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- PDB-8ujf: X-ray crystal structure of Toxoplasma gondii GalNAc-T3 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ujf
タイトルX-ray crystal structure of Toxoplasma gondii GalNAc-T3 in complex with UDP-GalNAc, Mn2+, and Muc5AC-3,13
要素
  • Glycosyl transferase
  • Mucin-5AC
キーワードTRANSFERASE / GT-A fold GalNAc Glycosyltransferase / Mucin-type O-glycosylation / Toxoplasma gondii cyst wall glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


mucus layer / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / extracellular matrix structural constituent ...mucus layer / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / extracellular matrix structural constituent / Dectin-2 family / extracellular matrix / Golgi lumen / carbohydrate binding / Golgi membrane / nucleotide binding / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
N-acetylgalactosaminyltransferase / WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / Galactosyltransferase, C-terminal / N-terminal domain of galactosyltransferase / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain ...N-acetylgalactosaminyltransferase / WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / Galactosyltransferase, C-terminal / N-terminal domain of galactosyltransferase / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
: / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glycosyl transferase / Mucin-5AC
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Kumar, P. / Samara, N.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)1-ZIA-DE000754-03 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A Toxoplasma gondii O-glycosyltransferase that modulates bradyzoite cyst wall rigidity is distinct from host homologues.
著者: Kumar, P. / Tomita, T. / Gerken, T.A. / Ballard, C.J. / Lee, Y.S. / Weiss, L.M. / Samara, N.L.
履歴
登録2023年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl transferase
B: Glycosyl transferase
E: Mucin-5AC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,77910
ポリマ－128,5303
非ポリマー1,2497
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.233, 123.693, 165.724
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 103 through 137 or resid 139...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 103 through 137 or resid 139...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLUPROA1 - 35
d_12ens_1ALAILEA37 - 162
d_13ens_1ALAGLYA164 - 216
d_14ens_1CYSGLNA218 - 235
d_15ens_1ALAGLYA237 - 273
d_16ens_1TYRPROA275 - 350
d_17ens_1SERMETA352 - 400
d_18ens_1LEUVALA402 - 517
d_21ens_1GLUPROB2 - 36
d_22ens_1ALAILEB38 - 163
d_23ens_1ALAGLNB165 - 235
d_24ens_1ALAGLYB237 - 273
d_25ens_1TYRLYSB275 - 314
d_26ens_1PROPROB322 - 357
d_27ens_1SERMETB359 - 407
d_28ens_1LEUVALB409 - 524

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.99971071173, 0.0205682878425, 0.0124674931939), (0.0202552169266, -0.999488759356, 0.0247375445113), (0.0129699282407, -0.0244778564507, -0.999616234114)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99971071173, 0.0205682878425, 0.0124674931939), (0.0202552169266, -0.999488759356, 0.0247375445113), (0.0129699282407, -0.0244778564507, -0.999616234114)
ベクター: 33.1913742985, -0.457701041498, 1.13240433964)

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 4分子 ABE

#1: タンパク質 Glycosyl transferase


分子量: 63514.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)
遺伝子: TGME49_318730 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1168
参照: UniProt: A0A125YMZ8, polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Mucin-5AC / MUC-5AC / Gastric mucin / Major airway glycoprotein / Mucin-5 subtype AC / tracheobronchial / ...MUC-5AC / Gastric mucin / Major airway glycoprotein / Mucin-5 subtype AC / tracheobronchial / Tracheobronchial mucin / TBM


分子量: 1501.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P98088
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 30分子

