PDB-8uor: Structure of atypical asparaginase from Rhodospirillum rubrum (mu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uor

タイトル

Structure of atypical asparaginase from Rhodospirillum rubrum (mutant K19E)

要素

Asparaginase

キーワード

HYDROLASE / Asparaginase / wild type / atypical / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

asparaginase / asparaginase activity / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Lubkowski, J. / Wlodawer, A. / Zhang, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: RrA, an enzyme from Rhodospirillum rubrum, is a prototype of a new family of short-chain L-asparaginases.
著者: Zhang, D. / Czapinska, H. / Bochtler, M. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J.

履歴

登録	2023年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uor.cif.gz	154.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uor.ent.gz	119.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uor.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8uor_validation.pdf.gz	453 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uor_full_validation.pdf.gz	456.2 KB	表示
XML形式データ	8uor_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	8uor_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/8uor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/8uor	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uooC 8uouC 8uowC 8up3C 8up6C 8up7C 8up8C 8up9C 8upcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

40 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.581, 77.435, 57.758
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- CL
2	1	B-201- CL
3	1	A-444- HOH
4	1	B-421- HOH

#1: タンパク質	Asparaginase 分子量: 19771.402 Da / 分子数: 2 / 変異: K19E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア) 遺伝子: Rru_A3730 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q2RMX1, asparaginase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 uL 17 mg/mL protein in 50 mM HEPES, pH 7.0, 150 mM sodium chloride + 0.2 uL reservoir (Molecular Dimensions Morpheus A2) PH範囲: 6.5-7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Stream of liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月14日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→40 Å / Num. obs: 56037 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.044 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.048 / Χ²: 0.894 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 338771

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.45-1.48	5.9	1.009	2717	0.757	0.928	0.444	1.104	0.888	95.1
1.48-1.5	6.2	0.812	2748	0.844	0.957	0.349	0.886	0.895	95.5
1.5-1.53	6.2	0.662	2756	0.861	0.962	0.284	0.721	0.929	95.6
1.53-1.56	6.1	0.517	2765	0.903	0.974	0.223	0.565	0.908	96
1.56-1.6	6.1	0.468	2750	0.917	0.978	0.203	0.511	0.898	96.2
1.6-1.63	6	0.356	2793	0.94	0.984	0.157	0.39	0.895	96.1
1.63-1.67	5.7	0.288	2722	0.957	0.989	0.13	0.317	0.895	95.3
1.67-1.72	6	0.231	2587	0.967	0.992	0.101	0.253	0.905	88.6
1.72-1.77	6.3	0.19	2797	0.98	0.995	0.081	0.207	0.901	96.8
1.77-1.83	6.3	0.149	2809	0.987	0.997	0.063	0.162	0.888	97.2
1.83-1.89	6.3	0.12	2831	0.99	0.998	0.051	0.13	0.897	97.4
1.89-1.97	6.1	0.087	2836	0.993	0.998	0.038	0.095	0.93	97.7
1.97-2.06	6.1	0.064	2846	0.995	0.999	0.028	0.07	0.866	98
2.06-2.17	5.9	0.05	2834	0.997	0.999	0.022	0.055	0.878	97.7
2.17-2.3	5.5	0.038	2834	0.997	0.999	0.017	0.042	0.855	96.8
2.3-2.48	6	0.03	2674	0.998	1	0.013	0.032	0.869	91.2
2.48-2.73	6.3	0.025	2902	0.999	1	0.011	0.027	0.895	98.5
2.73-3.12	6.3	0.02	2927	0.999	1	0.008	0.022	0.938	98.6
3.12-3.93	5.9	0.016	2953	0.999	1	0.007	0.017	0.981	98.5
3.93-40	5.8	0.013	2956	0.999	1	0.006	0.014	0.759	93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→39.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.933 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16579	1455	2.6 %	RANDOM
R_work	0.12215	-	-	-
obs	0.12329	53949	94.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.021 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.71 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.45→39.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2473	0	26	306	2805

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	2562
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2512
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.057	1.644	3460
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.61	1.577	5785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.645	5	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.952	20.317	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.762	15	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.829	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	341
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2888
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	544
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.119	1.705	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.12	1.702	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.579	2.556	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.578	2.559	1675
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.117	2.32	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.115	2.32	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.783	3.258	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.237	35.232	10656
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.037	34.536	10367
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.194	3	5074
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	84	-
R_work	0.21	3387	-
obs	-	-	81.75 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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