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- PDB-8ufy: High Resolution structure of A. viridans Lactate Oxidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ufy
タイトルHigh Resolution structure of A. viridans Lactate Oxidase
要素L-lactate oxidase
キーワードFLAVOPROTEIN / Biosensor / oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる / : / fatty acid alpha-oxidation / L-lactate dehydrogenase activity / FMN binding / peroxisome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
L-lactate oxidase / Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / LACTIC ACID / PYRUVIC ACID / L-lactate oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Aerococcus viridans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Lodowski, D.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other governmentNB18-20-24 米国
引用ジャーナル: Heliyon / 年: 2024
タイトル: An engineered lactate oxidase based electrochemical sensor for continuous detection of biomarker lactic acid in human sweat and serum
著者: He, Q. / Wang, C. / Jain, R. / Byrnes, J. / Farquhar, E.R. / Reed, E. / Berezovsky, E. / Chance, M.R. / Lodowski, D. / An, R.
履歴
登録2023年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate oxidase
B: L-lactate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,86810
ポリマ－83,4752
非ポリマー1,3938
水6,702372
1
A: L-lactate oxidase
ヘテロ分子

A: L-lactate oxidase
ヘテロ分子

A: L-lactate oxidase
ヘテロ分子

A: L-lactate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,98524
ポリマ－166,9514
非ポリマー3,03420
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area18550 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area47120 Å2
手法PISA
2
B: L-lactate oxidase
ヘテロ分子

B: L-lactate oxidase
ヘテロ分子

B: L-lactate oxidase
ヘテロ分子

B: L-lactate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,48916
ポリマ－166,9514
非ポリマー2,53812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area17920 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area45230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.262, 132.262, 91.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 L-lactate oxidase


分子量: 41737.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aerococcus viridans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q44467

-
非ポリマー , 5種, 380分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-LAC / LACTIC ACID / D-乳酸


分子量: 90.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 26-30.5% ETHYLENE GLYCOL, 100 mM MES ph 4.0, 125mM sodium Lactate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.7293 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7293 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→75.35 Å / Num. obs: 517344 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.17→1.19 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 13078 / CC1/2: 0.349 / Rpim(I) all: 0.801 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5084精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→49.7 Å / SU ML: 0.1255 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.0314
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1619 24194 5.05 %
Rwork0.1459 455005 -
obs0.1467 479199 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→49.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5435 0 94 372 5901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00456215
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80498512
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0725883
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00711154
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.23892308
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.210.28988550.285815209X-RAY DIFFRACTION98.78
1.21-1.230.30267370.281715262X-RAY DIFFRACTION98.93
1.23-1.240.28778250.27615177X-RAY DIFFRACTION98.52
1.24-1.260.287870.263815135X-RAY DIFFRACTION98.43
1.26-1.280.27478290.256415076X-RAY DIFFRACTION98.31
1.28-1.290.26538640.25115084X-RAY DIFFRACTION98.33
1.29-1.310.27137250.247115198X-RAY DIFFRACTION98.22
1.31-1.330.24258100.24115129X-RAY DIFFRACTION98.22
1.33-1.350.25127890.21815075X-RAY DIFFRACTION98.01
1.35-1.370.23138140.208915115X-RAY DIFFRACTION98.08
1.37-1.40.227880.193515038X-RAY DIFFRACTION98
1.4-1.420.20228310.184915066X-RAY DIFFRACTION97.76
1.42-1.450.20617750.17414941X-RAY DIFFRACTION97.1
1.45-1.480.1858280.165914876X-RAY DIFFRACTION97.38
1.48-1.510.188740.145415224X-RAY DIFFRACTION99.11
1.51-1.550.16528350.131815297X-RAY DIFFRACTION99.94
1.55-1.590.14988310.125915350X-RAY DIFFRACTION99.94
1.59-1.630.15967750.12115449X-RAY DIFFRACTION99.89
1.63-1.680.14317770.110715382X-RAY DIFFRACTION99.73
1.68-1.730.12568460.10215244X-RAY DIFFRACTION99.64
1.73-1.790.12856990.105115513X-RAY DIFFRACTION99.72
1.79-1.860.14818180.111415289X-RAY DIFFRACTION99.69
1.86-1.950.14118420.112915305X-RAY DIFFRACTION99.59
1.95-2.050.14377700.118815307X-RAY DIFFRACTION99.46
2.05-2.180.14017780.117315299X-RAY DIFFRACTION98.98
2.18-2.350.149450.115614936X-RAY DIFFRACTION98.01
2.35-2.590.13187790.124414636X-RAY DIFFRACTION95.3
2.59-2.960.14087070.136414766X-RAY DIFFRACTION95.45
2.96-3.730.15398330.149715294X-RAY DIFFRACTION99.62
3.73-49.70.15628280.154215333X-RAY DIFFRACTION99.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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