PDB-8um6: Structure of copper bound to YcnI W137F

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8um6

タイトル

Structure of copper bound to YcnI W137F

要素

Uncharacterized protein YcnI

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Cupredoxin / Copper-binding protein / DUF1775 / Histidine brace

機能・相同性

YcnI-like / YcnI-like superfamily / Domain of unkown function (DUF1775) / plasma membrane / COPPER (II) ION / Copper-binding protein CutI

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Fisher, O.S. / Silva, Y.R.O. / Zheng, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2024
タイトル: Stabilization of a Cu-binding site by a highly conserved tryptophan residue.
著者: de Oliveira Silva, Y.R. / Zheng, D. / Peters, S.C. / Fisher, O.S.

履歴

登録	2023年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8um6.cif.gz	68.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8um6.ent.gz	49.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8um6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8um6_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8um6_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	8um6_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	8um6_validation.cif.gz	17.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/8um6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/8um6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein YcnI

B: Uncharacterized protein YcnI

ヘテロ分子

28.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein YcnI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Uncharacterized protein YcnI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.263, 90.263, 207.508
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-383- HOH
2	1	B-383- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein YcnI 分子量: 14404.754 Da / 分子数: 2 / 変異: W137F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: ycnI / プラスミド: pET28a+TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P94431
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1 M citric acid pH 3.5, 3.0 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.3776 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月19日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3776 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→103.75 Å / Num. obs: 37400 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.1 % / B_iso Wilson estimate: 19 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.316 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.32 / Net I/av σ(I): 0.05 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 36.9 % / R_merge(I) obs: 1.112 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 1811 / CC_1/2: 0.774 / R_pim(I) all: 0.185 / R_rim(I) all: 1.127 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
DIALS	3.14.2	データ削減
DIALS	3.14.2	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→39.09 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2388	3717	5.39 %
R_work	0.2028	-	-
obs	0.21	37333	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→39.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2004	0	0	167	2171

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2083
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.788	2849
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.358	1223
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	306
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	375

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.97	0.3602	132	0.3396	2365	X-RAY DIFFRACTION	98.7
1.97-2	0.3275	140	0.3363	2430	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2-2.03	0.3747	132	0.3464	2416	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.03-2.06	0.3495	139	0.3144	2438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.09	0.3383	134	0.3171	2376	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.12	0.3642	132	0.2983	2430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.16	0.3357	139	0.2874	2435	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.19	0.3047	138	0.2733	2429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.23	0.3194	140	0.2703	2385	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.27	0.2646	142	0.2572	2427	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.32	0.2993	142	0.2535	2403	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.37	0.2579	141	0.2382	2438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.43	0.3017	136	0.232	2387	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.49	0.2928	140	0.2301	2439	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.56	0.3299	131	0.2367	2411	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.63	0.2314	135	0.2366	2398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.72	0.3061	137	0.2376	2415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.81	0.2611	139	0.2353	2424	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.92	0.2512	142	0.2377	2422	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.06	0.2546	140	0.2173	2405	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.22	0.2728	136	0.1928	2423	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.42	0.2154	141	0.1745	2408	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.68	0.1965	136	0.1553	2413	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-4.05	0.1746	131	0.1438	2438	X-RAY DIFFRACTION	100
4.06-4.64	0.1646	142	0.1246	2404	X-RAY DIFFRACTION	100
4.64-5.84	0.1628	138	0.1316	2426	X-RAY DIFFRACTION	100
5.84-39.09	0.1705	142	0.1804	2430	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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