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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ujl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human CTDNEP1-NEP1R1 protein phosphatase complex | ||||||
![]() | CTD nuclear envelope phosphatase 1,Nuclear envelope phosphatase-regulatory subunit 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / phosphatase / nuclear envelope | ||||||
機能・相同性 | ![]() Nem1-Spo7 phosphatase complex / Depolymerization of the Nuclear Lamina / nuclear envelope organization / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / mitotic nuclear membrane disassembly / gamete generation / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / mesoderm development ...Nem1-Spo7 phosphatase complex / Depolymerization of the Nuclear Lamina / nuclear envelope organization / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / mitotic nuclear membrane disassembly / gamete generation / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / mesoderm development / protein localization to nucleus / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of protein dephosphorylation / lipid droplet / protein dephosphorylation / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear envelope / nuclear membrane / endoplasmic reticulum membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gao, S. / Airola, M.V. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and mechanism of the human CTDNEP1-NEP1R1 membrane protein phosphatase complex necessary to maintain ER membrane morphology. 著者: Gao, S. / Carrasquillo Rodriguez, J.W. / Bahmanyar, S. / Airola, M.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 176.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 117.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ujmC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31697.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Fusion of human CTD nuclear envelope phosphatase 1 and human nuclear envelope phosphatase-regulatory subunit 1,Fusion of human CTD nuclear envelope phosphatase 1 and human nuclear envelope ...詳細: Fusion of human CTD nuclear envelope phosphatase 1 and human nuclear envelope phosphatase-regulatory subunit 1,Fusion of human CTD nuclear envelope phosphatase 1 and human nuclear envelope phosphatase-regulatory subunit 1 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 6% PEG 3350, 0.2 M lithium citrate, 0.4% CHAPS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月26日 / 詳細: KB bimorph mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9201 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.908→29.08 Å / Num. obs: 23447 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 32.92 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05073 / Rpim(I) all: 0.05073 / Rrim(I) all: 0.07175 / Net I/σ(I): 7.92 |
反射 シェル | 解像度: 1.908→1.976 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.7953 / Mean I/σ(I) obs: 0.83 / Num. unique obs: 2260 / CC1/2: 0.412 / CC star: 0.764 / Rpim(I) all: 0.7953 / Rrim(I) all: 1.125 / % possible all: 98.01 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→29.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -30.1150173489 Å / Origin y: -13.3384256528 Å / Origin z: -5.92299529952 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |