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- PDB-8umi: consensus map of PICdeltaTFIIK form1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8umi
タイトルconsensus map of PICdeltaTFIIK form1
要素
  • (DNA (64-MER)) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 3
  • (DNA-directed RNA polymerases II subunit ...) x 2
  • (General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit ...) x 2
  • (General transcription and DNA repair factor IIH subunit ...) x 2
  • (Transcription ...) x 8
  • General transcription and DNA repair factor IIH
  • RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
  • TATA-box-binding protein
  • TFB1 isoform 1
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription. POL II
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / : / : / regulation of mitotic recombination / : / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding ...: / : / : / : / : / regulation of mitotic recombination / : / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / : / TFIIH-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase II promoter clearance / transcription factor TFIIIB complex / positive regulation of mitotic recombination / transcription factor TFIIE complex / nucleotide-excision repair factor 3 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / regulation of transcription by RNA polymerase III / DNA translocase activity / TFIIF-class transcription factor complex binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / transcription factor TFIIF complex / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / RNA Polymerase I Transcription Initiation / transcription preinitiation complex / DNA binding, bending / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / poly(A)+ mRNA export from nucleus / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / termination of RNA polymerase III transcription / transcription factor TFIID complex / RNA-templated transcription / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / ATPase activator activity / 3'-5' DNA helicase activity / RNA polymerase II complex binding / DNA 3'-5' helicase / transcription by RNA polymerase III / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Dual incision in TC-NER / protein phosphatase activator activity / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / transcription-coupled nucleotide-excision repair / translation initiation factor binding / TBP-class protein binding / DNA helicase activity / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / disordered domain specific binding / DNA-directed RNA polymerase activity / single-stranded DNA binding / ribosome biogenesis / double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor binding / nucleic acid binding / DNA helicase / damaged DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial type XPD DNA helicase, FeS cluster domain / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal ...Bacterial type XPD DNA helicase, FeS cluster domain / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / Transcription factor TFIIE beta subunit, DNA-binding domain / BSD domain / Transcription initiation factor TFIIE, beta subunit / BSD domain superfamily / TFA2, Winged helix domain 2 / TFIIE beta subunit core domain / BSD domain / TFA2 Winged helix domain 2 / BSD domain profile. / TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 / Helicase XPB/Ssl2, N-terminal domain / Helicase conserved C-terminal domain / ERCC3/RAD25/XPB C-terminal helicase / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / Helical and beta-bridge domain / TFB5-like superfamily / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Helical and beta-bridge domain / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / ERCC3/RAD25/XPB helicase, C-terminal domain / : / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE / Helicase-like, DEXD box c2 type / DEAD2 / DEAD_2 / DEXDc2 / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / Transcription factor IIA, alpha/beta subunit / HELICc2 / ATP-dependent helicase, C-terminal / Helicase C-terminal domain / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription factor IIA, alpha-helical domain / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, C-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, N-terminal / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit, helical domain / Transcription initiation factor IIA, gamma subunit / Transcription factor IIA, beta-barrel / Transcription initiation factor IIF, beta subunit / TFIIF beta subunit, HTH domain / TFIIF, beta subunit, N-terminal / TFIIF, beta subunit HTH domain / TFIIF, beta subunit N-terminus / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit / Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha) / Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Zinc finger TFIIB-type profile. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / Helicase/UvrB, N-terminal / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / Type III restriction enzyme, res subunit / TBP domain superfamily / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / : / DNA / DNA (> 10) / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / Transcription initiation factor IIE subunit beta / RPB4 isoform 1 / TFA1 isoform 1 / : / RPC10 isoform 1 ...IRON/SULFUR CLUSTER / : / DNA / DNA (> 10) / Transcription initiation factor IIA subunit 2 / Transcription initiation factor IIE subunit beta / RPB4 isoform 1 / TFA1 isoform 1 / : / RPC10 isoform 1 / TFG2 isoform 1 / RPB3 isoform 1 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / DNA-directed RNA polymerase subunit / TFB1 isoform 1 / DNA-directed RNA polymerase subunit / TOA1 isoform 1 / RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RPB11 isoform 1 / RPB10 isoform 1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / General transcription and DNA repair factor IIH / DNA-directed RNA polymerase subunit / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 / TATA-box-binding protein / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / Transcription initiation factor IIB / Transcription initiation factor IIF subunit alpha / General transcription and DNA repair factor IIH helicase/translocase subunit XPB/SSL2 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Yang, C. / Murakami, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To be published
タイトル: consensus map of PICdeltaTFIIK form1
著者: Yang, C. / Murakami, K.
履歴
登録2023年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD
1: TFB1 isoform 1
2: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
4: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4
6: General transcription and DNA repair factor IIH
7: General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB
M: Transcription initiation factor IIB
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
L: DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4
Q: Transcription initiation factor IIF subunit alpha
P: Transcription initiation factor IIF subunit beta
S: Transcription elongation factor
O: TATA-box-binding protein
U: Transcription initiation factor IIA large subunit
V: Transcription initiation factor IIA subunit 2
W: Transcription initiation factor IIE subunit alpha
X: Transcription initiation factor IIE subunit beta
5: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
N: DNA (64-MER)
T: DNA (64-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,336,82748
ポリマ－1,335,44530
非ポリマー1,38118
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit ... , 2種, 2分子 07

