[日本語] English
万見
- PDB-8ujg: X-ray crystal structure of Toxoplasma gondii GalNAc-T3 in complex... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ujg
タイトルX-ray crystal structure of Toxoplasma gondii GalNAc-T3 in complex with UDP-GalNAc, Mn2+, and the mono-glycopeptide Srs13.2
要素
  • Glycosyl transferase
  • SAG-related sequence SRS13
キーワードTRANSFERASE / GT-A fold GalNAc Glycosyltransferase / Mucin-type O-glycosylation / Toxoplasma gondii cyst wall glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / protein O-linked glycosylation / carbohydrate binding / Golgi apparatus / membrane
類似検索 - 分子機能
SRS domain superfamily / N-acetylgalactosaminyltransferase / Galactosyltransferase, C-terminal / N-terminal domain of galactosyltransferase / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glycosyl transferase / SAG-related sequence SRS13
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)
Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Kumar, P. / Samara, N.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)1-ZIA-DE000754-03 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A Toxoplasma gondii O-glycosyltransferase that modulates bradyzoite cyst wall rigidity is distinct from host homologues.
著者: Kumar, P. / Tomita, T. / Gerken, T.A. / Ballard, C.J. / Lee, Y.S. / Weiss, L.M. / Samara, N.L.
履歴
登録2023年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glycosyl transferase
B: Glycosyl transferase
D: SAG-related sequence SRS13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,38122
ポリマ－128,9983
非ポリマー2,38219
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.614, 122.624, 165.655
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 99 through 141 or resid 143...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 99 through 141 or resid 143...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11LEULEUALAALAAA99 - 14127 - 69
d_12GLYGLYARGARGAA143 - 15871 - 86
d_13ALAALAHISHISAA160 - 20088 - 128
d_14VALVALVALVALAA202130
d_15ASNASNPROPROAA204 - 208132 - 136
d_16ILEILEGLUGLUAA210 - 213138 - 141
d_17ILEILELEULEUAA215 - 234143 - 162
d_18GLUGLUGLUGLUAA236 - 251164 - 179
d_19ARGARGILEILEAA253 - 264181 - 192
d_110ALAALAVALVALAA266 - 301194 - 229
d_111PROPROPHEPHEAA303 - 313231 - 241
d_112HISHISHISHISAA315 - 333243 - 261
d_113TYRTYRASPASPAA335 - 375263 - 303
d_114GLYGLYPHEPHEAA377 - 385305 - 313
d_115GLYGLYSERSERAA387 - 421315 - 349
d_116PROPROTHRTHRAA426 - 437354 - 365
d_117LEULEUARGARGAA439 - 456367 - 384
d_118ASNASNARGARGAA458 - 471386 - 399
d_119ARGARGMETMETAA473 - 511401 - 439
d_120LEULEUGLNGLNAA513 - 536441 - 464
d_121PHEPHELYSLYSAA538 - 543466 - 471
d_122GLYGLYPROPROAA545 - 549473 - 477
d_123ASNASNVALVALAA551 - 628479 - 556
d_21LEULEUALAALABB99 - 14127 - 69
d_22GLYGLYARGARGBB143 - 15871 - 86
d_23ALAALAHISHISBB160 - 20088 - 128
d_24VALVALVALVALBB202130
d_25ASNASNPROPROBB204 - 208132 - 136
d_26ILEILEGLUGLUBB210 - 213138 - 141
d_27ILEILELEULEUBB215 - 234143 - 162
d_28GLUGLUGLUGLUBB236 - 251164 - 179
d_29ARGARGILEILEBB253 - 264181 - 192
d_210ALAALAVALVALBB266 - 301194 - 229
d_211PROPROPHEPHEBB303 - 313231 - 241
d_212HISHISHISHISBB315 - 333243 - 261
d_213TYRTYRASPASPBB335 - 375263 - 303
d_214GLYGLYPHEPHEBB377 - 385305 - 313
d_215GLYGLYTHRTHRBB387 - 437315 - 365
d_216LEULEUARGARGBB439 - 456367 - 384
d_217ASNASNARGARGBB458 - 471386 - 399
d_218ARGARGMETMETBB473 - 511401 - 439
d_219LEULEUGLNGLNBB513 - 536441 - 464
d_220PHEPHELYSLYSBB538 - 543466 - 471
d_221GLYGLYPROPROBB545 - 549473 - 477
d_222ASNASNVALVALBB551 - 628479 - 556

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.998804961332, -0.0427503709905, -0.0236865995529), (-0.0436072743762, -0.998366121128, -0.0369255170031), (-0.0220693189674, 0.0379142976282, -0.999037262166) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.998804961332, -0.0427503709905, -0.0236865995529), (-0.0436072743762, -0.998366121128, -0.0369255170031), (-0.0220693189674, 0.0379142976282, -0.999037262166)
ベクター: 33.3503523194, -0.711200804321, -2.19157143008)

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 4分子 ABD

#1: タンパク質 Glycosyl transferase


分子量: 63514.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)
遺伝子: TGME49_318730 / プラスミド: pPICz-alpha
詳細 (発現宿主): His Tag (6x), c-Myc Epitope Tag, TEV protease site
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1168
参照: UniProt: A0A125YMZ8, polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド SAG-related sequence SRS13


