PDB-8un8: Solution conformations of a 12-mer peptide bearing a natural N-hy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8un8

タイトル

Solution conformations of a 12-mer peptide bearing a natural N-hydrophobic triangle

要素

ACE-LEU-ASP-ALA-ALA-LEU-LEU-ALA-ALA-ALA-LYS-ALA-TRP-NH2 peptide

キーワード

PROTEIN BINDING / hydrophobic triangle

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Mi, T.X. / Burgess, K.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01EY029645	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	CHE 1608009	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R21NS130471-01A1	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Bioinformatics leading to conveniently accessible, helix enforcing, bicyclic ASX motif mimics (BAMMs).
著者: Mi, T. / Nguyen, D. / Gao, Z. / Burgess, K.

履歴

登録	2023年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8un8.cif.gz	76.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8un8.ent.gz	50.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8un8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8un8_validation.pdf.gz	426 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8un8_full_validation.pdf.gz	547.3 KB	表示
XML形式データ	8un8_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	8un8_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/8un8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/8un8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8utxC C: 同じ文献を引用 (文献)
その他のデータベース	BMRB: 31119solution conformations of a 12-mer peptide bearing natural an N-hydrophobic triangle

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ACE-LEU-ASP-ALA-ALA-LEU-LEU-ALA-ALA-ALA-LYS-ALA-TRP-NH2 peptide

1.24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: NMR Distance Restraints, not applicable

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	23 / 2780	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	ACE-LEU-ASP-ALA-ALA-LEU-LEU-ALA-ALA-ALA-LYS-ALA-TRP-NH2 peptide 分子量: 1238.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	1D
1	2	1	isotropic	1	2D COSY
1	3	1	isotropic	1	2D TOCSY
1	4	1	isotropic	1	2D NOESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 4 mM LDLL 12-mer, 75% H2O/5% D2O/20% TFE-D3 / 詳細: 4 mM peptide 75% H2O 5% D2O 20% TFE-D3 / Label: LDLL 12-mer / 溶媒系: 75% H2O/5% D2O/20% TFE-D3
試料	濃度: 4 mM / 構成要素: LDLL 12-mer / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 5 mM peptide Not defined / Label: TFE/H2O / pH: 5 / 圧: 1 bar / 温度: 306 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE 500 / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE 500 / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
TopSpin	Bruker Biospin	chemical shift assignment
TopSpin	Bruker Biospin	peak picking
MacroModel	Schrodinger	精密化
MacroModel	Schrodinger	structure calculation

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 3

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 2780 / 登録したコンフォーマーの数: 23

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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