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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8uf6 | |||||||||
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タイトル | Structure of Trek-1(K2P2.1) with ML336 | |||||||||
![]() | Potassium channel subfamily K member 2 | |||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / membrane preotein / ML335 / trek1 / trek-1 / malemide / trek-1 ligand / crystal / trans-membrane protein / transmembrane protein / k2p / two pore potassium channel / potassium channel / KCNK2 / Potassium channel subfamily K member 2 / ML336 / LH9 | |||||||||
機能・相同性 | ![]() TWIK related potassium channel (TREK) / Phase 4 - resting membrane potential / positive regulation of cellular response to hypoxia / cardiac ventricle development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / astrocyte projection / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of DNA biosynthetic process ...TWIK related potassium channel (TREK) / Phase 4 - resting membrane potential / positive regulation of cellular response to hypoxia / cardiac ventricle development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / astrocyte projection / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / outward rectifier potassium channel activity / cochlea development / voltage-gated potassium channel activity / calyx of Held / response to axon injury / response to mechanical stimulus / axon terminus / potassium ion transmembrane transport / voltage-gated potassium channel complex / regulation of membrane potential / potassium ion transport / memory / cellular response to hypoxia / G protein-coupled receptor signaling pathway / apical plasma membrane / axon / neuronal cell body / cell surface / endoplasmic reticulum / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lolicato, M. / Mondal, A. / Minor, D.L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of Trek-1(K2P2.1) with ML336 著者: Lolicato, M. / Mondal, A. / Minor, D.L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 248.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 197.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 31561.848 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 35-321 変異: various mutations made for stability and better protein expression for structural studies 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 9種, 19分子 ![](data/chem/img/D10.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/16C.gif)
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![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/D12.gif)
![](data/chem/img/OCT.gif)
![](data/chem/img/R16.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/16C.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/D12.gif)
![](data/chem/img/OCT.gif)
![](data/chem/img/R16.gif)
#2: 化合物 | 分子量: 351.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16Cl2N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-1PE / | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-D12 / | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-R16 / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.31 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 20-25% PEG4000, 200 mM KCl, 100mM HEPES pH 7.0-7.5, 1mM CdCl2 PH範囲: 7.0-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9779 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→14.9 Å / Num. obs: 23483 / % possible obs: 97.97 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Num. unique obs: 16472 / CC1/2: 0.209 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→14.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -2.2258 Å / Origin y: -22.8627 Å / Origin z: 27.2198 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |