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万見
- PDB-8ulm: Chickpea (Cicer arientinum) nodule-specific cysteine-rich peptide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ulm
タイトルChickpea (Cicer arientinum) nodule-specific cysteine-rich peptide NCR13: Solution NMR structure of the isomer with C4:C23, C15:C30, and C10:C28 disulfide bonds
要素Nodule cysteine-rich protein 13
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / antifunal activity / ENDOSYMBIOTIC / DISULFIDE-RICH / ANTIMICROBIAL PROTEIN / NCR peptide
機能・相同性Late nodulin / Late nodulin domain / metal ion binding / Nodule cysteine-rich protein 13
機能・相同性情報
生物種Cicer arietinum (マメ科)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Buchko, G.W. / Zhou, M. / Shah, D.M. / Velivelli, S.L.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other government 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution NMR structures of the Chickpea (Cicer arientinum) nodule-specific cysteine-rich peptide NCR13 in two different disulfide bonding patterns
著者: Buchko, G.W. / Zhou, M. / Velivelli, S.L.S. / Shah, D.M.
履歴
登録2023年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nodule cysteine-rich protein 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7421
ポリマ－3,7421
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Nodule cysteine-rich protein 13


分子量: 3741.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cicer arietinum (マメ科) / 遺伝子: NCR13 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A0U8SNQ0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D 1H-15N HSQC
122anisotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
132anisotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
142anisotropic12D 1H-1H NOESY
152anisotropic12D 1H-1H TOCSY
162anisotropic12D 1H-15N HSQC
1101anisotropic13D 1H-15N TOCSY
191anisotropic12D 1H-1H NOESY
181anisotropic12D 1H-1H TOCSY
1111anisotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution120 mM sodium acetate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2ODEF13_B193% H2O/7% D2O
solution220 mM sodium acetate, 50 mM sodium chloride, 100% D2ODEF13_B1100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium acetatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
20 mMsodium acetatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
試料状態イオン強度: 70 mM / Ionic strength err: 2 / Label: 1 / pH: 5.3 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix2007Accelrys Software Inc.解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
PokyManthey, Tonelli, Clos II, Rahimi, Markley and Leepeak picking
PSVS3.135Bhattacharya and Montelioneデータ解析
TALOS+unknownデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 3
詳細: It was not possible to verify the disulfide bonding pattern using mass spectrometry or other methods. Therefore the alphafold predicted disulfide pattern was used in the structure ...詳細: It was not possible to verify the disulfide bonding pattern using mass spectrometry or other methods. Therefore the alphafold predicted disulfide pattern was used in the structure calculations. The structure was first solved using CYANA and then refined in explicit water adding 10% to the upper bound of the NOE restraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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