PDB-8udh: Crystal Structure of Mu class Glutathione-S-Transferase TuGSTm06(...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8udh

タイトル

Crystal Structure of Mu class Glutathione-S-Transferase TuGSTm06(Tetur05g05220) in complex with reaction product

要素

Glutathione-S-Transferase

キーワード

TRANSFERASE/PRODUCT / Glutathione-S-Transferase / Mu class GST TuGSTm06 / GST bound to BITC-SG / TRANSFERASE / TRANSFERASE-PRODUCT complex

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Tetranychus urticae (なみはだに)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Khatri, K. / Arriaza, R.H. / Chruszcz, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Mu class Glutathione-S-Transferase TuGSTm06(Tetur05g05220) in complex with reaction product
著者: Khatri, K. / Arriaza, R.H. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2023年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8udh.cif.gz	259.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8udh.ent.gz	164.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8udh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/8udh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/8udh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (10) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Glutathione-S-Transferase

B: Glutathione-S-Transferase

ヘテロ分子

54.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.473, 133.473, 103.738
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 2 - 224 / Label seq-ID: 2 - 224

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Glutathione-S-Transferase 分子量: 26180.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tetranychus urticae (なみはだに) 遺伝子: 107360789 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T1K569
#2: 化合物	ChemComp-WK6 / L-gamma-glutamyl-S-(benzylcarbamothioyl)-L-cysteinylglycine 分子量: 456.536 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₄N₄O₆S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 2.4 M sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→40 Å / Num. obs: 41596 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / CC_1/2: 0.99 / CC star: 0.998 / R_pim(I) all: 0.398 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2003 / CC_1/2: 0.733 / CC star: 0.92 / R_pim(I) all: 0.396 / R_rim(I) all: 0.607 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→34.603 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 7.566 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.131 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1927	2003	4.816 %
R_work	0.1719	39591	-
all	0.173	-	-
obs	-	41594	96.184 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.811 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.952 Å²	-0.476 Å²	0 Å²
2-	-	-0.952 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.088 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→34.603 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3643	0	148	301	4092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	3879
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	3552
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.467	1.647	5228
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.756	1.562	8294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.813	5	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.541	6.765	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.481	10	682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.404	10	180
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	554
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4362
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	782
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	803
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	3207
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	243
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.244	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.298	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.095	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.719	3.076	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.719	3.076	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.842	4.586	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.844	4.591	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.458	3.736	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.461	3.738	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.451	5.4	2996
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.45	5.399	2997
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.601	47.054	4560
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.578	44.367	4489
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.105	0.05	7236

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10457	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10457	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.05-2.103	0.311	162	0.274	2900	0.276	3190	0.94	0.951	95.9875	0.261
2.103-2.16	0.255	114	0.241	2950	0.242	3112	0.964	0.961	98.4576	0.222
2.16-2.223	0.21	133	0.214	2861	0.213	3057	0.969	0.97	97.9392	0.194
2.223-2.291	0.218	122	0.203	2717	0.204	2910	0.97	0.973	97.5601	0.18
2.291-2.366	0.216	134	0.194	2636	0.196	2843	0.97	0.977	97.4323	0.171
2.366-2.448	0.203	114	0.187	2503	0.188	2719	0.976	0.979	96.2486	0.166
2.448-2.54	0.205	123	0.182	2445	0.183	2693	0.974	0.98	95.3583	0.161
2.54-2.643	0.225	118	0.173	2239	0.176	2558	0.969	0.982	92.1423	0.154
2.643-2.76	0.219	118	0.185	2271	0.187	2422	0.969	0.979	98.6375	0.169
2.76-2.894	0.222	107	0.178	2219	0.18	2362	0.972	0.981	98.4759	0.166
2.894-3.049	0.183	107	0.176	2087	0.176	2241	0.98	0.981	97.9027	0.169
3.049-3.233	0.22	121	0.196	1935	0.197	2114	0.967	0.979	97.2564	0.193
3.233-3.454	0.185	99	0.175	1801	0.175	1977	0.978	0.983	96.1052	0.177
3.454-3.728	0.145	86	0.15	1615	0.149	1855	0.987	0.987	91.6981	0.159
3.728-4.079	0.172	88	0.139	1461	0.141	1672	0.982	0.988	92.6435	0.154
4.079-4.552	0.162	62	0.127	1454	0.129	1557	0.988	0.99	97.3667	0.146
4.552-5.241	0.157	61	0.145	1260	0.145	1374	0.986	0.988	96.1426	0.171
5.241-6.383	0.2	69	0.18	993	0.181	1146	0.98	0.983	92.6702	0.204
6.383-8.877	0.24	41	0.183	766	0.186	908	0.978	0.982	88.8767	0.214
8.877-34.603	0.132	23	0.162	477	0.16	524	0.988	0.983	95.4198	0.217

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8604	-0.3961	-0.0713	2.624	0.127	1.6518	-0.0844	-0.103	-0.1051	0.432	0.0716	0.3367	0.0364	0.0216	0.0128	0.073	0.0188	0.0605	0.0528	0.0248	0.0592	-23.14	-6.056	-23.768
2	1.6682	-0.5687	0.403	1.0439	0.4588	1.648	-0.0538	0.0267	-0.4064	-0.0479	-0.0235	0.3419	0.1775	-0.1594	0.0773	0.0608	-0.0294	-0.0064	0.1031	-0.0187	0.1734	-30.408	-14.261	-37.502
3	1.2002	0.0237	0.0351	1.9587	0.5786	1.7046	-0.0603	0.0588	0.0564	-0.221	-0.024	0.3349	-0.1385	-0.1597	0.0843	0.0435	-0.0009	-0.0351	0.0491	0.0096	0.0673	-27.972	10.999	-38.532
4	2.4832	0.9715	1.3624	3.9267	0.6657	4.1332	-0.1335	-0.0651	0.4287	-0.1775	0.0437	0.6217	-0.4139	-0.4243	0.0898	0.0509	0.0459	-0.0315	0.0712	0.0352	0.1965	-31.496	22.845	-36.714

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	2 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	109 - 224

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)