分子量: 1970.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F856
#7: 糖 ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 259分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1 M CHES pH 9.5 and 14-20% PEG 8000 (w/v)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年10月28日 / 詳細: CRL single axis focusing system
放射モノクロメーター: FMB OXFORD single crystal side bounce monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→30 Å / Num. obs: 62158 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 38.55 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.216 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.27→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 1.647 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3034 / CC1/2: 0.504 / CC star: 0.818 / Rpim(I) all: 0.682 / Rrim(I) all: 1.787 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SERGUI1.20.1_4487データ収集
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.27→29.66 Å / SU ML: 0.3093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.1194
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2369 3121 5.03 %
Rwork0.1923 58919 -
obs0.1945 62040 98.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8460 0 142 241 8843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00289021
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.601312249
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04241267
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00811596
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.35293352
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.817553700325 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.27-2.310.3336960.29751936X-RAY DIFFRACTION71.83
2.31-2.350.3441530.28112665X-RAY DIFFRACTION99.89
2.35-2.390.30221300.2732701X-RAY DIFFRACTION99.68
2.39-2.430.3111400.26132686X-RAY DIFFRACTION99.96
2.43-2.480.33411560.25042699X-RAY DIFFRACTION99.86
2.48-2.530.25941500.25792644X-RAY DIFFRACTION99.96
2.53-2.580.3161460.25232715X-RAY DIFFRACTION99.76
2.58-2.640.31511330.23852693X-RAY DIFFRACTION99.93
2.64-2.710.3071490.23962688X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.780.26391250.22112745X-RAY DIFFRACTION99.97
2.78-2.860.26741530.21352628X-RAY DIFFRACTION98.62
2.86-2.960.27531480.22262695X-RAY DIFFRACTION99.27
2.96-3.060.24711460.21912699X-RAY DIFFRACTION99.96
3.06-3.190.33261530.21732731X-RAY DIFFRACTION99.86
3.19-3.330.27751470.19882724X-RAY DIFFRACTION99.9
3.33-3.510.26491450.19812715X-RAY DIFFRACTION99.9
3.51-3.720.22961300.18872737X-RAY DIFFRACTION99.79
3.72-4.010.18451360.15852729X-RAY DIFFRACTION99.51
4.01-4.410.16141420.1352693X-RAY DIFFRACTION97.42
4.41-5.050.17611350.13112764X-RAY DIFFRACTION99.52
5.05-6.350.1861560.1652792X-RAY DIFFRACTION99.43
6.35-29.660.19721520.18252840X-RAY DIFFRACTION96.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93823130251-0.533982956578-0.07483311697862.491773143810.2135980173631.734813670560.10742540360.3653665717860.0573108424861-0.281022004233-0.2622446694410.1039133648210.002354742274860.005308308395380.1445956164940.297753878450.07281799966670.004730622635930.3094717304710.02741207091230.296006670596-17.465356242521.8042531057-21.8464507032
20.182618022889-0.20672805956-0.08208402572280.997969672934-0.3495410023491.445122163640.0312870115053-0.03907618369740.06461385148260.0546961861123-0.106064308915-0.1510257561210.03184256586170.1270890282940.08217480471350.222267567120.00398969541303-0.01155874423050.2968629688910.03292791258950.324002362645-9.0902361853616.7038710077-3.84409725324
31.656102513430.162346997649-1.022469537630.562599366144-0.7092535504592.5923788337-0.00989612789121-0.3073990671530.04259650209930.00676302489675-0.119829543363-0.04299072932990.175765814380.1860702071070.1075978122970.2876811791680.00750082546681-0.03768882501870.3204195032390.005811926731670.317251052816-16.44914468392.6781493909516.2362751255
41.652959150940.260212300522-0.4465569895860.676156148699-0.7058004459581.300292912470.141362973354-0.3359757262550.01855628463260.190499190123-0.197765688663-0.000760548605461-0.04811631213580.1809548099530.04658617289640.406106354011-0.08514424245770.02734691828130.301283411732-0.01682069412920.27434905090819.3302962974-19.414541010913.6586885169
51.187916941-0.4122690707850.6654377303170.160418885653-0.9186354166211.957966952890.03787805469760.0430992177090.188946169857-0.0497774405215-0.100566249566-0.01034659999550.133450759526-0.02639894871710.04724242913020.2381437500280.000216547234310.01537787695490.254840080157-0.03011930448220.30401762774316.5033049121-4.27321310455-15.9846917959
62.384931696493.106790945691.712820480624.047124022172.201573024015.210064900990.220640873781-0.4511044986250.09864553573540.454601187216-0.1955785192690.07362189178550.01294167299060.0699434205168-0.006117266815011.11940048161-0.2739242745920.1618918352990.8246627214740.03913178307971.11029605819-20.384616131817.8900806509-0.486159272805
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 99 through 286 )AA99 - 2861 - 188
22chain 'A' and (resid 287 through 428 )AA287 - 428189 - 330
33chain 'A' and (resid 429 through 628 )AA429 - 628331 - 530
44chain 'B' and (resid 98 through 402 )BB98 - 4021 - 305
55chain 'B' and (resid 403 through 635 )BB403 - 635306 - 530
66chain 'D' and (resid 2 through 3 )DH2 - 31 - 2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る