PDB-8up6: Structure of atypical asparaginase from Rhodospirillum rubrum (mu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8up6

タイトル

Structure of atypical asparaginase from Rhodospirillum rubrum (mutant K19A) in complex with L-Asp

要素

Asparaginase

キーワード

HYDROLASE / Asparaginase / wild type / atypical / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

asparaginase / asparaginase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Lubkowski, J. / Wlodawer, A. / Zhang, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: RrA, an enzyme from Rhodospirillum rubrum, is a prototype of a new family of short-chain L-asparaginases.
著者: Zhang, D. / Czapinska, H. / Bochtler, M. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J.

履歴

登録	2023年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8up6.cif.gz	142.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8up6.ent.gz	111.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8up6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8up6_validation.pdf.gz	477.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8up6_full_validation.pdf.gz	482.5 KB	表示
XML形式データ	8up6_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	8up6_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/8up6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/8up6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uooC 8uorC 8uouC 8uowC 8up3C 8up7C 8up8C 8up9C 8upcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Asparaginase

B: Asparaginase

C: Asparaginase

D: Asparaginase

ヘテロ分子

79.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.045, 77.327, 115.025
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Asparaginase 分子量: 19743.393 Da / 分子数: 4 / 変異: K19A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア) 遺伝子: Rru_A3730 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q2RMX1, asparaginase
#2: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 uL 18 mg/mL protein in 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 20 mM L-Asp + 0.2 uL reservoir (Molecular Dimensions Morpheus F9 + 20 mM L-Asp, pH 8.5) PH範囲: 7.5-8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Stream of liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月20日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 71088 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 0.965 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 917685

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	11.9	0.753	3496	0.947	0.986	0.222	0.786	0.864	99.8
1.73-1.76	13	0.717	3532	0.961	0.99	0.204	0.747	0.865	99.9
1.76-1.79	13.5	0.621	3540	0.971	0.993	0.174	0.646	0.887	99.9
1.79-1.83	13.6	0.531	3486	0.977	0.994	0.148	0.552	0.9	100
1.83-1.87	13.7	0.421	3525	0.989	0.997	0.117	0.438	0.914	99.9
1.87-1.91	13.4	0.351	3522	0.989	0.997	0.099	0.365	0.962	100
1.91-1.96	13.3	0.29	3543	0.991	0.998	0.082	0.302	0.973	99.9
1.96-2.02	13.1	0.218	3510	0.995	0.999	0.062	0.227	0.963	99.8
2.02-2.07	12.6	0.186	3547	0.996	0.999	0.054	0.194	0.999	99.9
2.07-2.14	11.6	0.156	3526	0.996	0.999	0.047	0.163	0.987	99.7
2.14-2.22	13.7	0.133	3526	0.997	0.999	0.037	0.138	0.981	99.9
2.22-2.31	13.7	0.107	3544	0.998	1	0.03	0.111	0.988	99.8
2.31-2.41	13.6	0.087	3552	0.998	1	0.025	0.091	0.95	99.9
2.41-2.54	13.3	0.07	3556	0.999	1	0.02	0.073	0.962	100
2.54-2.7	13	0.062	3578	0.999	1	0.018	0.064	0.94	100
2.7-2.91	12.5	0.052	3568	0.999	1	0.016	0.055	0.949	99.8
2.91-3.2	11.9	0.043	3592	0.999	1	0.013	0.045	1.002	99.5
3.2-3.66	13.6	0.038	3615	0.999	1	0.011	0.04	1.112	99.9
3.66-4.61	12.1	0.034	3576	0.999	1	0.011	0.036	1.105	97.6
4.61-40	11.3	0.034	3754	0.998	0.999	0.011	0.036	1.012	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→38.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 2.026 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	1431	2 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.182	69304	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4881	0	57	384	5322

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	5032
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4937
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.776	1.639	6801
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.499	1.576	11358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.697	5	666
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.069	20.298	235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.235	15	803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.513	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	668
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	5702
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.771	1.621	2670
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.77	1.621	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.648	2.42	3328
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.648	2.421	3329
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.81	2.075	2362
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.81	2.076	2363
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.422	2.943	3472
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.795	20.306	5432
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.751	20.105	5355
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.75 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	65	-
R_work	0.23	4889	-
obs	-	-	95.45 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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