PDB-8umk: EPSPS TIPS variant complexed with glyphosate and shikimate-3-phosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8umk

タイトル

EPSPS TIPS variant complexed with glyphosate and shikimate-3-phosphate

要素

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / EPSP synthase / Aromatic amino acid synthesis pathway / Plant

機能・相同性

機能・相同性情報

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Zea mays (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kim, W. / Zhang, Y.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Evolving dual-trait EPSP synthase variants using a synthetic yeast selection system.
著者: Reed, K.B. / Kim, W. / Lu, H. / Larue, C.T. / Guo, S. / Brooks, S.M. / Montez, M.R. / Wagner, J.W. / Zhang, Y.J. / Alper, H.S.

履歴

登録	2023年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8umk.cif.gz	187.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8umk.ent.gz	145.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8umk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8umk_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8umk_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8umk_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	8umk_validation.cif.gz	54.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/8umk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/8umk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8umjC 8umlC 8ummC 8umnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (12)

登録構造単位

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

95.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.574, 57.950, 72.914
Angle α, β, γ (deg.)	86.52, 81.56, 79.62
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase 分子量: 47451.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: ZEAMMB73_Zm00001d045450 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1D6NVZ6
#2: 化合物	ChemComp-S3P / SHIKIMATE-3-PHOSPHATE / シキミ酸3-りん酸分子量: 254.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁O₈P
#3: 化合物	ChemComp-GPJ / GLYPHOSATE / (カルボキシラトメチル)アミニオメチルホスホン酸ジアニオン分子量: 170.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉NO₅P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 25% PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03317 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 49650 / % possible obs: 84.9 % / 冗長度: 1.8 % / R_pim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 4.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	1.7	0.249	2467	0.881	0.968	0.24	0.346	0.328	83.1
1.93-1.97	1.8	0.249	2485	0.862	0.962	0.234	0.342	0.347	85.3
1.97-2.01	1.9	0.22	2555	0.906	0.975	0.206	0.302	0.338	87.1
2.01-2.05	1.9	0.206	2556	0.917	0.978	0.193	0.283	0.377	87.7
2.05-2.09	1.9	0.205	2535	0.914	0.977	0.189	0.279	0.404	87.3
2.09-2.14	1.9	0.177	2544	0.917	0.978	0.164	0.242	0.393	85.9
2.14-2.19	1.9	0.165	2446	0.935	0.983	0.153	0.226	0.406	84.5
2.19-2.25	1.8	0.143	2283	0.946	0.986	0.133	0.196	0.427	77
2.25-2.32	1.9	0.134	2464	0.952	0.988	0.124	0.183	0.397	84.4
2.32-2.39	1.9	0.119	2599	0.959	0.989	0.111	0.163	0.415	90.7
2.39-2.48	1.9	0.118	2631	0.958	0.989	0.108	0.16	0.441	90
2.48-2.58	1.9	0.101	2635	0.969	0.992	0.093	0.138	0.434	89.4
2.58-2.7	1.8	0.092	2586	0.974	0.993	0.085	0.126	0.441	88.3
2.7-2.84	1.8	0.083	2524	0.98	0.995	0.077	0.113	0.508	87.4
2.84-3.02	1.8	0.068	2470	0.984	0.996	0.063	0.093	0.518	83.7
3.02-3.25	1.8	0.057	2175	0.989	0.997	0.053	0.078	0.553	74.6
3.25-3.58	1.8	0.046	2530	0.993	0.998	0.042	0.062	0.547	86
3.58-4.09	1.8	0.037	2470	0.995	0.999	0.035	0.051	0.609	85.2
4.09-5.16	1.8	0.033	2363	0.996	0.999	0.03	0.045	0.645	80.3
5.16-50	1.8	0.035	2332	0.995	0.999	0.032	0.048	0.686	79.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18rc3_3805: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→45.37 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2033	2000	4.03 %
R_work	0.1611	-	-
obs	0.1627	49635	84.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6483	0	52	591	7126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6638
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.835	9017
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.275	2420
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1076
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1152

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.94	0.2618	133	0.2114	3182	X-RAY DIFFRACTION	78
1.94-2	0.2371	147	0.1879	3475	X-RAY DIFFRACTION	86
2-2.06	0.2156	148	0.1801	3529	X-RAY DIFFRACTION	88
2.06-2.12	0.2266	146	0.1751	3483	X-RAY DIFFRACTION	86
2.12-2.2	0.2306	142	0.1594	3406	X-RAY DIFFRACTION	85
2.2-2.29	0.2047	131	0.1598	3105	X-RAY DIFFRACTION	77
2.29-2.39	0.2274	153	0.1605	3628	X-RAY DIFFRACTION	91
2.39-2.52	0.2072	153	0.1582	3659	X-RAY DIFFRACTION	90
2.52-2.67	0.1977	149	0.1561	3560	X-RAY DIFFRACTION	89
2.67-2.88	0.2042	148	0.1567	3501	X-RAY DIFFRACTION	87
2.88-3.17	0.1947	137	0.1545	3262	X-RAY DIFFRACTION	81
3.17-3.63	0.1919	137	0.1478	3295	X-RAY DIFFRACTION	82
3.63-4.57	0.1553	142	0.1424	3348	X-RAY DIFFRACTION	83
4.57-45.37	0.2066	134	0.1722	3202	X-RAY DIFFRACTION	80

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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