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万見
- PDB-8uo6: HIV-1 Rev Response Element (RRE) Stem-Loop II (SLII) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uo6
タイトルHIV-1 Rev Response Element (RRE) Stem-Loop II (SLII)
要素HIV-1 Rev Response Element Stem-Loop II with tRNA scaffold
キーワードRNA / Non-coding RNA / HIV / Nuclear Export / RRE / viral RNA
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Tipo, J. / Gottipati, K. / Choi, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI187856 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of HIV-1 RRE stem-loop II identifies two conformational states of the high-affinity Rev binding site.
著者: Tipo, J. / Gottipati, K. / Slaton, M. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Choi, K.H.
履歴
登録2023年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 Rev Response Element Stem-Loop II with tRNA scaffold
B: HIV-1 Rev Response Element Stem-Loop II with tRNA scaffold


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,6832
ポリマ－86,6832
非ポリマー00
水00
1
A: HIV-1 Rev Response Element Stem-Loop II with tRNA scaffold


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3421
ポリマ－43,3421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HIV-1 Rev Response Element Stem-Loop II with tRNA scaffold


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3421
ポリマ－43,3421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.782, 81.314, 81.372
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: G / Beg label comp-ID: G / End auth comp-ID: A / End label comp-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 7 / Label seq-ID: 1 - 7

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.747372200546, 0.10026959512, -0.65679586033), (-0.0763694275933, -0.994959043273, -0.0649939438615), (-0.660001897255, 0.00158445705313, 0.751262261208)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.747372200546, 0.10026959512, -0.65679586033), (-0.0763694275933, -0.994959043273, -0.0649939438615), (-0.660001897255, 0.00158445705313, 0.751262261208)
ベクター: 22.6737929428, 2.59151013292, -3.31835187928)

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要素

#1: RNA鎖 HIV-1 Rev Response Element Stem-Loop II with tRNA scaffold


分子量: 43341.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 52_53insG
由来: (組換発現) HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM SPG (mixture of succinic acid, sodium dihydrogen phosphate, and glycine in a 2:7:7 molar ratio), 20-24% polyethylene glycol-6000, and 200 mM sodium fluoride
PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2023年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→57.2 Å / Num. obs: 12674 / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 66.82 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.85→3.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 635 / CC1/2: 0.487 / Rpim(I) all: 0.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCdata processing
XDSデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
PHENIX1.20.1_4487モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→57.15 Å / SU ML: 0.3332 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.1295
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2578 605 4.78 %
Rwork0.2314 12061 -
obs0.2326 12666 61.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 114.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→57.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 5742 0 0 5742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00266420
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.756110014
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03781340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046268
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.41043210
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 11.4834766904 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-3.130.4228300.3367551X-RAY DIFFRACTION11.33
3.13-3.590.31611000.27032135X-RAY DIFFRACTION43.78
3.59-4.520.30022350.27574446X-RAY DIFFRACTION90.61
4.52-57.150.21692400.19884929X-RAY DIFFRACTION99.08
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.79335687119-0.757303848790.2018375411532.00017833993-0.3029373823550.680701961309-0.20503969894-0.618217429668-0.2210988125991.027411931670.1693697081740.464336181223-0.109841734486-0.247182099512-0.02100533742340.580450396190.3243004203470.08634181455210.352361774755-0.2050529047181.0071507467-12.97548060211.117487752221.6318131459
20.6441224891370.6911397186720.5834435691043.371490139372.022619292371.27835506001-0.294453760567-0.62666568699-0.1582791300390.878685067870.319288083722-0.2533527288041.197357925430.606141088683-0.08623591187770.8500236522810.398093869631-0.08849085804551.240635241630.03286890988120.496579214204-18.37780409951.432542355933.6669332105
32.31516394967-0.665343169136-0.04058939535682.665209929470.2963353390322.61925797929-0.165576871492-0.0986811561999-0.3718660321870.563878978611-0.168407045346-0.01620986452420.13925372360.1138456272220.1658621338390.222114042590.1611134523390.001753318440780.4394220985710.007533946479150.962420104439-6.999590850140.86214572665410.1631733643
41.90138701894-2.025247283330.6073474044032.7997939758-0.03527379871440.68782780619-0.0485066751851-0.267325402743-0.130757221540.9722516755960.5518258833340.596348222685-0.236088969578-0.554622134145-0.4493052364930.6956707611330.3967134680420.05944677417710.9349787666790.1789441197120.6998696441122.7219993907-8.8128130966920.5271228005
54.588430648112.632395683751.021673579425.55815999682-1.937316797081.788533540440.235493097679-0.8668332899630.4442579148831.42831732360.1095424941680.105001976416-1.03431518983-0.545792083006-0.3384720503571.006103580540.1331645139350.1208196442631.31559393930.1823987244410.91143860003518.5199106321-49.463435593634.6085053765
61.90307504821-0.3575963675820.8368064198371.453024445280.2802742988090.684746307763-0.244261101628-0.561049640199-0.3261266191340.6475348470710.305770717761-0.03168588920940.219720587191-0.213607214502-0.09546908335440.2730922380520.523524847650.245265111640.8569284058210.244145028510.79168046656819.16252967750.5149604305649.94803023397
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 40 )AA1 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 41 through 92 )AA41 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 93 through 134 )AA93 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 40 )BB1 - 40
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 41 through 91 )BB41 - 91
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 92 through 134 )BB92 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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