#1: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD


分子量: 89899.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1C1, DNA helicase
#6: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB / TFIIH subunit XPB / DNA repair helicase RAD25 / RNA polymerase II transcription factor B subunit ...TFIIH subunit XPB / DNA repair helicase RAD25 / RNA polymerase II transcription factor B subunit SSL2 / TFB subunit SSL2 / Suppressor of stem-loop mutation 2


分子量: 95461.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q00578, DNA helicase

-
タンパク質 , 4種, 4分子 126O

#2: タンパク質 TFB1 isoform 1


分子量: 72993.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1T4
#3: タンパク質 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2


分子量: 58602.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q2X3
#5: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH


分子量: 52370.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZMK2
#23: タンパク質 TATA-box-binding protein / TATA sequence-binding protein / TBP / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription factor ...TATA sequence-binding protein / TBP / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription factor D / Transcription initiation factor TFIID TBP subunit


分子量: 27042.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SPT15, BTF1, TBP1, YER148W
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P13393

-
General transcription and DNA repair factor IIH subunit ... , 2種, 2分子 45

#4: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4


分子量: 37506.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H4BW51
#28: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 / TFIIH subunit TFB5 / RNA polymerase II transcription factor B subunit 5


分子量: 8243.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E7C1

-
Transcription ... , 8種, 8分子 MQPSUVWX

#7: タンパク質 Transcription initiation factor IIB / General transcription factor TFIIB / Transcription factor E


分子量: 38257.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SUA7, YPR086W, P9513.4
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P29055
#20: タンパク質 Transcription initiation factor IIF subunit alpha / TFIIF-alpha / TFIIF large subunit / Transcription factor G 105 kDa subunit / P105


分子量: 82320.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41895
#21: タンパク質 Transcription initiation factor IIF subunit beta


分子量: 46684.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PZ00
#22: タンパク質 Transcription elongation factor


分子量: 34903.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DST1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6A5PWR6
#24: タンパク質 Transcription initiation factor IIA large subunit / Y55_G0039490.mRNA.1.CDS.1


分子量: 32230.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS5691, SCNYR20_0002031500, SCP684_0003030900
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6A5Q2T8
#25: タンパク質 Transcription initiation factor IIA subunit 2


分子量: 13473.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS3356, PACBIOSEQ_LOCUS3547, PACBIOSEQ_LOCUS3591, PACBIOSEQ_LOCUS3602, PACBIOSEQ_LOCUS3607, PACBIOSEQ_LOCUS3639, PACBIOSEQ_LOCUS3680, PACBIOSEQ_LOCUS3892, PACBIOSEQ_LOCUS3963
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6A5PRZ0
#26: タンパク質 Transcription initiation factor IIE subunit alpha


分子量: 54804.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PTU5
#27: タンパク質 Transcription initiation factor IIE subunit beta


分子量: 37050.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PS93

-
DNA-directed RNA polymerase ... , 7種, 7分子 ABCDGIK

#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1P2, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q4H2, DNA-directed RNA polymerase
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3


分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q0Z3
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4


分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PTI6
#14: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7


分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q270
#16: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9


分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A7I9EWC2
#18: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11


分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q7A1

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 3種, 3分子 EFH

#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1


分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q456
#13: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2


分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20435
#15: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q8C2

-
DNA-directed RNA polymerases II subunit ... , 2種, 2分子 JL

#17: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5


分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q7Q6
#19: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4


分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PY05

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#29: DNA鎖 DNA (64-MER)


分子量: 19703.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 2567904391
#30: DNA鎖 DNA (64-MER)


分子量: 19739.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 2567904391

-
非ポリマー , 3種, 18分子

#31: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#32: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#33: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: consensus map of PICdeltaTFIIK form1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#30 / 由来: NATURAL
分子量値: 1 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1750 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 1.25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 138691 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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