PDB-8upc: Structure of atypical asparaginase from Rhodospirillum rubrum (mu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8upc

タイトル

Structure of atypical asparaginase from Rhodospirillum rubrum (mutant K158M)

要素

Asparaginase

キーワード

HYDROLASE / Asparaginase / wild type / atypical / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

asparaginase / asparaginase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Lubkowski, J. / Wlodawer, A. / Zhang, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: RrA, an enzyme from Rhodospirillum rubrum, is a prototype of a new family of short-chain L-asparaginases.
著者: Zhang, D. / Czapinska, H. / Bochtler, M. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J.

履歴

登録	2023年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8upc.cif.gz	153.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8upc.ent.gz	119.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8upc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/8upc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/8upc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uooC 8uorC 8uouC 8uowC 8up3C 8up6C 8up7C 8up8C 8up9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

39.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.151, 77.505, 58.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- CL
2	1	B-201- CL
3	1	A-434- HOH
4	1	B-428- HOH

#1: タンパク質	Asparaginase 分子量: 19803.510 Da / 分子数: 2 / 変異: K158M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア) 遺伝子: Rru_A3730 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q2RMX1, asparaginase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 uL 18 mg/mL protein in 50 mM HEPES, pH 7.0, 150 mM sodium chloride + 0.2 uL reservoir Molecular Dimensions Morpheus B12, pH 8.5) PH範囲: 7.5 - 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Stream of liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→40 Å / Num. obs: 99988 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 11 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 27.5
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / Num. unique obs: 3707 / CC_1/2: 0.762

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.2→39.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 0.829 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16396	1843	2 %	RANDOM
R_work	0.13939	-	-	-
obs	0.13988	91411	90.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.754 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.2→39.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2431	0	14	341	2786

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.802	1.64	3450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.533	1.575	5783
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.57	5	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.011	19.839	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.164	15	427
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.715	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2887
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	552
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.625	1.684	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.625	1.682	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.304	2.529	1671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.303	2.531	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.718	2.097	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.717	2.097	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.326	3.009	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.17	22.25	2830
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.892	21.39	2742
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.587	3	5058
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.2→1.227 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.43	57	-
R_work	0.391	2277	-
obs	-	-	30.93 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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