PDB-8ujy: Crystal structure of human WD repeat-containing protein 5 in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ujy

タイトル

Crystal structure of human WD repeat-containing protein 5 in complex with 4-(3,5-dimethoxybenzyl)-9-(4-fluoro-2-methylphenyl)-7-((2-imino-3-methyl-2,3-dihydro-1H-imidazol-1-yl)methyl)-3,4-dihydrobenzo[f][1,4]oxazepin-5(2H)-one (compound 8)

要素

WD repeat-containing protein 5

キーワード

TRANSCRIPTION / WDR5 / Cancer / Drug Discovery

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3Q5ser reader activity / histone H3K4me1 reader activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Zhao, B. / Amporndanai, K. / Fesik, S.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure-Based Discovery of Potent, Orally Bioavailable Benzoxazepinone-Based WD Repeat Domain 5 Inhibitors.
著者: Teuscher, K.B. / Mills, J.J. / Tian, J. / Han, C. / Meyers, K.M. / Sai, J. / South, T.M. / Crow, M.M. / Van Meveren, M. / Sensintaffar, J.L. / Zhao, B. / Amporndanai, K. / Moore, W.J. / ...

履歴

登録	2023年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ujy.cif.gz	252.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ujy.ent.gz	196.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ujy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ujy_validation.pdf.gz	1023.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ujy_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8ujy_validation.xml.gz	28.2 KB	表示
CIF形式データ	8ujy_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/8ujy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/8ujy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 5

B: WD repeat-containing protein 5

ヘテロ分子

69.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.810, 47.680, 68.869
Angle α, β, γ (deg.)	88.040, 89.270, 74.660
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 32 - 333 / Label seq-ID: 10 - 311

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein 分子量: 34289.887 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#2: 化合物	ChemComp-VV3 / (9P)-4-[(3,5-dimethoxyphenyl)methyl]-9-(4-fluoro-2-methylphenyl)-7-{[(2E)-2-imino-3-methyl-2,3-dihydro-1H-imidazol-1-yl]methyl}-3,4-dihydro-1,4-benzoxazepin-5(2H)-one 分子量: 530.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₁FN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 7.0, 0.2 M ammonium acetate, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→28.658 Å / Num. obs: 34546 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.079 / R_rim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.01→2.06 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2725 / CC_1/2: 0.885 / R_pim(I) all: 0.321 / R_rim(I) all: 0.46 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.01→28.658 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 5.735 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.196 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2322	1714	4.962 %
R_work	0.1884	32831	-
all	0.191	-	-
obs	-	34545	90.387 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.378 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.913 Å²	-0.302 Å²	0.306 Å²
2-	-	2.28 Å²	-0.024 Å²
3-	-	-	-1.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→28.658 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4658	0	78	480	5216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	4856
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4431
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.532	1.785	6615
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.526	1.751	10237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.222	5	607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.079	14.13	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	16.927	20	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.805	10	757
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.223	10	182
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	741
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5648
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	852
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	4225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	2332
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	2511
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.237	0.2	429
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.232	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.25	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.473	2.37	2439
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.473	2.372	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.79	4.238	3042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.79	4.24	3043
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.51	2.624	2417
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.51	2.625	2418
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.872	4.737	3573
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.871	4.738	3574
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.028	29.483	22254
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.845	29.1	21789
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.089	0.05	9898

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08873	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08873	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.01-2.062	0.321	144	0.262	2565	0.265	2828	0.933	0.946	95.7921	0.248
2.062-2.118	0.292	83	0.247	1760	0.249	2742	0.938	0.954	67.2137	0.236
2.118-2.179	0.264	119	0.255	2452	0.256	2676	0.948	0.953	96.0762	0.242
2.179-2.246	0.278	118	0.243	2368	0.244	2582	0.947	0.958	96.282	0.229
2.246-2.319	0.267	82	0.22	1520	0.222	2490	0.952	0.966	64.3373	0.206
2.319-2.4	0.235	108	0.227	2263	0.227	2450	0.959	0.964	96.7755	0.216
2.4-2.49	0.26	117	0.213	2154	0.215	2350	0.951	0.97	96.6383	0.199
2.49-2.591	0.317	87	0.223	2105	0.227	2267	0.943	0.967	96.6917	0.213
2.591-2.705	0.336	104	0.209	1613	0.217	2140	0.931	0.971	80.2336	0.201
2.705-2.836	0.253	92	0.183	1926	0.186	2083	0.959	0.978	96.8795	0.179
2.836-2.987	0.227	90	0.182	1827	0.184	1970	0.971	0.979	97.3096	0.181
2.987-3.166	0.221	103	0.177	1728	0.18	1880	0.969	0.98	97.3936	0.18
3.166-3.382	0.237	67	0.167	1638	0.17	1748	0.962	0.983	97.54	0.174
3.382-3.649	0.182	59	0.165	1320	0.166	1628	0.976	0.985	84.7052	0.176
3.649-3.991	0.172	49	0.161	1102	0.161	1505	0.981	0.985	76.4784	0.175
3.991-4.451	0.188	87	0.136	1255	0.139	1366	0.981	0.99	98.243	0.155
4.451-5.119	0.143	55	0.117	1115	0.118	1193	0.989	0.992	98.0721	0.143
5.119-6.22	0.209	40	0.161	972	0.163	1029	0.976	0.987	98.3479	0.189
6.22-8.596	0.2	72	0.181	709	0.183	795	0.974	0.983	98.239	0.215
8.596-28.658	0.205	38	0.179	439	0.18	486	0.971	0.986	98.1481	0.251

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