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- PDB-8uk7: Periplasmic domain of Escherichia coli CpxA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uk7
タイトルPeriplasmic domain of Escherichia coli CpxA
要素Sensor histidine kinase CpxA
キーワードSIGNALING PROTEIN / PAS domain / sensor / inner membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion involved in biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphoprotein phosphatase activity / response to radiation / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain / Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain superfamily / Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain / : / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain ...Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain / Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain superfamily / Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain / : / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensor histidine kinase CpxA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Glover, M.J.N. / Murray, C.R.A. / Edwards, R.A. / Thede, G.L.
資金援助 カナダ, 4件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2021-02710 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2016-05163 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)CIHR168972 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)CIHR142347 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: The sensor of the bacterial histidine kinase CpxA is a novel dimer of extracytoplasmic Per-ARNT-Sim domains.
著者: Cho, T.H.S. / Murray, C. / Malpica, R. / Margain-Quevedo, R. / Thede, G.L. / Lu, J. / Edwards, R.A. / Glover, J.N.M. / Raivio, T.L.
履歴
登録2023年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor histidine kinase CpxA
B: Sensor histidine kinase CpxA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7742
ポリマ－31,7742
非ポリマー00
水1,58588
1
A: Sensor histidine kinase CpxA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8871
ポリマ－15,8871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sensor histidine kinase CpxA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8871
ポリマ－15,8871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.160, 43.163, 186.981
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 10 or resid 12...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 10 or resid 12...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11METMETGLNGLNAA2 - 1010 - 18
d_12GLNGLNGLNGLNAA1220
d_13GLYGLYASNASNAA13 - 3021 - 38
d_14LEULEUGLNGLNAA32 - 5040 - 58
d_15LEULEUARGARGAA52 - 6060 - 68
d_16ILEILEGLUGLUAA62 - 9470 - 102
d_17VALVALSERSERAA96 - 117104 - 125
d_21METMETGLNGLNBB2 - 1010 - 18
d_22GLNGLNASNASNBB12 - 3020 - 38
d_23LEULEUGLNGLNBB32 - 5040 - 58
d_24LEULEUARGARGBB52 - 6060 - 68
d_25ILEILEGLUGLUBB62 - 9470 - 102
d_26VALVALSERSERBB96 - 117104 - 125

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.185805265651, 0.979821935791, 0.0736571612235), (0.979921998618, -0.19029691311, 0.0594975754542), (0.0723137599657, 0.0611233098258, -0.995507238103)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.185805265651, 0.979821935791, 0.0736571612235), (0.979921998618, -0.19029691311, 0.0594975754542), (0.0723137599657, 0.0611233098258, -0.995507238103)
ベクター: -27.8864864409, 30.9595950616, 46.7554720502)

