PDB-8up9: Structure of atypical asparaginase from Rhodospirillum rubrum (mu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8up9

タイトル

Structure of atypical asparaginase from Rhodospirillum rubrum (mutant K19Q)

要素

Asparaginase

キーワード

HYDROLASE / Asparaginase / wild type / atypical / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

asparaginase / asparaginase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Lubkowski, J. / Wlodawer, A. / Zhang, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: RrA, an enzyme from Rhodospirillum rubrum, is a prototype of a new family of short-chain L-asparaginases.
著者: Zhang, D. / Czapinska, H. / Bochtler, M. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J.

履歴

登録	2023年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8up9.cif.gz	154.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8up9.ent.gz	120 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8up9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8up9_validation.pdf.gz	460.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8up9_full_validation.pdf.gz	462.5 KB	表示
XML形式データ	8up9_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	8up9_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/8up9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/8up9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uooC 8uorC 8uouC 8uowC 8up3C 8up6C 8up7C 8up8C 8upcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

40.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.572, 77.368, 57.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- CL
2	1	B-201- CL
3	1	A-427- HOH

#1: タンパク質	Asparaginase 分子量: 19800.443 Da / 分子数: 2 / 変異: K19Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア) 遺伝子: Rru_A3730 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q2RMX1, asparaginase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 uL 16 mg/mL protein in 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride + 0.2 uL reservoir (Molecular Dimensions Morpheus C9 1,2, pH 8.5) PH範囲: 7.5 - 8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Stream of liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月18日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.47→40 Å / Num. obs: 55366 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.097 / Χ²: 0.906 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 343857

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.47-1.5	5.8	0.779	2777	0.763	0.93	0.355	0.859	0.698	99.6
1.5-1.52	6.1	0.649	2767	0.816	0.948	0.284	0.71	0.728	99.9
1.52-1.55	6.5	0.586	2759	0.851	0.959	0.25	0.639	0.763	99.9
1.55-1.58	6.7	0.518	2782	0.891	0.971	0.218	0.564	0.76	99.9
1.58-1.62	6.6	0.466	2728	0.914	0.977	0.196	0.507	0.774	99.7
1.62-1.66	6.5	0.386	2773	0.924	0.98	0.164	0.42	0.839	99.6
1.66-1.7	6.4	0.317	2756	0.94	0.985	0.136	0.346	0.89	99.5
1.7-1.74	6	0.262	2736	0.947	0.986	0.117	0.288	0.908	99.1
1.74-1.79	5.9	0.215	2760	0.958	0.989	0.097	0.237	0.906	98.9
1.79-1.85	6.8	0.189	2782	0.972	0.993	0.08	0.205	0.93	99.8
1.85-1.92	6.6	0.155	2797	0.982	0.995	0.067	0.169	0.986	99.8
1.92-2	6.5	0.131	2754	0.984	0.996	0.057	0.143	1.057	99.6
2-2.09	6.4	0.109	2788	0.988	0.997	0.048	0.119	1.034	99.5
2.09-2.2	6.2	0.097	2786	0.99	0.997	0.043	0.107	1.066	99.4
2.2-2.33	5.9	0.089	2744	0.989	0.997	0.041	0.099	1.122	98.3
2.33-2.51	5.3	0.078	2748	0.99	0.997	0.037	0.087	1.047	96.4
2.51-2.77	6.4	0.075	2784	0.993	0.998	0.033	0.082	1.027	98.9
2.77-3.17	6.2	0.07	2789	0.992	0.998	0.031	0.077	0.956	97.8
3.17-3.99	6	0.066	2750	0.992	0.998	0.03	0.073	0.882	95.6
3.99-40	5.5	0.068	2806	0.986	0.996	0.032	0.076	0.771	92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.47→39.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 2.236 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16911	1345	2.5 %	RANDOM
R_work	0.12722	-	-	-
obs	0.12826	52680	95.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.265 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.45 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.47→39.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2476	0	31	296	2803

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	2574
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.969	1.644	3480
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.582	1.574	5792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.473	5	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	22.574	20.656	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.562	15	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.266	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	341
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2911
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	539
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.736	1.761	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.735	1.758	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.488	2.646	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.488	2.649	1691
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.859	2.344	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.857	2.344	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.964	3.302	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.446	23.724	2870
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.276	23.159	2809
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.475	3	5086
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.47→1.505 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	83	-
R_work	0.193	2972	-
obs	-	-	74.57 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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