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- PDB-8ufl: Crystal Structure of SARS-Unique Domain (SUD) of Nsp3 from SARS c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ufl
タイトルCrystal Structure of SARS-Unique Domain (SUD) of Nsp3 from SARS coronavirus
要素Papain-like protease nsp3
キーワードVIRAL PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSBID / Nsp3 / SUD / Center for Structural Biology of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / K48-linked deubiquitinase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K63-linked deubiquitinase activity / host cell endoplasmic reticulum / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral genome replication ...Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / K48-linked deubiquitinase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K63-linked deubiquitinase activity / host cell endoplasmic reticulum / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral genome replication / methyltransferase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / methylation / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm / single-stranded RNA binding / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral translational frameshifting / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / proteolysis / zinc ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like ...Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / : / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1a
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Rosas-Lemus, M. / Kiryukhina, O. / Brunzelle, J.S. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of SARS-Unique Domain (SUD) of Nsp3 from SARS coronavirus
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Rosas-Lemus, M. / Kiryukhina, O. / Brunzelle, J.S. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2023年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Papain-like protease nsp3
B: Papain-like protease nsp3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,47828
ポリマ－58,9502
非ポリマー1,52826
水2,252125
1
A: Papain-like protease nsp3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,27415
ポリマ－29,4751
非ポリマー79914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Papain-like protease nsp3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,20413
ポリマ－29,4751
非ポリマー72812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.700, 84.862, 93.602
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 390 - 649 / Label seq-ID: 5 - 264

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Papain-like protease nsp3


分子量: 29475.059 Da / 分子数: 2 / 断片: SARS-Unique Domain (SUD) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
遺伝子: 1a / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: P0C6U8
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein: 6.4 mg/ml, 0.3M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: Classics II (F6), 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月15日 / 詳細: Be
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 19083 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 41.1 Å2 / CC1/2: 0.966 / CC star: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.123 / Rsym value: 0.112 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 908 / CC1/2: 0.738 / CC star: 0.922 / Rpim(I) all: 0.37 / Rrim(I) all: 0.883 / Rsym value: 0.8 / Χ2: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.51→29.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 25.841 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.105 / ESU R Free: 0.331 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2672 928 4.9 %RANDOM
Rwork0.2135 ---
obs0.2162 18109 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 143.95 Å2 / Biso mean: 48.197 Å2 / Biso min: 7.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.14 Å2-0 Å20 Å2
2--2.93 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→29.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4044 0 66 126 4236
Biso mean--77.39 35.56 -
残基数----523
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0134191
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174051
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3691.655677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3331.5779388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.5815526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg16.21823.023172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg6.20215767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.8921518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0550.024560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.050.02844
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7416 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.57 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 70 -
Rwork0.307 1262 -
obs--95.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3584-0.15941.22350.65380.443.81650.0164-0.2994-0.02110.1360.0906-0.02580.0396-0.0469-0.10690.04-0.00470.00790.0848-0.00670.064731.061120.48663.6417
24.35822.7534-0.21263.0536-2.5998.4386-0.2768-0.45850.01160.2504-0.112-0.2847-0.7936-0.00850.38880.16860.0974-0.0690.1064-0.03190.119526.722426.752111.055
31.9451-0.15591.43177.4691-1.83752.5041-0.0432-0.01780.2231-0.27260.27410.43470.2153-0.1679-0.23080.0551-0.0027-0.05720.11530.03650.16655.51125.008725.1348
42.26950.57390.45924.0529-1.11931.37920.01290.00540.00140.3474-0.0959-0.15110.12730.15640.0830.09220.0245-0.01170.06950.00190.063116.5926-0.929834.8285
52.6229-1.3171.95155.4177-1.12935.2383-0.10430.40520.33140.0248-0.1118-0.3009-0.30280.40340.21610.0179-0.0256-0.01150.13890.07680.168513.716111.155623.9214
64.6862.52793.01899.7049-2.28434.29780.16880.1212-0.05420.20310.17540.7710.06160.2968-0.34410.04490.00620.00380.14470.04240.086234.354719.598547.0572
71.62111.38293.01029.45640.760411.7484-0.44210.39510.2182-0.44780.96051.1529-1.18070.2009-0.51840.1784-0.0732-0.07350.19170.15050.313730.217724.491438.9603
810.4545-7.0572-3.998810.6086-0.47576.2053-0.12461.0660.0323-0.2719-0.19040.7426-0.70730.03150.31490.3333-0.2841-0.2760.3850.20440.3437.057627.172937.0358
92.1972-1.9913-0.51723.64961.40372.9090.07450.049-0.58540.2318-0.04610.10960.3763-0.1759-0.02840.24-0.0484-0.04050.19090.05210.297656.69345.486316.7575
102.7605-0.91461.62653.103-0.4332.53780.0415-0.3165-0.32330.3461-0.08290.00130.1395-0.40420.04140.0594-0.05390.00320.1395-0.00180.084152.551916.265223.1296
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A389 - 490
2X-RAY DIFFRACTION2A491 - 517
3X-RAY DIFFRACTION3A518 - 546
4X-RAY DIFFRACTION4A547 - 594
5X-RAY DIFFRACTION5A595 - 651
6X-RAY DIFFRACTION6B390 - 463
7X-RAY DIFFRACTION7B464 - 490
8X-RAY DIFFRACTION8B491 - 518
9X-RAY DIFFRACTION9B519 - 587
10X-RAY DIFFRACTION10B588 - 650

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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