-
要素

#1: タンパク質 Sensor histidine kinase CpxA


分子量: 15886.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: cpxA, ecfB, eup, ssd, b3911, JW3882 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AE82, histidine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Tris-HCl pH 7.5, 350 mM NaCl, 20% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.03316 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03316 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→39.2 Å / Num. obs: 28337 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 34.85 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 13.75
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 1.09 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / Num. unique obs: 2769 / CC1/2: 0.958 / CC star: 0.989 / Rpim(I) all: 0.408 / Rrim(I) all: 1.16 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→39.19 Å / SU ML: 0.1873 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.6725
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 1345 4.75 %
Rwork0.2043 26992 -
obs0.2062 28337 98.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1901 0 0 88 1989
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01311988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15042695
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0658280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0078364
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6376779
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.798007206057 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.860.34891330.30322602X-RAY DIFFRACTION96.64
1.86-1.940.31191380.28962610X-RAY DIFFRACTION97.62
1.94-2.030.28511460.25562637X-RAY DIFFRACTION98.17
2.03-2.130.27891320.2332670X-RAY DIFFRACTION98.35
2.13-2.270.24531490.2222678X-RAY DIFFRACTION98.6
2.27-2.440.26481240.21932688X-RAY DIFFRACTION98.53
2.44-2.690.29031180.22432742X-RAY DIFFRACTION98.72
2.69-3.080.25881350.22842718X-RAY DIFFRACTION98.45
3.08-3.880.26451270.18762779X-RAY DIFFRACTION99.21
3.88-39.190.20491430.17952868X-RAY DIFFRACTION96.69
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.30120470265-2.01407825493-2.606165255915.12047646334.068979154733.886291425520.4701585530970.2091528765450.0873441337661-0.3799448828230.0344990898617-0.223779576739-1.29335530336-0.917632723857-0.270238808011.020020926020.3129748394020.3327877546590.5355880716960.1892977092580.521618805574-12.636964741836.472958164219.842455736
22.521928503240.233182629403-1.354287818042.936125339280.2334923344223.693980724690.1864133373240.429994949677-0.08829396654640.0230383933648-0.1399471539830.08687524493960.468711230315-0.511163364978-0.1170945873750.448480403608-0.008407820173680.04216637419540.30016187765-0.04248517381640.319773476876-16.904060480619.263576321331.5170251706
36.253754508670.472531374688-3.54399811125.24767472413-0.5878196056099.63431570641-0.0893013940352-0.227816232773-0.8827693520531.30107711631-0.3685049021010.09718355569581.020032847190.6087352053260.3039073282720.640589108649-0.005202435218560.07197713407210.2233983511180.0257125387050.373845923858-14.122583173619.662244532141.0608315994
45.91520522024-2.02113288627-4.81465696628.430143547734.616827294689.570062522870.4303254750410.2701410547870.2226595276440.436528465848-0.230892663149-0.261881087321-0.124309674910.0879315572612-0.1898025524240.4107597398320.02935472482680.01008144744180.2187844509060.002727279289210.365308565825-12.802589338828.795491213137.3762759674
57.89786586602-0.886044466144-3.217862862722.551312153372.215654245062.707031870120.387248736457-0.3450228440411.059510427760.06264219674990.0766898476332-0.888400253356-1.78471741256-0.0579686649745-0.5837745400570.911993471941-0.06284751722950.2166555100780.343515446928-0.09230577541840.639559149481-11.631307896839.404711517237.102310921
65.850069963281.90403707550.664381585328.676821399661.062103616388.28830831990.5365519460740.5498495976940.413774365589-0.430972044198-0.102185282180.432552473625-1.49452461358-0.00259633120545-0.2385228400440.7218014211650.108701119730.2186044520740.2791058566960.05775621954170.515283173192-12.131340525436.459975751726.7435707561
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124.81090550638-2.76790269523-2.46591098655.934922267723.142788502876.812275653340.1182705631990.3881074873620.2236432485170.1091137433030.194251718714-0.2648455135670.02701813021270.0892319775802-0.3572195429610.282235795850.021831248309-0.01397354531340.598788570606-0.1314021774340.427544477990.41179124350714.842278202510.3108746616
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146.532356842215.32788429129-5.04065598588.22857440183-4.957900124664.08478750405-0.906865617698-1.27334767825-2.251605930840.4546344938820.647876489484-2.002413319171.266091600161.526311778340.4930340689961.182704246560.4006874353529.06569965501E-51.004897666660.05850447202150.962053126344.260054025494.5676668615423.2541276161
153.76520967829-0.8296513585181.496042576087.497601622863.289761911878.68714201505-0.37276723848-0.3290919631510.05236745640050.2453790196810.523204671685-0.625899795404-0.279131156040.543018684673-0.1498058211350.3326595074110.107819554859-0.02811503998660.605704504573-0.1783689442780.4417640697833.2509808911513.304564777618.121294598
164.809129181533.475504071475.01156325312.997086828634.160670101027.82286667766-0.5403226766760.2351097829930.43602683891-0.09589687037420.1166416882390.420985245076-0.114051411868-0.02767313155570.2234595884440.2984876781350.05894318178010.009008542872620.472547008865-0.123529342970.4877597156670.68035652704813.763533957516.1123457193
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 6 )AA2 - 61 - 5
22chain 'A' and (resid 7 through 33 )AA7 - 336 - 36
33chain 'A' and (resid 34 through 45 )AA34 - 4537 - 48
44chain 'A' and (resid 46 through 65 )AA46 - 6549 - 69
55chain 'A' and (resid 66 through 78 )AA66 - 7870 - 82
66chain 'A' and (resid 79 through 97 )AA79 - 9783 - 102
77chain 'A' and (resid 98 through 105 )AA98 - 105103 - 110
88chain 'A' and (resid 106 through 117 )AA106 - 117111 - 122
99chain 'B' and (resid 1 through 6 )BB1 - 61 - 6
1010chain 'B' and (resid 7 through 33 )BB7 - 337 - 33
1111chain 'B' and (resid 34 through 45 )BB34 - 4534 - 45
1212chain 'B' and (resid 46 through 65 )BB46 - 6546 - 67
1313chain 'B' and (resid 66 through 78 )BB66 - 7868 - 80
1414chain 'B' and (resid 79 through 85 )BB79 - 8581 - 87
1515chain 'B' and (resid 86 through 105 )BB86 - 10588 - 107
1616chain 'B' and (resid 106 through 117 )BB106 - 117108 - 119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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