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万見
- PDB-8uiq: H47Q NicC with 2-mercaptopyridine ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uiq
タイトルH47Q NicC with 2-mercaptopyridine ligand
要素6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ligand bound
機能・相同性
機能・相同性情報


6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase / 6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase activity / nicotinate catabolic process / FAD binding / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能
: / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 2-PYRIDINETHIOL / 6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Hicks, K.A. / Perry, K. / Turlington, Z.R. / Vaz Ferreira de Macedo, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1817633 米国
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2024
タイトル: Ligand bound structure of a 6-hydroxynicotinic acid 3-monooxygenase provides mechanistic insights.
著者: Turlington, Z.R. / Vaz Ferreira de Macedo, S. / Perry, K. / Belsky, S.L. / Faust, J.A. / Snider, M.J. / Hicks, K.A.
履歴
登録2023年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3173
ポリマ－45,4201
非ポリマー8972
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.376, 69.244, 115.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 6-hydroxynicotinate 3-monooxygenase


分子量: 45420.066 Da / 分子数: 1 / 変異: H47Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
遺伝子: nicC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88FY2
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PYS / 2-PYRIDINETHIOL / 2-ピリジンチオ-ル


分子量: 111.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5NS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes, pH 7.5, 15-25% polyethylene glycol (PEG) 3350, and 0.2 M magnesium chloride hexahydrate

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11831N
21831N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C10.97918
シンクロトロンAPS 24-ID-C21.7712
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER2 X 16M1PIXEL2023年4月11日
DECTRIS EIGER2 X 16M2PIXEL2023年4月11日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979181
21.77121
反射

Entry-ID: 8UIQ / CC1/2: 0.997

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Biso Wilson estimate (Å2)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.17-59.362048098.566.8350.196417.66
2.431-44.411410994.4224.70.4798214.88
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsCC1/2Diffraction-IDRmerge(I) obs
2.17-2.24819910.7241
2.431-2.51811990.91721.01

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→59.36 Å / SU ML: 0.3142 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.46 / 位相誤差: 35.6149
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2829 1893 4.97 %
Rwork0.245 36232 -
obs0.2469 20468 98.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→59.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2837 0 60 115 3012
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48784049
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0397435
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032523
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7912410
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.17-2.220.41441350.40292576X-RAY DIFFRACTION98.33
2.22-2.280.40851190.3712614X-RAY DIFFRACTION99.06
2.28-2.350.35351380.35592578X-RAY DIFFRACTION98.51
2.35-2.430.39291510.33232558X-RAY DIFFRACTION98.69
2.43-2.510.31851280.32222625X-RAY DIFFRACTION98.46
2.51-2.610.32951500.2982627X-RAY DIFFRACTION98.79
2.62-2.730.35671360.29092572X-RAY DIFFRACTION98.98
2.73-2.880.32561560.2732562X-RAY DIFFRACTION98.62
2.88-3.060.35111370.27612549X-RAY DIFFRACTION97.07
3.06-3.290.26391340.24442544X-RAY DIFFRACTION96.75
3.29-3.630.23951260.22072654X-RAY DIFFRACTION99.57
3.63-4.150.22371320.18572614X-RAY DIFFRACTION99.64
4.15-5.230.22951310.1852630X-RAY DIFFRACTION99.46
5.23-59.360.241200.20522529X-RAY DIFFRACTION96.08

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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