.51-1.53	0.2174	221	0.1888	3996	X-RAY DIFFRACTION	88
1.53-1.55	0.231	211	0.1797	4040	X-RAY DIFFRACTION	90
1.55-1.58	0.1952	214	0.1764	4123	X-RAY DIFFRACTION	91
1.58-1.61	0.2104	194	0.1803	4061	X-RAY DIFFRACTION	90
1.61-1.64	0.2135	203	0.1821	4060	X-RAY DIFFRACTION	90
1.64-1.67	0.2304	227	0.1901	4124	X-RAY DIFFRACTION	91
1.67-1.7	0.2187	229	0.1849	4114	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7-1.74	0.2023	207	0.1819	4131	X-RAY DIFFRACTION	91
1.74-1.78	0.1978	235	0.1717	4035	X-RAY DIFFRACTION	90
1.78-1.82	0.2016	214	0.1753	4033	X-RAY DIFFRACTION	89
1.82-1.87	0.1946	209	0.1695	3982	X-RAY DIFFRACTION	88
1.87-1.93	0.2251	224	0.1786	3835	X-RAY DIFFRACTION	85
1.93-1.99	0.1976	196	0.1817	3425	X-RAY DIFFRACTION	76
1.99-2.06	0.2075	217	0.1731	4232	X-RAY DIFFRACTION	93
2.06-2.14	0.1924	216	0.1636	4262	X-RAY DIFFRACTION	95
2.14-2.24	0.1937	234	0.1675	4290	X-RAY DIFFRACTION	95
2.24-2.36	0.1824	213	0.169	4293	X-RAY DIFFRACTION	94
2.36-2.51	0.2136	192	0.167	4245	X-RAY DIFFRACTION	93
2.51-2.7	0.1828	209	0.1684	4191	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7-2.97	0.1848	206	0.1684	4075	X-RAY DIFFRACTION	90
2.97-3.4	0.1974	212	0.1577	3913	X-RAY DIFFRACTION	86
3.4-4.29	0.1506	185	0.1401	3756	X-RAY DIFFRACTION	83
4.29-70.62	0.1369	190	0.1352	4214	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0733	0.3107	-0.0674	1.9144	-0.2927	1.3821	-0.0389	0.0465	-0.0139	-0.158	0.0354	0.0383	0.0231	-0.1062	0.0014	0.1428	0.0191	0.0042	0.1102	-0.0157	0.0982	11.882	20.339	51.8531
2	1.2593	0.2824	0.016	1.0725	-0.3534	1.5427	0.0141	-0.0189	0.0625	0.0427	0.0021	0.0505	-0.0498	0.0008	-0.0049	0.0764	0.0023	0.0092	0.1057	-0.009	0.1161	26.171	5.6523	17.3057

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 25 - 522 / Label seq-ID: 25 - 522

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	chain A	A	A
2	2	chain B	B	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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