[日本語] English
万見
- PDB-8uf0: T33-ml23 - Designed Tetrahedral Protein Cage Using Machine Learni... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uf0
タイトルT33-ml23 - Designed Tetrahedral Protein Cage Using Machine Learning Algorithms
要素
  • T33-ml23-redesigned-CutA-fold
  • T33-ml23-redesigned-tandem-BMC-T-fold
キーワードDE NOVO PROTEIN / Nanohedra / protein cage / tetrahedral / de novo protein interface / machine learning / two components / ProteinMPNN / nanoparticle
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Castells-Graells, R. / Meador, K. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM129854 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-02ER63421 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: A suite of designed protein cages using machine learning and protein fragment-based protocols.
著者: Kyle Meador / Roger Castells-Graells / Roman Aguirre / Michael R Sawaya / Mark A Arbing / Trent Sherman / Chethaka Senarathne / Todd O Yeates /
要旨: Designed protein cages and related materials provide unique opportunities for applications in biotechnology and medicine, but their creation remains challenging. Here, we apply computational ...Designed protein cages and related materials provide unique opportunities for applications in biotechnology and medicine, but their creation remains challenging. Here, we apply computational approaches to design a suite of tetrahedrally symmetric, self-assembling protein cages. For the generation of docked conformations, we emphasize a protein fragment-based approach, while for sequence design of the de novo interface, a comparison of knowledge-based and machine learning protocols highlights the power and increased experimental success achieved using ProteinMPNN. An analysis of design outcomes provides insights for improving interface design protocols, including prioritizing fragment-based motifs, balancing interface hydrophobicity and polarity, and identifying preferred polar contact patterns. In all, we report five structures for seven protein cages, along with two structures of intermediate assemblies, with the highest resolution reaching 2.0 Å using cryo-EM. This set of designed cages adds substantially to the body of available protein nanoparticles, and to methodologies for their creation.
履歴
登録2023年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32025年7月16日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_struct_assembly
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.12025年7月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: T33-ml23-redesigned-CutA-fold
B: T33-ml23-redesigned-tandem-BMC-T-fold


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2302
ポリマ－33,2302
非ポリマー00
水1,20767
1
A: T33-ml23-redesigned-CutA-fold
B: T33-ml23-redesigned-tandem-BMC-T-fold
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)398,76424
ポリマ－398,76424
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation11

-
要素

#1: タンパク質 T33-ml23-redesigned-CutA-fold


分子量: 11231.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pSAM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR
#2: タンパク質 T33-ml23-redesigned-tandem-BMC-T-fold


分子量: 21998.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pSAM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: T33-ml23 Designed Tetrahedral Protein Cage Using Machine Learning
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: LOBSTR
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 291 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.16 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: T (正4面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3900288 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00726604
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.74736216
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.7173672
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0544440
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0064656

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る