PDB-8uml: EPSPS TIPS P126S variant complexed with glyphosate and shikimate-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uml

タイトル

EPSPS TIPS P126S variant complexed with glyphosate and shikimate-3-phosphate

要素

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / EPSP synthase / Aromatic amino acid synthesis pathway / Plant

機能・相同性

機能・相同性情報

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Zea mays (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Kim, W. / Zhang, Y.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Evolving dual-trait EPSP synthase variants using a synthetic yeast selection system.
著者: Reed, K.B. / Kim, W. / Lu, H. / Larue, C.T. / Guo, S. / Brooks, S.M. / Montez, M.R. / Wagner, J.W. / Zhang, Y.J. / Alper, H.S.

履歴

登録	2023年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uml.cif.gz	191.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uml.ent.gz	148 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8uml_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uml_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8uml_validation.xml.gz	37.3 KB	表示
CIF形式データ	8uml_validation.cif.gz	55.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/8uml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/8uml	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8umjC 8umkC 8ummC 8umnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (12)

登録構造単位

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

95.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.532, 63.553, 70.231
Angle α, β, γ (deg.)	84.87, 85.78, 85.50
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase 分子量: 47441.516 Da / 分子数: 2 / 変異: P126S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: ZEAMMB73_Zm00001d045450 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1D6NVZ6
#2: 化合物	ChemComp-S3P / SHIKIMATE-3-PHOSPHATE / シキミ酸3-りん酸分子量: 254.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁O₈P
#3: 化合物	ChemComp-GPJ / GLYPHOSATE / (カルボキシラトメチル)アミニオメチルホスホン酸ジアニオン分子量: 170.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉NO₅P
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 621 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.28 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 25% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03317 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 61573 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 2.8 % / R_pim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 5.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.83-1.86	1.9	0.336	2822	0.8	0.943	0.279	0.439	0.317	79.1
1.86-1.9	2.1	0.289	2955	0.844	0.957	0.23	0.371	0.312	84.5
1.9-1.93	2.3	0.264	3124	0.888	0.97	0.201	0.334	0.326	88
1.93-1.97	2.6	0.258	3076	0.897	0.972	0.189	0.322	0.356	88.6
1.97-2.01	2.8	0.238	3181	0.905	0.975	0.169	0.293	0.386	89.5
2.01-2.06	2.9	0.211	3108	0.932	0.982	0.147	0.258	0.397	89
2.06-2.11	3	0.203	3128	0.934	0.983	0.138	0.247	0.422	88.2
2.11-2.17	3	0.179	3041	0.951	0.987	0.12	0.217	0.431	86.9
2.17-2.23	3	0.158	2917	0.961	0.99	0.108	0.192	0.428	82.9
2.23-2.31	3	0.142	2839	0.966	0.991	0.096	0.172	0.444	80.5
2.31-2.39	3.1	0.13	3255	0.971	0.993	0.087	0.157	0.46	92.8
2.39-2.48	3.1	0.116	3280	0.977	0.994	0.078	0.14	0.489	92.5
2.48-2.6	3	0.105	3191	0.981	0.995	0.07	0.127	0.537	90.6
2.6-2.73	3	0.094	3158	0.984	0.996	0.064	0.115	0.579	89.7
2.73-2.9	2.9	0.079	3110	0.989	0.997	0.054	0.096	0.642	87.9
2.9-3.13	2.8	0.069	2914	0.99	0.998	0.049	0.085	0.793	83.5
3.13-3.44	2.8	0.058	2835	0.993	0.998	0.041	0.071	0.997	81
3.44-3.94	3	0.049	3304	0.994	0.999	0.034	0.059	1.147	93.3
3.94-4.97	2.9	0.039	3203	0.997	0.999	0.027	0.048	1.213	91
4.97-50	3	0.039	3132	0.997	0.999	0.027	0.048	1.223	88.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18rc3_3805: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.83→48.91 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 17.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1859	1999	3.25 %
R_work	0.1565	-	-
obs	0.1575	61556	86.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→48.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6564	0	64	621	7249

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6742
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.819	9162
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.599	2463
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1086
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1174

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.83-1.87	0.2607	122	0.2083	3632	X-RAY DIFFRACTION	74
1.87-1.92	0.2385	142	0.193	4232	X-RAY DIFFRACTION	87
1.92-1.98	0.221	147	0.1755	4363	X-RAY DIFFRACTION	89
1.98-2.04	0.2056	146	0.1582	4366	X-RAY DIFFRACTION	89
2.04-2.12	0.2331	146	0.1582	4339	X-RAY DIFFRACTION	88
2.12-2.2	0.2125	141	0.1532	4202	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2-2.3	0.1921	130	0.1561	3886	X-RAY DIFFRACTION	80
2.3-2.42	0.1871	154	0.1571	4558	X-RAY DIFFRACTION	93
2.42-2.57	0.1841	149	0.1542	4462	X-RAY DIFFRACTION	91
2.57-2.77	0.1927	147	0.1568	4374	X-RAY DIFFRACTION	89
2.77-3.05	0.1982	142	0.1566	4228	X-RAY DIFFRACTION	86
3.05-3.49	0.1685	134	0.1497	4024	X-RAY DIFFRACTION	82
3.49-4.4	0.16	153	0.141	4528	X-RAY DIFFRACTION	93
4.4-48.91	0.1496	146	0.1572	4363	X-RAY DIFFRACTION	89

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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