[日本語] English
万見
- PDB-8un2: Microbacterium testaceum C-glucosyl deglycosidase (CGD), wild typ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8un2
タイトルMicrobacterium testaceum C-glucosyl deglycosidase (CGD), wild type (cryo-EM)
要素Sugar phosphate isomerase
キーワードLYASE / bacterial C-glucosyl deglycosidase / C-C bond cleavage / C-glucosyl flavonoids / Microbacterium tetsaceum NS220 / plant endosymbiont / N-terminal DUF6379 beta-sandwich domain / C-terminal TIM-barrel domain / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF6379 / C-glycoside deglycosidase beta subunit / : / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / C-deglycosylation enzyme beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Microbacterium testaceum (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Furlanetto, V. / Kalyani, D.C. / Hallberg, B.M. / Divne, C.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
Other governmentFormas 2017-00983 スウェーデン
Other governmentVR 2017-03877 スウェーデン
Other privateOscar and Lili Lamm Memorial Foundation DO2017-0020 スウェーデン
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Microbacterium testaceum C-glucosyl deglycosidase (CGD), wild type (cryo-EM)
著者: Furlanetto, V. / Kalyani, D.C. / Srivastava, V. / Hallberg, B.M. / Ezcurra, I. / Divne, C.
履歴
登録2023年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sugar phosphate isomerase
B: Sugar phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,6464
ポリマ－97,5362
非ポリマー1102
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, confirmed by gel filtration, cryo-EM and X-ray crystallography
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 Sugar phosphate isomerase


分子量: 48768.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Microbacterium testaceum (バクテリア)
株: NS220 / 遺伝子: NS220_14145 / プラスミド: pNIC-CTHO / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): (DE3)-T1 / 参照: UniProt: A0A147EV52
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: C-glucosyl deglycosidase from Microbacterium testaceum
タイプ: COMPLEX / 詳細: wild type / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Microbacterium testaceum (バクテリア) / 株: NS220
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli B (大腸菌) / 株: (DE3)-T1 / プラスミド: pNIC-CTHO
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.15 mM MnCl2
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: monodisperse sample
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
詳細: Data collected on the Karolinska Institutet's Krios G3i equipped with a cold-FEG
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 20 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 56 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warp0.9粒子像選択
2EPU3.1画像取得
4Warp0.9CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9cryoSPARC4.3.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.3.1分類
12cryoSPARC4.3.1３次元再構成
13PHENIX1.14モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 734119 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: X-ray model of the same sample / Source name: Other / タイプ: experimental model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る