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- PDB-8ukp: cAMP-dependent protein kinase A catalytic domain in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ukp
タイトルcAMP-dependent protein kinase A catalytic domain in complex with voltage gated calcium channel peptide ternary complex 1
要素
  • ARG-GLY-PHE-LEU-ARG-SER-ALA-SER-LEU-GLY-ARG-ARG-ALA-SER-PHE-HIS-LEU
  • cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / Protein Kinase / Complex / Ion Channel / Voltage gated calcium channel / Cardiac channel / Stress signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / HDL assembly / DARPP-32 events / Rap1 signalling / PKA activation / Regulation of insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GPER1 signaling / Hedgehog 'off' state ...PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / HDL assembly / DARPP-32 events / Rap1 signalling / PKA activation / Regulation of insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GPER1 signaling / Hedgehog 'off' state / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / MAPK6/MAPK4 signaling / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / AURKA Activation by TPX2 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / RET signaling / Mitochondrial protein degradation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Ion homeostasis / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cAMP-dependent protein kinase complex / cellular response to parathyroid hormone stimulus / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold / sperm capacitation / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / ciliary base / protein kinase A regulatory subunit binding / intracellular potassium ion homeostasis / mesoderm formation / cAMP/PKA signal transduction / plasma membrane raft / axoneme / regulation of proteasomal protein catabolic process / sperm flagellum / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / sperm midpiece / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / acrosomal vesicle / positive regulation of phagocytosis / protein export from nucleus / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / neuromuscular junction / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of insulin secretion / peptidyl-serine phosphorylation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / manganese ion binding / cellular response to heat / postsynapse / protein kinase activity / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Haji-Ghassemi, O. / Van Petegem, F.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-153305 カナダ
Canada Foundation for Innovation カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Crystallographic, kinetic, and calorimetric investigation of PKA interactions with L-type calcium channels and Rad GTPase.
著者: Yoo, R. / Haji-Ghassemi, O. / Bader, M. / Xu, J. / McFarlane, C. / Van Petegem, F.
履歴
登録2023年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: ARG-GLY-PHE-LEU-ARG-SER-ALA-SER-LEU-GLY-ARG-ARG-ALA-SER-PHE-HIS-LEU
E: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0895
ポリマ－41,5342
非ポリマー5553
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.630, 118.630, 57.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ARG-GLY-PHE-LEU-ARG-SER-ALA-SER-LEU-GLY-ARG-ARG-ALA-SER-PHE-HIS-LEU


