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万見
- PDB-8ujh: X-ray crystal structure of Toxoplasma gondii GalNAc-T3 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ujh
タイトルX-ray crystal structure of Toxoplasma gondii GalNAc-T3 in complex with UDP-GalNAc, Mn2+, and a CST1 diglycopeptide.
要素
  • Glycosyl transferase
  • SAG-related sequence SRS44
キーワードTRANSFERASE / GT-A fold GalNAc Glycosyltransferase / Mucin-type O-glycosylation / Toxoplasma gondii cyst wall glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA-specific serine endopeptidase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / protein O-linked glycosylation / carbohydrate binding / hydrolase activity / Golgi membrane / nucleotide binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
SRS domain / SRS domain / SRS domain superfamily / N-acetylgalactosaminyltransferase / Galactosyltransferase, C-terminal / N-terminal domain of galactosyltransferase / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Lectin domain of ricin B chain profile. ...SRS domain / SRS domain / SRS domain superfamily / N-acetylgalactosaminyltransferase / Galactosyltransferase, C-terminal / N-terminal domain of galactosyltransferase / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glycosyl transferase / SAG-related sequence SRS44
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)
Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Kumar, P. / Samara, N.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)1-ZIA-DE000754-03 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A Toxoplasma gondii O-glycosyltransferase that modulates bradyzoite cyst wall rigidity is distinct from host homologues.
著者: Kumar, P. / Tomita, T. / Gerken, T.A. / Ballard, C.J. / Lee, Y.S. / Weiss, L.M. / Samara, N.L.
履歴
登録2023年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl transferase
C: SAG-related sequence SRS44
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1837
ポリマ－65,3552
非ポリマー8275
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area21580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.722, 66.833, 166.047
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 3分子 AC

#1: タンパク質 Glycosyl transferase


分子量: 63514.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)
遺伝子: TGME49_318730 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1168
参照: UniProt: A0A125YMZ8, polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド SAG-related sequence SRS44


分子量: 1841.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8EZL1, IgA-specific serine endopeptidase
#6: 糖 ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 23分子

#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1 M CHES pH 9.5 and 14-20% PEG 8000 (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月8日 / 詳細: FMB OXFORD dual crystal DCM; IDT KB Mirror system
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator; liquid nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→30 Å / Num. obs: 20609 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 46.83 Å2 / CC1/2: 0.949 / CC star: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.29 / Rpim(I) all: 0.12 / Rrim(I) all: 0.314 / Net I/σ(I): 7.56
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 1.557 / Mean I/σ(I) obs: 0.93 / Num. unique obs: 974 / CC1/2: 0.36 / CC star: 0.727 / Rpim(I) all: 0.822 / Rrim(I) all: 1.771 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SERGUIデータ収集
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→29.74 Å / SU ML: 0.337 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.6827
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 1006 4.89 %
Rwork0.1895 19550 -
obs0.1918 20556 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→29.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4247 0 47 19 4313
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024431
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51336011
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0401623
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042782
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.18281646
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.790.31751340.29432672X-RAY DIFFRACTION96.59
2.79-2.960.37981400.28212755X-RAY DIFFRACTION99.9
2.96-3.190.30981300.24582785X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.510.27231420.21722787X-RAY DIFFRACTION99.9
3.51-4.020.22291540.17052770X-RAY DIFFRACTION99.93
4.02-5.060.1781600.13352825X-RAY DIFFRACTION99.9
5.06-29.740.1941460.1682956X-RAY DIFFRACTION99.36
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.154035285270.970171675575-0.317795478562.766019330180.4015722728311.86325843002-0.3549767748320.510230908323-0.264965800848-0.539234747110.1683918758460.23228243235-0.014783605763-0.08933780527070.155905094370.435247310787-0.117108204234-0.03351459420680.3871041474480.002773093680220.295855432577-21.1185546298-17.632050601120.279395744
21.19484756190.8304996191270.1600434790180.7709082433120.06442634395071.62497869652-0.175403126398-0.0097005991277-0.0111410468632-0.07113724107860.05411595908830.192284906875-0.191371152193-0.01449929494150.1305100979960.3752344523390.0138491666434-0.01855420494180.2630754939180.002635860188230.29393140856-15.4072431915-9.4351441111738.3388782103
30.637603914882-0.125754454060.3060876478163.90225800379-3.120375254086.19320381869-0.0935618334326-0.07765157796767.70692578384E-50.3814504951350.07000316764850.0665785542743-0.137035532291-0.03563316305460.03804334702650.3031069002510.0232923961785-0.00282672519260.236217595425-0.03168869115980.261558217173-3.84332614705-16.910587043260.007111317
47.698421688632.57145126714-3.293067310771.18747589177-2.233795403475.320265813240.6416375541960.7359093079530.5928080986810.38449628924-0.136148036836-0.170056627456-0.721277066311-1.16209026287-0.4813990399521.23720735409-0.114177908597-0.009533076167040.9140274814560.03830973752770.505837572188-17.6092822919-20.77693958840.6505007561
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 103 through 286 )AA103 - 2861 - 184
22chain 'A' and (resid 287 through 440 )AA287 - 440185 - 338
33chain 'A' and (resid 441 through 628 )AA441 - 628339 - 526
44chain 'C' and (resid 1 through 7 )CH1 - 71 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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