PDB-8up3: Structure of atypical asparaginase from Rhodospirillum rubrum (mu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8up3

タイトル

Structure of atypical asparaginase from Rhodospirillum rubrum (mutant Y21F)

要素

Asparaginase

キーワード

HYDROLASE / Asparaginase / wild type / atypical / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

asparaginase / asparaginase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Lubkowski, J. / Wlodawer, A. / Zhang, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: RrA, an enzyme from Rhodospirillum rubrum, is a prototype of a new family of short-chain L-asparaginases.
著者: Zhang, D. / Czapinska, H. / Bochtler, M. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J.

履歴

登録	2023年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8up3.cif.gz	278.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8up3.ent.gz	223.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8up3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8up3_validation.pdf.gz	526.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8up3_full_validation.pdf.gz	535.2 KB	表示
XML形式データ	8up3_validation.xml.gz	60.3 KB	表示
CIF形式データ	8up3_validation.cif.gz	86.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/8up3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/8up3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uooC 8uorC 8uouC 8uowC 8up6C 8up7C 8up8C 8up9C 8upcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Asparaginase

B: Asparaginase

C: Asparaginase

D: Asparaginase

E: Asparaginase

F: Asparaginase

G: Asparaginase

H: Asparaginase

ヘテロ分子

160 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Asparaginase

B: Asparaginase

C: Asparaginase

D: Asparaginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Asparaginase

F: Asparaginase

G: Asparaginase

H: Asparaginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	245.644, 63.185, 92.968
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.42, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Asparaginase 分子量: 19755.469 Da / 分子数: 8 / 変異: Y21F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア) 遺伝子: Rru_A3730 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q2RMX1, asparaginase
#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1076 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 uL 18 mg/mL protein in 50 mM HEPES, pH 7, 150 mM sodium chloride + 0.2 uL reservoir (Molecular Dimensions Morpheus A2, pH 6.5) PH範囲: 6.5-7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Stream of liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→40 Å / Num. obs: 132560 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.092 / Χ²: 0.783 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 546072

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.75-1.78	3.9	0.994	6556	0.627	0.878	0.56	1.145	0.846	97
1.78-1.81	3.9	0.883	6595	0.707	0.91	0.496	1.017	0.863	97
1.81-1.85	3.8	0.756	6571	0.715	0.913	0.427	0.872	0.858	96.4
1.85-1.89	3.8	0.605	6122	0.791	0.94	0.346	0.7	0.862	90.7
1.89-1.93	4	0.513	6477	0.85	0.959	0.285	0.589	0.909	95.7
1.93-1.97	4.3	0.443	6679	0.913	0.977	0.234	0.502	0.896	98
1.97-2.02	4.3	0.368	6639	0.932	0.982	0.194	0.417	0.885	98
2.02-2.07	4.3	0.299	6655	0.942	0.985	0.158	0.338	0.892	98
2.07-2.14	4.3	0.235	6669	0.96	0.99	0.124	0.267	0.869	98.2
2.14-2.2	4.2	0.184	6649	0.969	0.992	0.098	0.209	0.837	98.2
2.2-2.28	4.2	0.141	6702	0.979	0.995	0.076	0.161	0.821	98.2
2.28-2.38	4.1	0.112	6717	0.982	0.995	0.06	0.128	0.762	98.3
2.38-2.48	4.1	0.091	6692	0.982	0.995	0.049	0.104	0.744	98.3
2.48-2.61	3.8	0.071	6604	0.985	0.996	0.04	0.082	0.698	96.7
2.61-2.78	4	0.056	6286	0.99	0.997	0.03	0.064	0.659	92.3
2.78-2.99	4.4	0.047	6820	0.992	0.998	0.025	0.053	0.64	99.4
2.99-3.29	4.4	0.04	6813	0.991	0.998	0.021	0.045	0.665	99.4
3.29-3.77	4.3	0.034	6778	0.993	0.998	0.018	0.038	0.685	99.4
3.77-4.75	4.1	0.029	6803	0.994	0.999	0.015	0.033	0.6	98.2
4.75-40	4.2	0.036	6733	0.988	0.997	0.019	0.041	0.71	95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.76→39.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 2.269 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21599	1657	1.3 %	RANDOM
R_work	0.16434	-	-	-
obs	0.16498	127611	94.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.123 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	0.02 Å²
2-	-	-0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.76→39.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9631	0	129	1076	10836

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	9951
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.741	1.645	13408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.469	1.579	22634
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.808	5	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	19.331	20.084	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.581	15	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.614	15	92
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	11239
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2142
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.162	2.042	5243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.162	2.042	5242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.116	3.049	6538
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.116	3.049	6539
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.216		4708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.216		4709
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.983	4.819	6865
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.759		10990
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.648	28.512	10753
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.762→1.808 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.209	95	-
R_work	0.219	7625	-
obs	-	-	76.69 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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