PDB-8umn: EPSPS TIPS P126S K296R variant complexed with glyphosate and shik...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8umn

タイトル

EPSPS TIPS P126S K296R variant complexed with glyphosate and shikimate-3-phosphate

要素

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / EPSP synthase / Aromatic amino acid synthesis pathway / Plant

機能・相同性

機能・相同性情報

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Zea mays (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Kim, W. / Zhang, Y.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Evolving dual-trait EPSP synthase variants using a synthetic yeast selection system.
著者: Reed, K.B. / Kim, W. / Lu, H. / Larue, C.T. / Guo, S. / Brooks, S.M. / Montez, M.R. / Wagner, J.W. / Zhang, Y.J. / Alper, H.S.

履歴

登録	2023年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8umn.cif.gz	192.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8umn.ent.gz	148.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8umn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8umn_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8umn_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8umn_validation.xml.gz	37.4 KB	表示
CIF形式データ	8umn_validation.cif.gz	55.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/8umn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/8umn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8umjC 8umkC 8umlC 8ummC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (12)

登録構造単位

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

96.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.319, 63.105, 69.786
Angle α, β, γ (deg.)	85.36, 85.84, 85.53
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase 分子量: 47469.531 Da / 分子数: 2 / 変異: P126S, K296R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: ZEAMMB73_Zm00001d045450 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1D6NVZ6

-
非ポリマー , 5種, 622分子

#2: 化合物	ChemComp-S3P / SHIKIMATE-3-PHOSPHATE / シキミ酸3-りん酸分子量: 254.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁O₈P
#3: 化合物	ChemComp-GPJ / GLYPHOSATE / (カルボキシラトメチル)アミニオメチルホスホン酸ジアニオン分子量: 170.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉NO₅P
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.26 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 25% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03317 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→40 Å / Num. obs: 86470 / % possible obs: 83.6 % / 冗長度: 2.9 % / R_pim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.6-1.63	2	0.271	2641	0.856	0.96	0.208	0.343	0.308	51.4
1.63-1.66	2.2	0.259	3342	0.876	0.966	0.192	0.324	0.347	63.7
1.66-1.69	2.4	0.254	3686	0.891	0.971	0.183	0.315	0.328	72.1
1.69-1.72	2.6	0.245	4070	0.902	0.974	0.173	0.302	0.328	78.1
1.72-1.76	2.7	0.231	4220	0.914	0.977	0.163	0.285	0.326	82
1.76-1.8	2.8	0.22	4337	0.923	0.98	0.155	0.271	0.363	83.6
1.8-1.85	2.8	0.196	4292	0.937	0.984	0.137	0.24	0.348	82.4
1.85-1.9	2.9	0.179	3891	0.943	0.985	0.124	0.219	0.368	76.2
1.9-1.95	2.9	0.16	4717	0.955	0.988	0.11	0.195	0.416	91
1.95-2.02	3	0.28	4781	0.059	0.333	0.192	0.341	0.685	91.9
2.02-2.09	3	0.129	4753	0.97	0.992	0.089	0.158	0.471	91.8
2.09-2.17	3	0.121	4716	0.974	0.993	0.083	0.147	0.531	91.6
2.17-2.27	3.1	0.113	4663	0.977	0.994	0.076	0.137	0.56	90.2
2.27-2.39	3.1	0.103	4603	0.979	0.995	0.069	0.124	0.669	88.6
2.39-2.54	3.1	0.085	4457	0.987	0.997	0.057	0.102	0.59	86
2.54-2.74	3.1	0.073	4152	0.989	0.997	0.049	0.088	0.658	80.2
2.74-3.01	3.2	0.062	4916	0.99	0.998	0.041	0.075	0.872	94.9
3.01-3.45	3.3	0.051	4833	0.994	0.999	0.033	0.061	0.93	93.9
3.45-4.34	3.4	0.041	4751	0.996	0.999	0.026	0.049	1.258	91.8
4.34-40	3.3	0.041	4649	0.992	0.998	0.026	0.049	2.761	89.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18rc3_3805: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→39.62 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 18.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1814	2000	2.31 %
R_work	0.1575	-	-
obs	0.1581	86457	83.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6584	0	82	614	7280

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6802
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.866	9237
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.195	2493
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1087
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1186

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2381	91	0.2113	3858	X-RAY DIFFRACTION	54
1.64-1.68	0.2502	119	0.1968	4994	X-RAY DIFFRACTION	69
1.68-1.73	0.2263	133	0.2	5645	X-RAY DIFFRACTION	78
1.73-1.79	0.1994	144	0.1957	6073	X-RAY DIFFRACTION	83
1.79-1.85	0.208	140	0.185	5916	X-RAY DIFFRACTION	82
1.85-1.93	0.213	141	0.166	5939	X-RAY DIFFRACTION	82
1.93-2.01	0.1805	156	0.1576	6592	X-RAY DIFFRACTION	92
2.01-2.12	0.2003	157	0.1523	6650	X-RAY DIFFRACTION	92
2.12-2.25	0.1784	155	0.1494	6546	X-RAY DIFFRACTION	91
2.25-2.43	0.1841	152	0.153	6405	X-RAY DIFFRACTION	89
2.43-2.67	0.1829	137	0.153	5803	X-RAY DIFFRACTION	81
2.67-3.06	0.1786	161	0.151	6788	X-RAY DIFFRACTION	94
3.06-3.85	0.1525	160	0.1431	6773	X-RAY DIFFRACTION	93
3.85-39.62	0.1656	154	0.154	6475	X-RAY DIFFRACTION	90

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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