分子量: 1936.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha


分子量: 39598.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prkaca, Pkaca / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05132, cAMP-dependent protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 18% w/v PEG 12K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→35 Å / Num. obs: 9956 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.928 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 135235
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.85-2.9214.14.0036330.5710.8531.0934.1530.862100
2.92-2.9913.82.4616550.6850.9020.6842.5560.844100
2.99-3.0713.52.1816400.7520.9270.612.2660.892100
3.07-3.1612.31.3566560.8590.9610.4011.4150.918100
3.16-3.2614.60.8836320.9370.9840.2380.9150.933100
3.26-3.3814.60.6236690.9570.9890.1680.6460.923100
3.38-3.5114.50.4066390.9840.9960.110.4210.958100
3.51-3.6714.20.2576590.9930.9980.070.2670.968100
3.67-3.8714.10.1746580.9940.9980.0480.180.984100
3.87-4.1112.70.1246680.9960.9990.0360.1291.057100
4.11-4.43140.0826670.9970.9990.0230.0851100
4.43-4.8714.10.0656570.9980.9990.0180.0670.912100
4.87-5.5713.60.0526740.99910.0150.0540.898100
5.57-7.0112.40.0456960.99910.0130.0470.886100
7.01-3511.70.0297530.99810.0090.0310.88599.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc1_4392精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→33.8 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2807 467 5.07 %
Rwork0.2396 --
obs0.2418 9212 92.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→33.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2671 0 33 12 2716
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4753770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.953964
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039412
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004473
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-3.260.3011300.30742354X-RAY DIFFRACTION77
3.26-4.110.3161710.25323123X-RAY DIFFRACTION100
4.11-33.80.25171660.21263268X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0068-0.0073-0.00190.008-0.00620.01960.00560.0119-0.0179-0.0330.0290.04480.0175-0.02540.01470.18720.0057-0.05440.2705-0.18960.372-2.5546.611-12.458
20.00170.00490.00270.00590.00380.00250.0079-0.00290.00450.0042-0.0304-0.0070.03120.036-00.7008-0.0814-0.08430.4731-0.11560.6664-1.52610.819-8.401
3-0.00020.0007-0.00010.00230.00010.0027-0.0255-0.0031-0.04490.0168-0.0101-0.0022-0.01610.008100.7367-0.09550.07580.6212-0.00350.4811-8.36525.70314.307
40.00090.0005-0.0009-0.0005-0.00040.0009-0.00160.00540.0036-0.00370.0048-0.0004-0.0022-0.0151-00.7703-0.0748-0.03050.8842-0.12240.85-8.62234.1074.699
5-0.00060.00010.00020.00010.00030.0003-0.012-0.0092-0.0037-0.00660.00860.0001-0.00160.008500.88430.0242-0.08750.7932-0.04290.6819-0.53723.0213.893
60.0015-0.0001-0.00080.0001-0.00030.0010.006-0.01630.00810.0050.00790.016-0.0050.0144-00.7552-0.0567-0.05780.7503-0.01850.5948-13.31628.7183.143
70.0001-0.0001-0.0002-0.00020.00080.0090.0037-0.00470.00250.00390.0032-0.00140.005-0.00401.06570.0628-0.04451.1853-0.00091.1026-21.5931.671-4.641
80.0006-0.00080.00020.0026-0.000500.01070.00970.00430.00220.0059-0.0089-0.00250.00300.51770.0024-0.0420.6462-0.19650.6288-15.06725.981-9.478
90.00550.0009-0.00560.00320.00230.0002-0.0282-0.0634-0.01810.0971-0.0557-0.02750.0366-0.0719-0.0010.4209-0.138-0.26130.4527-0.09020.458-3.31919.837-1.808
100.0020.00390.0019-0.00160.00090.0008-0.01770.0074-0.02460.0111-0.0340.0135-0.02850.004200.7379-0.0794-0.04590.762-0.13230.5654-9.22825.3064.868
110.03020.02660.03140.02670.0006-0.01460.2588-0.095-0.26110.00820.0523-0.01580.16590.15870.1663-1.1187-0.0135-1.48060.1016-0.0402-0.68178.06732.136-8.102
120.00480.00370.0090.00730.00170.00190.03660.0186-0.0487-0.0814-0.05980.08050.0377-0.0154-0.01590.2387-0.0715-0.5560.2983-0.20160.2507-7.53727.349-17.08
130.002-0.00370.00390.00070.00160.0020.01030.02850.0149-0.0445-0.00110.04340.0160.00170.00950.17960.0214-0.38270.1627-0.19720.0633-4.02237.138-23.233
140.105-0.04570.04880.034-0.03230.03320.07880.0421-0.0406-0.1022-0.00750.02320.0607-0.01240.0221-0.01720.0442-0.3969-0.1045-0.3034-0.07594.66233.747-19.301
150.0191-0.00830.0231-0.0019-0.00030.01840.02740.02710.0486-0.08820.0476-0.00520.0120.01930.0390.0241-0.0234-0.39440.1111-0.2529-0.07760.1146.8-22.114
160.00250.0022-0.01090.00120.00170.00960.02390.0156-0.0242-0.0787-0.01080.0123-0.03050.06180.01330.12240.25440.19460.3193-0.4127-0.058513.48639.511-24.649
170.0079-0.002-0.010.0157-0.00310.019-0.0257-0.0438-0.1027-0.1159-0.042-0.11960.01330.0377-0.03810.28690.4951-0.13730.1408-0.34380.453514.57625.698-21.429
180.00580.00050.00630.00140.00060.0026-0.0181-0.01430.01970.0128-0.031200.00960.0189-00.3219-0.0043-0.39020.48310.0380.576517.1427.118-2.014
1900.00070.0002-0.00010.0001-0.00010.005-0.0046-0.0151-0.00350.00730.0111-0.001-0.0003-01.028-0.0176-0.04761.03850.00721.01358.16536.47410.723
200.01190.0062-0.00290.00450.00430.0025-0.0250.00290.00110.02350.0029-0.0012-0.02170.001101.0259-0.01910.02341.0148-0.0731.0039-9.28334.3027.04
210.0076-0.0017-0.00060.00210.00190.00110.0044-0.00790-0.00240.0001-0.0132-0.0005-0.003201.1522-0.1126-0.08551.2601-0.0961.2869-21.59419.898-1.372
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND RESID 1969:1984 )C1969 - 1984
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN E AND RESID 17:38 )E17 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN E AND RESID 39:48 )E39 - 48
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN E AND RESID 49:61 )E49 - 61
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND RESID 62:71 )E62 - 71
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN E AND RESID 72:77 )E72 - 77
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN E AND RESID 78:83 )E78 - 83
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN E AND RESID 84:91 )E84 - 91
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN E AND RESID 92:113 )E92 - 113
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN E AND RESID 114:123 )E114 - 123
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN E AND RESID 124:183 )E124 - 183
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN E AND RESID 184:202 )E184 - 202
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN E AND RESID 203:214 )E203 - 214
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN E AND RESID 215:233 )E215 - 233
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN E AND RESID 234:254 )E234 - 254
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN E AND RESID 255:277 )E255 - 277
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN E AND RESID 278:306 )E278 - 306
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN E AND RESID 307:317 )E307 - 317
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN E AND RESID 318:326 )E318 - 326
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN E AND RESID 327:341 )E327 - 341
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN E AND RESID 342:350 )E342 - 350

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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