PDB-8up7: Structure of atypical asparaginase from Rhodospirillum rubrum (mu...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 8up7

タイトル

Structure of atypical asparaginase from Rhodospirillum rubrum (mutant K19A)

要素

Asparaginase

キーワード

HYDROLASE / Asparaginase / wild type / atypical / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

asparaginase / asparaginase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Lubkowski, J. / Wlodawer, A. / Zhang, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: RrA, an enzyme from Rhodospirillum rubrum, is a prototype of a new family of short-chain L-asparaginases.
著者: Zhang, D. / Czapinska, H. / Bochtler, M. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J.

履歴

登録	2023年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8up7.cif.gz	80.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8up7.ent.gz	57.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8up7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8up7_validation.pdf.gz	431.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8up7_full_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示
XML形式データ	8up7_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	8up7_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/8up7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/8up7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uooC 8uorC 8uouC 8uowC 8up3C 8up6C 8up8C 8up9C 8upcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

39.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.106, 77.358, 58.202
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-201- CL
2	1	B-408- HOH

#1: タンパク質	Asparaginase 分子量: 19743.393 Da / 分子数: 2 / 変異: K19A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア) 遺伝子: Rru_A3730 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q2RMX1, asparaginase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 uL 16 mg/mL protein in 50 mM HEPES, pH 7, 150 mM sodium chloride + 0.2 uL reservoir (Molecular Dimensions Morpheus D9, pH 8.5) PH範囲: 7-8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Stream of liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月16日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 34698 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 11.1 % / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.116 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.121 / Χ²: 0.942 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 386113

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	7.2	1.091	1681	0.767	0.932	0.377	1.16	0.874	93.1
1.73-1.76	8.7	1.045	1741	0.852	0.959	0.334	1.1	0.871	96.8
1.76-1.79	9.8	0.971	1761	0.837	0.955	0.299	1.018	0.875	98.2
1.79-1.83	10.7	0.839	1775	0.884	0.969	0.253	0.878	0.901	99.6
1.83-1.87	11.7	0.741	1789	0.923	0.98	0.219	0.774	0.924	99.6
1.87-1.91	12.2	0.618	1797	0.944	0.985	0.181	0.644	0.93	99.8
1.91-1.96	12.7	0.507	1810	0.96	0.99	0.146	0.528	0.965	99.9
1.96-2.02	12.7	0.389	1824	0.978	0.995	0.113	0.405	0.962	99.8
2.02-2.07	12.4	0.303	1776	0.984	0.996	0.089	0.316	0.957	99.2
2.07-2.14	11.2	0.258	1780	0.98	0.995	0.08	0.271	0.962	98.7
2.14-2.22	13.3	0.218	1814	0.989	0.997	0.061	0.226	0.959	99.7
2.22-2.31	12.4	0.182	1797	0.991	0.998	0.053	0.19	0.98	99.2
2.31-2.41	12.7	0.133	1818	0.993	0.998	0.039	0.139	0.932	99.4
2.41-2.54	12.3	0.102	1797	0.995	0.999	0.03	0.106	0.922	98.9
2.54-2.7	11.9	0.087	1803	0.996	0.999	0.026	0.091	0.936	98.7
2.7-2.91	11.2	0.066	1788	0.996	0.999	0.021	0.07	0.899	96.8
2.91-3.2	10.2	0.05	1696	0.996	0.999	0.016	0.053	0.881	92.2
3.2-3.66	11.1	0.044	1689	0.997	0.999	0.014	0.047	0.955	90.7
3.66-4.61	7.9	0.043	1199	0.994	0.999	0.015	0.046	0.997	63.4
4.61-40	8.5	0.046	1563	0.995	0.999	0.016	0.049	1.195	78.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→39.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 2.493 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23295	1584	4.8 %	RANDOM
R_work	0.19916	-	-	-
obs	0.20079	31204	89.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.755 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→39.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2408	0	1	230	2639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2452
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.586	1.639	3320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.426	1.575	5519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.814	5	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.095	20.088	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.502	15	393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.463	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	327
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	522
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.822	1.99	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.813	1.989	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.747	2.971	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.747	2.973	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.607	2.396	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.606	2.397	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.137	3.449	1681
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.72	24.553	2645
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.711	24.217	2597
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	74	-
R_work	0.282	1673	-
obs	-	-	66.1 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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