+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uiq | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | H47Q NicC with 2-mercaptopyridine ligand | ||||||
要素 | 6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ligand bound | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase / 6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase activity / : / monooxygenase activity / FAD binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å | ||||||
データ登録者 | Hicks, K.A. / Perry, K. / Turlington, Z.R. / Vaz Ferreira de Macedo, S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2024 タイトル: Ligand bound structure of a 6-hydroxynicotinic acid 3-monooxygenase provides mechanistic insights. 著者: Turlington, Z.R. / Vaz Ferreira de Macedo, S. / Perry, K. / Belsky, S.L. / Faust, J.A. / Snider, M.J. / Hicks, K.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8uiq.cif.gz | 109.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8uiq.ent.gz | 65.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8uiq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/8uiq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/8uiq | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 8uivC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45420.066 Da / 分子数: 1 / 変異: H47Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア) 遺伝子: nicC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88FY2 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-PYS / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.89 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes, pH 7.5, 15-25% polyethylene glycol (PEG) 3350, and 0.2 M magnesium chloride hexahydrate |
-データ収集
回折 |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| ||||||||||||||||||||||||
検出器 |
| ||||||||||||||||||||||||
放射 |
| ||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||||||||||||||
反射 | Entry-ID: 8UIQ / CC1/2: 0.997
| ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→59.36 Å / SU ML: 0.3142 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.46 / 位相誤差: 35.6149 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.17→59.36 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|