#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1 M CHES pH 9.5 and 14-20% PEG 8000 (w/v)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月1日 / 詳細: CRL single axis focusing system
放射モノクロメーター: 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→20.01 Å / Num. obs: 30811 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 50.33 Å2 / CC1/2: 0.95 / CC star: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.292 / Rpim(I) all: 0.136 / Rrim(I) all: 0.324 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.87→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 1.568 / Mean I/σ(I) obs: 0.87 / Num. unique obs: 1402 / CC1/2: 0.377 / CC star: 0.74 / Rpim(I) all: 0.697 / Rrim(I) all: 1.723 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.87→20.01 Å / SU ML: 0.4617 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 31.2115
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2741 1998 6.51 %
Rwork0.2173 28704 -
obs0.221 30702 96.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.87→20.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8345 0 68 24 8437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00338692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.640811795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04431218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00921538
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.16813226
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.877118631989 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.87-2.940.32451270.31261818X-RAY DIFFRACTION88.73
2.94-3.020.38351340.31251940X-RAY DIFFRACTION91.57
3.02-3.110.39171340.29231925X-RAY DIFFRACTION92.92
3.11-3.210.35831340.28551946X-RAY DIFFRACTION94.25
3.21-3.330.32961420.26912025X-RAY DIFFRACTION95.55
3.33-3.460.34181400.27472034X-RAY DIFFRACTION97.36
3.46-3.620.3271440.24592058X-RAY DIFFRACTION98.61
3.62-3.810.28131450.22982082X-RAY DIFFRACTION98.85
3.81-4.040.24841460.19872100X-RAY DIFFRACTION99.65
4.04-4.350.22861470.17012117X-RAY DIFFRACTION100
4.35-4.780.22651490.1632137X-RAY DIFFRACTION99.96
4.78-5.460.22031490.17422142X-RAY DIFFRACTION100
5.46-6.840.27151500.20682160X-RAY DIFFRACTION99.83
6.84-20.010.21681570.18322220X-RAY DIFFRACTION97.98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.15570854687-0.3312376805741.06622829761.25251146685-0.609532952160.4859976325030.1145418783550.4399232201120.118761385127-0.263598595683-0.1515109457330.1024891743510.2688410243240.2667720567510.04570989669790.5140782230930.11024024248-0.03211671991930.491482307746-0.01160448779710.27374173579417.249855200121.3876831706-19.6851767637
20.603008161450.1067941852340.1182517282120.254721116835-0.4470369438970.681393615233-0.04303500911120.455771921536-0.08791400205360.07696659997830.0311410370469-0.0605875534961-0.0825910611022-0.207026724009-0.02299364674760.3668464650390.00467930785790.02453438200340.248579080688-0.006427873696410.30458194423823.131151589116.1752776529-1.22417187366
31.49218647319-0.149929366158-1.454703434190.172509090354-0.7329754758571.451038869990.0383654831912-0.030952917484-0.276821425980.0122222060739-0.1426150636910.0755329285885-0.159076344046-0.06617638018490.04854046798630.222644875816-0.0539664797949-0.05773342635290.311364084547-0.05690392473280.37484811160816.72674127523.1834321934818.2311807804
41.036836257490.5045566770530.2056209940792.424459695640.3445296651180.6311641388980.0739031421711-0.0286616916218-0.01562946690020.156674153112-0.228373813066-0.0344171026291-0.0275687768432-0.02281558990020.1177246805910.261608488896-0.0298301278783-0.02557665921890.1576322485030.0244627670140.28701637118350.1226914181-22.222784905319.34467211
50.567698777552-0.4713148987790.8528720774010.626391828517-0.5053800854341.411413750770.00800524247840.129298482167-0.0283337561306-0.0537045574415-0.047456611698-0.0290799429804-0.1005130486480.1483468148870.03348781761930.26222663948-0.06151782433720.04752500100630.373585163388-0.001622704195580.37126351592452.5237723749-6.73718816987-10.2316617301
60.645783040633-0.58421325712-1.510953933020.5279163571441.365688722513.53247177686-0.1765660143860.183116787168-0.313486529056-0.4292864600860.275552240951-0.5917994972680.1929006283310.470167743498-0.2450245504651.142791492680.602198534589-0.03375750600811.32970721883-0.5444934909960.72806194279946.3189799179-22.1270310355-2.77905828563
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 103 through 307 )AA103 - 3071 - 205
22chain 'A' and (resid 308 through 428 )AA308 - 428206 - 317
33chain 'A' and (resid 429 through 628 )AA429 - 628318 - 517
44chain 'B' and (resid 102 through 323 )BB102 - 3231 - 219
55chain 'B' and (resid 324 through 628 )BB324 - 628220 - 524
66chain 'E' and (resid 4 through 6 )EI4 - 61 - 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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