PDB-8uoo: Structure of atypical asparaginase from Rhodospirillum rubrum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uoo

タイトル

Structure of atypical asparaginase from Rhodospirillum rubrum

要素

Asparaginase

キーワード

HYDROLASE / Asparaginase / wild type / atypical / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

asparaginase / asparaginase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Lubkowski, J. / Wlodawer, A. / Zhang, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: RrA, an enzyme from Rhodospirillum rubrum, is a prototype of a new family of short-chain L-asparaginases.
著者: Zhang, D. / Czapinska, H. / Bochtler, M. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J.

履歴

登録	2023年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uoo.cif.gz	80.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uoo.ent.gz	57.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uoo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8uoo_validation.pdf.gz	445.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uoo_full_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示
XML形式データ	8uoo_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	8uoo_validation.cif.gz	23.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/8uoo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/8uoo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8uorC 8uouC 8uowC 8up3C 8up6C 8up7C 8up8C 8up9C 8upcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

39.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

A: Asparaginase

B: Asparaginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.184, 76.962, 57.815
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- CL
2	1	B-201- CL
3	1	B-202- GOL

#1: タンパク質	Asparaginase 分子量: 19771.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 (バクテリア) 遺伝子: Rru_A3730 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q2RMX1, asparaginase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 uL 18 mg/mL protein in 50 mM HEPES, pH 7 + 0.2 uL reservoir (0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 30% v/v PEG400) PH範囲: 7-7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Stream of liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月14日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→40 Å / Num. obs: 37670 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 0.954 / Net I/σ(I): 7.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.66-1.69	6.6	0.986	1784	0.719	0.915	0.347	1.051	0.815	92.9
1.69-1.72	7.9	0.867	1897	0.847	0.958	0.287	0.917	0.792	96.9
1.72-1.75	8.9	0.747	1935	0.909	0.976	0.24	0.787	0.828	99.5
1.75-1.79	9.8	0.671	1931	0.929	0.982	0.211	0.705	0.83	99.8
1.79-1.83	10.7	0.621	1962	0.951	0.987	0.19	0.65	0.833	99.8
1.83-1.87	11.4	0.539	1949	0.961	0.99	0.161	0.563	0.838	99.7
1.87-1.92	11.6	0.452	1919	0.973	0.993	0.135	0.472	0.885	99.6
1.92-1.97	11.6	0.369	1982	0.98	0.995	0.111	0.386	0.925	99.6
1.97-2.03	11.4	0.292	1928	0.983	0.996	0.089	0.306	0.947	98.7
2.03-2.09	10.4	0.241	1887	0.988	0.997	0.077	0.254	0.988	96.4
2.09-2.17	12.5	0.208	1946	0.992	0.998	0.06	0.217	0.966	99.1
2.17-2.25	12.3	0.167	1938	0.993	0.998	0.049	0.174	0.982	98.6
2.25-2.36	11.7	0.14	1938	0.994	0.998	0.042	0.147	1.024	98.2
2.36-2.48	11.3	0.114	1915	0.995	0.999	0.035	0.119	1.01	97.5
2.48-2.63	10.6	0.095	1926	0.995	0.999	0.031	0.1	1.041	97.3
2.63-2.84	9.7	0.079	1912	0.995	0.999	0.027	0.083	1.033	96.5
2.84-3.12	8.5	0.06	1840	0.996	0.999	0.022	0.065	1.131	91.3
3.12-3.58	8.6	0.048	1815	0.997	0.999	0.017	0.051	1.085	90.3
3.58-4.5	7	0.043	1614	0.996	0.999	0.017	0.047	0.974	78.8
4.5-40	6.2	0.055	1652	0.993	0.998	0.024	0.061	1.278	76.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→38.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 1.895 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22241	1710	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18606	-	-	-
obs	0.18789	32023	84.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.365 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.65→38.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2413	0	14	229	2656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2411
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.652	1.64	3325
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.47	1.577	5542
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.718	5	326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	21.064	20.087	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.424	15	396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.851	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	527
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.647	1.626	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.641	1.624	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.529	2.425	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.529	2.427	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.558	2.013	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.557	2.013	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.022	2.883	1691
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.386	20.222	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.316	19.878	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.689 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	71	-
R_work	0.251	1384	-
obs	-	-	50.8 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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