PDB-8umm: EPSPS TIPS K296R variant complexed with glyphosate and shikimate-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8umm

タイトル

EPSPS TIPS K296R variant complexed with glyphosate and shikimate-3-phosphate

要素

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / EPSP synthase / Aromatic amino acid synthesis pathway / Plant

機能・相同性

機能・相同性情報

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Zea mays (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Kim, W. / Zhang, Y.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Evolving dual-trait EPSP synthase variants using a synthetic yeast selection system.
著者: Reed, K.B. / Kim, W. / Lu, H. / Larue, C.T. / Guo, S. / Brooks, S.M. / Montez, M.R. / Wagner, J.W. / Zhang, Y.J. / Alper, H.S.

履歴

登録	2023年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8umm.cif.gz	182 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8umm.ent.gz	141.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8umm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/8umm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/8umm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8umjC 8umkC 8umlC 8umnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (12)

登録構造単位

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

95.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.738, 62.422, 68.031
Angle α, β, γ (deg.)	86.56, 86.17, 86.69
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase 分子量: 47479.566 Da / 分子数: 2 / 変異: K296R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: ZEAMMB73_Zm00001d045450 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1D6NVZ6
#2: 化合物	ChemComp-S3P / SHIKIMATE-3-PHOSPHATE / シキミ酸3-りん酸分子量: 254.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁O₈P
#3: 化合物	ChemComp-GPJ / GLYPHOSATE / (カルボキシラトメチル)アミニオメチルホスホン酸ジアニオン分子量: 170.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉NO₅P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.53 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 25% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03317 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 34634 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 3.5 % / R_pim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 4.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	2.6	0.27	1502	0.898	0.973	0.189	0.33	0.311	77.7
2.24-2.28	2.8	0.281	1411	0.856	0.96	0.194	0.343	0.308	72.6
2.28-2.32	2.9	0.257	1724	0.909	0.976	0.174	0.312	0.286	88.4
2.32-2.37	3.1	0.259	1802	0.899	0.973	0.169	0.31	0.322	93.4
2.37-2.42	3.3	0.24	1854	0.912	0.977	0.154	0.286	0.283	93
2.42-2.48	3.4	0.227	1756	0.942	0.985	0.142	0.268	0.306	92.8
2.48-2.54	3.5	0.22	1838	0.945	0.986	0.135	0.259	0.312	93.5
2.54-2.61	3.7	0.212	1794	0.947	0.986	0.128	0.248	0.289	92
2.61-2.69	3.7	0.197	1785	0.959	0.99	0.118	0.23	0.298	92
2.69-2.77	3.7	0.176	1769	0.962	0.99	0.106	0.206	0.315	91.4
2.77-2.87	3.7	0.155	1771	0.973	0.993	0.093	0.181	0.332	90.3
2.87-2.99	3.7	0.128	1728	0.979	0.995	0.077	0.15	0.355	88.6
2.99-3.12	3.7	0.121	1670	0.98	0.995	0.073	0.142	0.387	85.2
3.12-3.29	3.6	0.098	1471	0.987	0.997	0.059	0.115	0.441	75.2
3.29-3.49	3.7	0.089	1812	0.989	0.997	0.053	0.104	0.464	93
3.49-3.76	3.8	0.075	1845	0.992	0.998	0.045	0.088	0.52	95.6
3.76-4.14	3.8	0.065	1829	0.993	0.998	0.039	0.076	0.614	94
4.14-4.74	3.7	0.057	1815	0.994	0.998	0.035	0.067	0.742	92.4
4.74-5.97	3.7	0.056	1664	0.995	0.999	0.034	0.066	0.655	86
5.97-50	3.7	0.048	1794	0.997	0.999	0.029	0.056	0.723	92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18rc3_3805: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→44.6 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 18.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1988	1985	5.73 %
R_work	0.1549	-	-
obs	0.1574	34616	88.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6552	0	52	340	6944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6715
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.038	9122
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.499	2456
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1081
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1170

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.2254	95	0.1881	1716	X-RAY DIFFRACTION	64
2.23-2.29	0.2703	120	0.1811	2160	X-RAY DIFFRACTION	81
2.29-2.36	0.2279	158	0.1652	2429	X-RAY DIFFRACTION	93
2.36-2.43	0.2263	156	0.1629	2484	X-RAY DIFFRACTION	93
2.43-2.52	0.2382	129	0.1542	2475	X-RAY DIFFRACTION	93
2.52-2.62	0.2347	162	0.1552	2413	X-RAY DIFFRACTION	92
2.62-2.74	0.1891	144	0.1518	2430	X-RAY DIFFRACTION	92
2.74-2.88	0.2022	147	0.1436	2403	X-RAY DIFFRACTION	90
2.88-3.06	0.2139	140	0.1422	2306	X-RAY DIFFRACTION	87
3.06-3.3	0.1794	131	0.1377	2047	X-RAY DIFFRACTION	78
3.3-3.63	0.1619	151	0.1455	2531	X-RAY DIFFRACTION	95
3.63-4.16	0.1883	163	0.1504	2501	X-RAY DIFFRACTION	94
4.16-5.24	0.1921	142	0.1566	2405	X-RAY DIFFRACTION	91
5.24-44.6	0.1812	147	0.1718	2331	X-RAY DIFFRACTION	88

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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