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- PDB-8uiu: Structure of an FMO from Bacillus niacini -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uiu
タイトルStructure of an FMO from Bacillus niacini
要素Flavin monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavin monooxygenase
機能・相同性Chem-DR9 / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
機能・相同性情報
生物種Neobacillus niacini (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Hicks, K.A. / Perry, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1817633 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Novel Class A Flavin Monooxygenase from .
著者: Brian C Richardson / Zachary R Turlington / Sofia Vaz Ferreira de Macedo / Sara K Phillips / Kay Perry / Savannah G Brancato / Emmalee W Cooke / Jonathan R Gwilt / Morgan A Dasovich / Andrew ...著者: Brian C Richardson / Zachary R Turlington / Sofia Vaz Ferreira de Macedo / Sara K Phillips / Kay Perry / Savannah G Brancato / Emmalee W Cooke / Jonathan R Gwilt / Morgan A Dasovich / Andrew J Roering / Francis M Rossi / Mark J Snider / Jarrod B French / Katherine A Hicks /
要旨: A gene cluster responsible for the degradation of nicotinic acid (NA) in has recently been identified, and the structures and functions of the resulting enzymes are currently being evaluated to ...A gene cluster responsible for the degradation of nicotinic acid (NA) in has recently been identified, and the structures and functions of the resulting enzymes are currently being evaluated to establish pathway intermediates. One of the genes within this cluster encodes a flavin monooxygenase (BnFMO) that is hypothesized to catalyze a hydroxylation reaction. Kinetic analyses of the recombinantly purified BnFMO suggest that this enzyme catalyzes the hydroxylation of 2,6-dihydroxynicotinic acid (2,6-DHNA) or 2,6-dihydroxypyridine (2,6-DHP), which is formed spontaneously by the decarboxylation of 2,6-DHNA. To understand the details of this hydroxylation reaction, we determined the structure of BnFMO using a multimodel approach combining protein X-ray crystallography and cryo-electron microscopy (cryo-EM). A liganded BnFMO cryo-EM structure was obtained in the presence of 2,6-DHP, allowing us to make predictions about potential catalytic residues. The structural data demonstrate that BnFMO is trimeric, which is unusual for Class A flavin monooxygenases. In both the electron density and coulomb potential maps, a region at the trimeric interface was observed that was consistent with and modeled as lipid molecules. High-resolution mass spectral analysis suggests that there is a mixture of phosphatidylethanolamine and phosphatidylglycerol lipids present. Together, these data provide insights into the molecular details of the central hydroxylation reaction unique to the aerobic degradation of NA in .
履歴
登録2023年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavin monooxygenase
B: Flavin monooxygenase
C: Flavin monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,6297
ポリマ－157,6023
非ポリマー3,0274
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)359.668, 51.584, 102.669
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.770, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 6 through 10 and (name N...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 6 through 30 or (resid 31...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 6 through 30 or (resid 31...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11LYSLYSASNASNAA6 - 4127 - 62
d_12GLUGLUASPASPAA51 - 42372 - 444
d_21LYSLYSASNASNBB6 - 4127 - 62
d_22GLUGLUPHEPHEBB51 - 16072 - 181
d_23GLUGLUASPASPBB167 - 423188 - 444
d_31LYSLYSASNASNCC6 - 4127 - 62
d_32GLUGLUASPASPCC51 - 42372 - 444

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.681865870009, -0.0178360831307, -0.731259741443), (0.00635964074677, -0.999520336487, 0.0303092711482), (-0.731449581507, -0.025317406789, -0.681425372749)87.4875841732, 52.0494110573, 199.815810503
2given(-0.504116172035, -0.00812770556225, -0.863597606235), (0.00702875942676, 0.999883986583, -0.013513323626), (0.863607249642, -0.0128823047936, -0.504000560108)245.50729022, 1.1728952398, -13.0969915229

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要素

#1: タンパク質 Flavin monooxygenase


分子量: 52534.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neobacillus niacini (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-DR9 / 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL / (2R)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(9E)-HEXADEC-9-ENOYLOXY]PROPYL (9E)-OCTADEC-9-ENOATE


分子量: 746.991 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.5 M imidazole (pH 6.2-6.5) and 10-12% PEG 3350 / PH範囲: 6.2-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 183 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.14→68.09 Å / Num. obs: 33392 / % possible obs: 98.88 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 128.62 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1147 / Net I/σ(I): 16.59
反射 シェル解像度: 3.14→3.252 Å / Rmerge(I) obs: 2.449 / Num. unique obs: 3261 / CC1/2: 0.377

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.14→68.09 Å / SU ML: 0.6118 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 31.0676
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 1657 4.97 %
Rwork0.2461 31673 -
obs0.2477 33330 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 117.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.14→68.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8641 0 206 0 8847
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00949024
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.057212302
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00991572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.43872962
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.71876286628
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.793184158538
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.14-3.230.46191110.45852626X-RAY DIFFRACTION97.51
3.23-3.340.39641690.37422442X-RAY DIFFRACTION95.96
3.34-3.460.35641310.28782661X-RAY DIFFRACTION99.22
3.46-3.590.32151790.26992567X-RAY DIFFRACTION99.96
3.59-3.760.31341410.26052623X-RAY DIFFRACTION99.39
3.76-3.960.33761400.27092686X-RAY DIFFRACTION99.86
3.96-4.20.281090.25022618X-RAY DIFFRACTION99.74
4.2-4.530.28941430.20832668X-RAY DIFFRACTION99.54
4.53-4.980.25091190.21552596X-RAY DIFFRACTION97.49
4.98-5.70.2711290.24282725X-RAY DIFFRACTION99.79
5.7-7.190.29151350.27672697X-RAY DIFFRACTION99.75
7.19-68.090.23351510.22172764X-RAY DIFFRACTION98.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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