PDB-8uel: Crystal structure of enolase from Litopenaeus vannamei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uel

タイトル

Crystal structure of enolase from Litopenaeus vannamei

要素

Enolase

キーワード

LYASE / Litopenaeus vannamei / metal protein

機能・相同性

PHOSPHOENOLPYRUVATE

機能・相同性情報

生物種

Penaeus vannamei (甲殻類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Chang, X. / Zhao, G.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2023
タイトル: Characterization and Structural Analyses of Enolase from Shrimp ( Litopenaeus vannamei ).
著者: Chang, X. / Zhang, T. / Zang, J. / Lv, C. / Zhao, G.

履歴

登録	2023年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uel.cif.gz	184.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uel.ent.gz	144.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uel.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8uel_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8uel_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8uel_validation.xml.gz	36.2 KB	表示
CIF形式データ	8uel_validation.cif.gz	51.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/8uel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/8uel	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enolase

B: Enolase

ヘテロ分子

95.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.613, 86.571, 155.881
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Enolase 分子量: 47247.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Penaeus vannamei (甲殻類)
#2: 化合物	ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸分子量: 168.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅O₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.73 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: (NH4)2SO4, MES pH 6.5, PEG 5000 monomethyl ether

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL02U1 / 波長: 1.276911 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.276911 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.49→30 Å / Num. obs: 38505 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.982 / CC star: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.18 / R_pim(I) all: 0.077 / R_rim(I) all: 0.196 / Χ²: 1.104 / Net I/σ(I): 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	5.9	0.641	1871	0.868	0.964	0.285	0.702	0.584	99.9
2.54-2.59	6.1	0.631	1894	0.877	0.967	0.274	0.688	0.577	99.8
2.59-2.64	6.3	0.61	1900	0.895	0.972	0.261	0.665	0.58	100
2.64-2.69	6.4	0.539	1901	0.905	0.975	0.23	0.587	0.603	100
2.69-2.75	6.2	0.503	1899	0.898	0.973	0.22	0.55	0.627	100
2.75-2.82	6.6	0.431	1887	0.932	0.982	0.18	0.467	0.665	100
2.82-2.89	6.4	0.375	1932	0.945	0.986	0.16	0.408	0.73	100
2.89-2.96	6.5	0.343	1892	0.948	0.987	0.146	0.374	0.757	100
2.96-3.05	6.7	0.305	1886	0.958	0.989	0.127	0.331	0.816	100
3.05-3.15	6.6	0.258	1914	0.966	0.991	0.109	0.281	0.908	100
3.15-3.26	6.5	0.231	1906	0.971	0.993	0.099	0.251	0.984	100
3.26-3.39	6.3	0.201	1917	0.976	0.994	0.087	0.219	1.111	100
3.39-3.55	6.6	0.181	1904	0.977	0.994	0.077	0.197	1.291	99.8
3.55-3.73	6.4	0.158	1938	0.984	0.996	0.068	0.173	1.397	99.9
3.73-3.97	6.6	0.144	1917	0.984	0.996	0.061	0.157	1.728	100
3.97-4.27	6.4	0.13	1944	0.986	0.997	0.056	0.141	1.826	100
4.27-4.7	6.4	0.116	1960	0.988	0.997	0.05	0.126	1.923	100
4.7-5.38	6.4	0.111	1951	0.984	0.996	0.048	0.121	1.695	100
5.38-6.76	6.3	0.102	1987	0.988	0.997	0.044	0.111	1.393	100
6.76-10	5.8	0.086	2105	0.992	0.998	0.039	0.094	1.714	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.49→29.68 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2244	2000	5.2 %
R_work	0.1683	-	-
obs	0.1712	38440	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.49→29.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6618	0	34	369	7021

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6754
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.925	9112
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.36	920
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1020
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1188

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.49-2.55	0.2974	146	0.2188	2531	X-RAY DIFFRACTION	99
2.55-2.62	0.3161	147	0.2064	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.7	0.2828	126	0.2008	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.78	0.2326	144	0.2011	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.88	0.2445	142	0.1907	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3	0.2658	144	0.2023	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.14	0.2922	131	0.1977	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.3	0.257	144	0.2002	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.51	0.2479	143	0.1849	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.78	0.2426	137	0.1558	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.78-4.16	0.1677	159	0.1308	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-4.76	0.1709	136	0.1233	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
4.76-5.98	0.1772	150	0.1443	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
5.99-10	0.2054	151	0.1642	2789	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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