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- PDB-8up2: Murine Fab JAR 4 bound to meningococcal Factor H binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8up2
タイトルMurine Fab JAR 4 bound to meningococcal Factor H binding protein
要素
  • (Human-mouse chimeric ...) x 2
  • Factor H binding protein, sequence variant ID 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab / antigen / Factor H binding protein
機能・相同性Factor H binding protein, C-terminal / : / : / Factor H binding protein, C-terminal / Factor H binding protein, N-terminal / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / cell outer membrane / ACETATE ION / Factor H binding protein variant B24
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Beernink, P.T. / Beernink, B.P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of murine Fab JAR 4 bound to FHbp at 1.60-Angstroms resolution
著者: Beernink, P.T. / Beernink, B.P.
履歴
登録2023年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Human-mouse chimeric immunoglobulin heavy chain, Fd fragment
B: Human-mouse chimeric immunoglobulin, kappa light chain
C: Factor H binding protein, sequence variant ID 1
D: Human-mouse chimeric immunoglobulin heavy chain, Fd fragment
E: Human-mouse chimeric immunoglobulin, kappa light chain
F: Factor H binding protein, sequence variant ID 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,8819
ポリマ－151,6386
非ポリマー2433
水18,2851015
1
A: Human-mouse chimeric immunoglobulin heavy chain, Fd fragment
B: Human-mouse chimeric immunoglobulin, kappa light chain
C: Factor H binding protein, sequence variant ID 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9114
ポリマ－75,8193
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Human-mouse chimeric immunoglobulin heavy chain, Fd fragment
E: Human-mouse chimeric immunoglobulin, kappa light chain
F: Factor H binding protein, sequence variant ID 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9705
ポリマ－75,8193
非ポリマー1512
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.430, 67.440, 168.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 9 or resid 11 through 53 or resid 55 through 218))
d_2ens_1(chain "D" and (resid 1 through 9 or resid 11 through 53 or resid 55 through 218))
d_1ens_2(chain "B" and resid 1 through 216)
d_2ens_2chain "E"
d_1ens_3(chain "C" and (resid 14 through 32 or resid 34 through 256 or resid 302))
d_2ens_3(chain "F" and (resid 14 through 32 or resid 34 through 301))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLUGLUPROPROAA1 - 91 - 9
d_12ens_1LEULEUPROPROAA11 - 5311 - 53
d_13ens_1ASNASNPROPROAA55 - 21855 - 218
d_21ens_1GLUGLUPROPRODD1 - 91 - 9
d_22ens_1LEULEUPROPRODD11 - 5311 - 53
d_23ens_1ASNASNPROPRODD55 - 21855 - 218
d_11ens_2ASPASPARGARGBB1 - 2161 - 216
d_21ens_2ASPASPARGARGEE1 - 2161 - 216
d_11ens_3ALAALAGLNGLNCC14 - 328 - 26
d_12ens_3LEULEULEULEUCC34 - 25628 - 250
d_13ens_3GOLGOLGOLGOLCG302
d_21ens_3ALAALAGLNGLNFF14 - 328 - 26
d_22ens_3LEULEULEULEUFF34 - 25628 - 250
d_23ens_3GOLGOLGOLGOLFI301

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999972397177, -0.000239542298023, -0.00742613645824), (-0.000225135398061, -0.9999980913, 0.00194080154615), (-0.00742658718803, -0.00193907608836, -0.999970542459)-0.0125604018591, -14.2433754306, 84.463094337
2given(0.99998148635, 0.00197313284541, -0.0057561882448), (0.00197973540258, -0.999997388736, 0.00114156402349), (-0.00575392075641, -0.00115293861863, -0.999982781416)-0.0152358762602, -14.2900032264, 84.3652487847
3given(0.99997466645, 0.000273122430945, 0.0071127956132), (0.000283724143959, -0.999998850375, -0.00148954642283), (0.00711238060761, 0.00149152675918, -0.999973594346)-0.323402738513, -14.2490135654, 83.8508725439

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質 Factor H binding protein, sequence variant ID 1


分子量: 27699.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: fhbp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VRZ6

-
抗体 , 2種, 4分子 ADBE

#1: 抗体 Human-mouse chimeric immunoglobulin heavy chain, Fd fragment


分子量: 23920.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Human-mouse chimeric immunoglobulin, kappa light chain


分子量: 24198.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 1018分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1015 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.05M NaOAc 20% PEG 4,000 0.085M Tris Cl, pH 8.5 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→74.43 Å / Num. obs: 218509 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 19.87 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.1642 / Rpim(I) all: 0.0698 / Net I/av σ(I): 5.84 / Net I/σ(I): 5.84
反射 シェル解像度: 1.603→1.66 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.366 / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 133437 / CC1/2: 0.489 / Rpim(I) all: 0.5865 / % possible all: 99.53

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→74.43 Å / SU ML: 0.1716 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.4181
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 2014 0.92 %
Rwork0.1874 216438 -
obs0.1877 218452 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→74.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10164 0 16 1015 11195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.010510396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.102114069
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06381576
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01861805
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.85983776
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.29681430.265315417X-RAY DIFFRACTION99.42
1.64-1.690.26951390.238415390X-RAY DIFFRACTION99.81
1.69-1.740.27321430.237215359X-RAY DIFFRACTION99.8
1.74-1.790.27691440.230215380X-RAY DIFFRACTION99.78
1.79-1.860.33851410.238215435X-RAY DIFFRACTION99.77
1.86-1.930.29051430.207115369X-RAY DIFFRACTION99.78
1.93-2.020.20481430.199715388X-RAY DIFFRACTION99.74
2.02-2.130.22381480.189915408X-RAY DIFFRACTION99.78
2.13-2.260.25531410.197515440X-RAY DIFFRACTION99.69
2.26-2.430.25161440.188115412X-RAY DIFFRACTION99.81
2.43-2.680.23411430.197415521X-RAY DIFFRACTION99.83
2.68-3.070.24831440.184215533X-RAY DIFFRACTION99.9
3.07-3.860.1831470.172915575X-RAY DIFFRACTION99.84
3.86-74.430.14021510.155215811X-RAY DIFFRACTION99.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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