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- PDB-8uf3: Structure of cytochrome c4 from Neisseria gonorrhoeae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uf3
タイトルStructure of cytochrome c4 from Neisseria gonorrhoeae
要素Cytochrome C4
キーワードELECTRON TRANSPORT / Electron transfer / Cytochrome c family
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c4-like / Cytochrome c, class IC / : / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Putative cytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae F62 (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Zhong, F. / Ragusa, M.J. / Pletneva, E.V.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM098502 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM128663 米国
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2024
タイトル: The structure of the diheme cytochrome c 4 from Neisseria gonorrhoeae reveals multiple contributors to tuning reduction potentials.
著者: Zhong, F. / Reik, M.E. / Ragusa, M.J. / Pletneva, E.V.
履歴
登録2023年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome C4
B: Cytochrome C4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5459
ポリマ－40,7822
非ポリマー2,7627
水93752
1
A: Cytochrome C4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7244
ポリマ－20,3911
非ポリマー1,3333
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome C4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8205
ポリマ－20,3911
非ポリマー1,4294
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.047, 168.047, 168.047
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Space group name HallI223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome C4


分子量: 20391.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae F62 (淋菌) / 遺伝子: NGK_0144 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4RQ30
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.63 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2.2 M magnesium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→39.61 Å / Num. obs: 29063 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.2 % / Biso Wilson estimate: 48.19 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.312 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 22 % / Num. unique obs: 2875 / CC1/2: 0.536 / Rpim(I) all: 0.654 / Rrim(I) all: 3.074 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.20.1-4487-000精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6Q2U

6q2u


解像度: 2.45→39.61 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2429 1434 4.93 %
Rwork0.2037 27629 -
obs0.2056 29063 99.92 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→39.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2719 0 187 52 2958
拘束条件タイプ: Distance / 数: 4
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.540.38951100.30092765X-RAY DIFFRACTION99.79
2.54-2.640.3511600.29562715X-RAY DIFFRACTION99.93
2.64-2.760.27541630.26992724X-RAY DIFFRACTION99.9
2.76-2.90.2951660.26422718X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.090.31781660.25382732X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.320.25211400.2542733X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.660.2361510.19152768X-RAY DIFFRACTION100
3.66-4.190.22521330.17322776X-RAY DIFFRACTION100
4.19-5.270.19991230.15952809X-RAY DIFFRACTION100
5.28-39.610.1881220.17442889X-RAY DIFFRACTION99.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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