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- PDB-8uh1: Crystal structure of T. brucei EIF4E6 in complex with EIF4G5 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uh1
タイトルCrystal structure of T. brucei EIF4E6 in complex with EIF4G5 peptide
要素
  • Eukaryotic translation initiation factor 4E type 6
  • MIF4G domain-containing protein
キーワードTRANSLATION / Translation initiation factor / eIF4E family / EIF4E6 / EIF4G5
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA cap 4 binding / motile cilium assembly / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / RNA 7-methylguanosine cap binding / post-transcriptional regulation of gene expression / translation initiation factor activity / cell motility / translational initiation / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Initiation factor 4G / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 4E type 6 / MIF4G domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.898 Å
データ登録者Guimaraes, B.G. / Penteado, R.F.
資金援助 フランス, ブラジル, 3件
組織認可番号国
Pasteur InstituteACIP grant PTR 190 フランス
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)442323/2019-0 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)305095/2021-8 ブラジル
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Structural analysis of the Trypanosoma brucei EIF4E6/EIF4G5 complex reveals details of the interaction between unusual eIF4F subunits.
著者: Ferras Penteado, R. / Santana da Silva, R. / Nascimento Moura, D.M. / Barbosa de Lima, G. / Muniz Malvezzi, A. / Tamara da Silva Monteiro, T. / Cavalcanti Xavier, C. / Vichier-Guerre, S. / ...著者: Ferras Penteado, R. / Santana da Silva, R. / Nascimento Moura, D.M. / Barbosa de Lima, G. / Muniz Malvezzi, A. / Tamara da Silva Monteiro, T. / Cavalcanti Xavier, C. / Vichier-Guerre, S. / Dugue, L. / Pochet, S. / Tonin Zanchin, N.I. / de Souza Reis, C.R. / Pompilio de Melo Neto, O. / Gomes Guimaraes, B.
履歴
登録2023年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E type 6
B: MIF4G domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5702
ポリマ－26,5702
非ポリマー00
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area9360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.503, 131.185, 59.659
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-284-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4E type 6


分子量: 21800.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57V43
#2: タンパク質・ペプチド MIF4G domain-containing protein


分子量: 4769.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57VY5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Complex at 12 mg/mL in 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, pH 8.0 (pre-incubated with cap-4) with crystallization buffer containing 33% Precipitant Mix 4, 0.09 M NPS, 0.12 M Ethylene ...詳細: Complex at 12 mg/mL in 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, pH 8.0 (pre-incubated with cap-4) with crystallization buffer containing 33% Precipitant Mix 4, 0.09 M NPS, 0.12 M Ethylene glycols, 0.1 M Buffer System 3 (pH 8.5), from Morpheus Screen mixes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.978565 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44 Å / Num. obs: 16430 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Num. unique obs: 822 / CC1/2: 0.54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.898→44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU R Cruickshank DPI: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.171 / SU Rfree Blow DPI: 0.148 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.145
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2219 1102 -RANDOM
Rwork0.1923 ---
obs0.1942 16430 79.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1333 Å20 Å20 Å2
2---0.1485 Å20 Å2
3----0.9848 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.898→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1557 0 0 120 1677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081605HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.92193HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d524SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes264HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1605HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion210SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1290SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.39
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.67
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.93 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 20 -
Rwork0.2467 --
obs0.2506 329 31.55 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4480.9528-0.86843.6043-1.67467.7540.1644-0.00730.6551-0.0073-0.02380.43490.65510.4349-0.1406-0.03020.0377-0.0444-0.0569-0.0328-0.0902-1.2484-16.95291.9718
21.52270.5643-0.29595.3058-0.6715.12840.0802-0.34680.6547-0.3468-0.0004-0.5410.6547-0.541-0.0798-0.021-0.0737-0.0449-0.0581-0.0138-0.093-13.6698-17.4406-3.5908
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ B|* }B79 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|* }A7 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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