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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ujw | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the KETc7 antigen from Taenia solium | ||||||||||||
要素 | GRAM domain-containing protein | ||||||||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Taenia Solium / Antigen / Recombinant / Vaccine | ||||||||||||
機能・相同性 | WW domain-binding protein 2-like / GRAM domain / GRAM domain / PH-like domain superfamily / transcription coactivator activity / GRAM domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Taenia solium (かぎさなだ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sotelo-Mundo, R.R. / Gomez-Yanes, A.C. / Lopez-Zavala, A.A. / Ochoa-Leyva, A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the KETc7 antigen from Taenia solium 著者: Sotelo-Mundo, R. / Gomez-Yanes, A.C. / Lopez-Zavala, A.A. / Ochoa-Leyva, A. #1: ジャーナル: Infect.Immun. / 年: 2017 タイトル: Experimental and Theoretical Approaches To Investigate the Immunogenicity of Taenia solium-Derived KE7 Antigen. 著者: Bobes, R.J. / Navarrete-Perea, J. / Ochoa-Leyva, A. / Anaya, V.H. / Hernandez, M. / Cervantes-Torres, J. / Estrada, K. / Sanchez-Lopez, F. / Soberon, X. / Rosas, G. / Nunes, C.M. / Garcia- ...著者: Bobes, R.J. / Navarrete-Perea, J. / Ochoa-Leyva, A. / Anaya, V.H. / Hernandez, M. / Cervantes-Torres, J. / Estrada, K. / Sanchez-Lopez, F. / Soberon, X. / Rosas, G. / Nunes, C.M. / Garcia-Varela, M. / Sotelo-Mundo, R.R. / Lopez-Zavala, A.A. / Gevorkian, G. / Acero, G. / Laclette, J.P. / Fragoso, G. / Sciutto, E. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ujw.cif.gz | 93.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ujw.ent.gz | 65.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ujw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ujw_validation.pdf.gz | 422.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ujw_full_validation.pdf.gz | 423.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ujw_validation.xml.gz | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ujw_validation.cif.gz | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/8ujw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/8ujw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28461.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Taenia solium (かぎさなだ) / 遺伝子: TASK_LOCUS7246 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0R3W9T8 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.48 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS 6.5, 25 % w/v PEF 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.195 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.195 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→37.81 Å / Num. obs: 18620 / % possible obs: 95.89 % / 冗長度: 13.72 % / Biso Wilson estimate: 22.11 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01388 / Rpim(I) all: 0.01388 / Rrim(I) all: 0.01962 / Net I/σ(I): 23.39 |
反射 シェル | 解像度: 1.724→1.785 Å / Rmerge(I) obs: 0.1804 / Num. unique obs: 1357 / CC1/2: 0.927 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.72→37.81 Å / SU ML: 0.191 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.1736 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→37.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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