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- PDB-8ue9: Structure of TREK-1CG*:CAT335 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ue9
タイトルStructure of TREK-1CG*:CAT335
要素Potassium channel subfamily K member 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / membrane preotein / ML335 / trek1 / trek-1 / malemide / trek-1 ligand / crystal / trans-membrane protein / transmembrane protein / k2p / two pore potassium channel / potassium channel / KCNK2 / Potassium channel subfamily K member 2
機能・相同性
機能・相同性情報


TWIK related potassium channel (TREK) / Phase 4 - resting membrane potential / cellular response to arachidonate / mechanosensitive potassium channel activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of cellular response to hypoxia / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / chemical synaptic transmission, postsynaptic / stabilization of membrane potential / cardiac ventricle development ...TWIK related potassium channel (TREK) / Phase 4 - resting membrane potential / cellular response to arachidonate / mechanosensitive potassium channel activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of cellular response to hypoxia / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / chemical synaptic transmission, postsynaptic / stabilization of membrane potential / cardiac ventricle development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / ligand-gated channel activity / potassium ion leak channel activity / node of Ranvier / outward rectifier potassium channel activity / glutamate secretion / astrocyte projection / regulation of synaptic transmission, GABAergic / cochlea development / voltage-gated potassium channel activity / response to axon injury / neuronal action potential / voltage-gated potassium channel complex / calyx of Held / chloride transmembrane transport / regulation of membrane potential / sarcolemma / postsynaptic density membrane / potassium ion transport / Schaffer collateral - CA1 synapse / memory / cellular response to hypoxia / apical plasma membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / neuronal cell body / dendrite / cell surface / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Two pore domain potassium channel, TREK / Two pore domain potassium channel / Potassium channel domain / Ion channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-16C / : / : / HEXADECANE / : / Potassium channel subfamily K member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Mondal, A. / Lee, H. / Minor, D.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R01-MH116278 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R01-MH093603 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Development of covalent chemogenetic K 2P channel activators.
著者: Deal, P.E. / Lee, H. / Mondal, A. / Lolicato, M. / Mendonca, P.R.F. / Black, H. / Jang, S. / El-Hilali, X. / Bryant, C. / Isacoff, E.Y. / Renslo, A.R. / Minor Jr., D.L.
履歴
登録2023年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel subfamily K member 2
B: Potassium channel subfamily K member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,70024
ポリマ－63,1562
非ポリマー4,54422
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.069, 119.776, 129.708
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Potassium channel subfamily K member 2 / Outward rectifying potassium channel protein TREK-1 / TREK-1 K(+) channel subunit / Two pore ...Outward rectifying potassium channel protein TREK-1 / TREK-1 K(+) channel subunit / Two pore potassium channel TPKC1


分子量: 31577.910 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 35-321
変異: S131C, as well as mutations made for stability and better protein expression for structural studies
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kcnk2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P97438

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非ポリマー , 6種, 23分子

#2: 化合物
ChemComp-R16 / HEXADECANE / ヘキサデカン


分子量: 226.441 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34
#3: 化合物 ChemComp-WUU / N-[(2,4-dichlorophenyl)methyl]-4-(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)benzamide


分子量: 377.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H14Cl2N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-16C / N-((E,2S,3R)-1,3-DIHYDROXYOCTADEC-4-EN-2-YL)PALMITAMIDE / C16-CERAMIDE / N-PALMITOYL-D-ERYTHRO-SPHINGOSINE / (2S,3R,4E)-2-PALMITOYLAMINOOCTADEC-4-ENE-1,3-DIOL / (2S,3R,4E)-2-PALMITOYLAMINO-1,3-OCTADEC-4-ENEDIOL / ヘキサデカ-4-スフィンゲニン


分子量: 537.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H67NO3
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20-25% PEG4000, 200 mM KCl, 100mM HEPES pH 7.0-7.5, 1mM CdCl2
PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9779 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→46.62 Å / Num. obs: 21576 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 19 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å / Num. unique obs: 2112 / CC1/2: 0.207

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→46.62 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 31.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 1041 4.83 %
Rwork0.2679 --
obs0.2696 21555 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4340 0 302 1 4643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024732
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5666344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.97792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003747
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.160.37381540.32382877X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.360.32031600.27382860X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.610.32421550.26952870X-RAY DIFFRACTION100
3.62-3.980.29071550.22312888X-RAY DIFFRACTION100
3.98-4.550.27531400.23552932X-RAY DIFFRACTION100
4.55-5.740.32981390.26052978X-RAY DIFFRACTION100
5.74-46.620.29951380.28783109X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.0923.60325.77979.14192.36422.48770.7108-0.2562-1.94950.67630.1570.16411.0513-0.2844-0.83281.26670.037-0.11571.08210.2021.02322.6824-37.9093-17.3629
28.764-2.4195-2.94556.6099-1.35326.197-0.24420.26070.02330.90310.4575-0.1931-0.3277-1.2765-0.04640.75740.0552-0.05711.24350.24590.6804-3.0518-13.9022-31.8672
32.6378-0.0681-0.64.5564-0.55673.81150.18020.1741-0.44810.9424-0.02670.8955-0.4257-1.1741-0.01370.96380.28230.19871.34350.38060.6434-4.633-11.4486-16.0133
45.1985-4.85230.32771.917-0.945.5530.5784-0.4654-0.34750.70480.1680.00730.0432-0.2317-0.68250.93530.05370.0950.4180.23910.92577.4869-12.3146-15.5628
56.59012.7079-1.23057.05-2.18114.73510.06760.6596-0.78990.74810.57561.85560.6978-1.2606-0.74261.1337-0.0954-0.02881.66610.27511.3911-13.5803-29.6139-34.2426
64.9713-0.12323.36443.4934-0.58588.14490.12970.572-1.3096-0.22150.1289-0.59830.55041.18850.11320.73350.10590.07360.8996-0.06891.08712.7102-28.62-31.1578
74.5895-3.28292.58917.6087-3.89116.8152-0.47940.71940.4618-0.51880.1351-1.5199-0.8116-0.0640.31640.96930.07480.13861.1266-0.03740.9778.8417-14.991-43.5408
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 35 through 110 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 111 through 199 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 200 through 259 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 260 through 321 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 35 through 112 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 113 through 269 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 270 through 316 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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