PDB-8udb: Crystal Structure of Mu class GST from TuGSTm12 (Tetur05g05300) f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8udb

タイトル

Crystal Structure of Mu class GST from TuGSTm12 (Tetur05g05300) from Tetranychus urticae

要素

Glutathione-S-Transferase

キーワード

TRANSFERASE/SUBSTRATE / Glutathione-S-Transferase / GST bound to GSH / Mu class GST from Tetranychus urticae / TRANSFERASE / TRANSFERASE-SUBSTRATE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Tetranychus urticae (なみはだに)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Khatri, K. / Arriaza, R. / Chruszcz, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of mu class Glutathione-S-Transferease (GST) from Tetranychus urticae
著者: Khatri, K. / Ariazza, R. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2023年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8udb.cif.gz	246.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8udb.ent.gz	153.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8udb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8udb_validation.pdf.gz	807.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8udb_full_validation.pdf.gz	810.6 KB	表示
XML形式データ	8udb_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	8udb_validation.cif.gz	26.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/8udb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/8udb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (11) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Glutathione-S-Transferase

B: Glutathione-S-Transferase

ヘテロ分子

53.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.464, 60.464, 234.998
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 2 - 224 / Label seq-ID: 2 - 224

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Glutathione-S-Transferase 分子量: 26275.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tetranychus urticae (なみはだに) 遺伝子: 107360608 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T1K577
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v polyethylene glycol 3,350 PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→40 Å / Num. obs: 13765 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / CC_1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 661 / CC_1/2: 0.73 / CC star: 0.919 / R_pim(I) all: 0.273 / R_rim(I) all: 0.782 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.75→39.197 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 31.245 / SU ML: 0.291 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.392 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2613	714	5.221 %
R_work	0.2149	12962	-
all	0.217	-	-
obs	-	13676	99.687 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.729 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.514 Å²	-0.757 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.514 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.911 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→39.197 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3600	0	40	64	3704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	3733
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	3382
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.236	1.646	5049
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.659	1.556	7884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.331	5	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.103	5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.852	10	640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.524	10	174
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4195
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	757
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	767
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	3059
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.115	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.281	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.075	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.945	1.343	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.945	1.343	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.673	2.008	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.673	2.009	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.429	1.522	1946
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.396	1.52	1945
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.085	2.229	2817
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.084	2.233	2818
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.219	15.811	4182
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.22	15.83	4182
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.124	0.05	6938

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1236	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1236	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.75-2.821	0.332	29	0.314	921	0.315	950	0.952	0.94	100	0.287
2.821-2.898	0.338	55	0.314	930	0.315	985	0.914	0.94	100	0.276
2.898-2.981	0.429	41	0.29	873	0.295	914	0.916	0.947	100	0.257
2.981-3.073	0.371	58	0.267	864	0.273	922	0.894	0.955	100	0.237
3.073-3.173	0.265	34	0.264	861	0.264	896	0.958	0.95	99.8884	0.227
3.173-3.283	0.286	68	0.258	759	0.26	827	0.948	0.952	100	0.224
3.283-3.406	0.318	31	0.251	811	0.253	842	0.898	0.959	100	0.225
3.406-3.544	0.303	48	0.239	758	0.244	806	0.953	0.963	100	0.214
3.544-3.701	0.238	43	0.25	686	0.249	757	0.961	0.959	96.3012	0.225
3.701-3.88	0.26	30	0.219	711	0.221	743	0.958	0.966	99.7308	0.189
3.88-4.087	0.234	42	0.178	667	0.181	709	0.962	0.978	100	0.158
4.087-4.332	0.192	40	0.153	643	0.155	684	0.981	0.986	99.8538	0.139
4.332-4.627	0.246	38	0.165	593	0.17	632	0.969	0.982	99.8418	0.146
4.627-4.992	0.212	44	0.148	551	0.153	595	0.974	0.987	100	0.134
4.992-5.46	0.25	41	0.186	514	0.191	555	0.975	0.98	100	0.171
5.46-6.089	0.301	21	0.198	483	0.202	504	0.968	0.974	100	0.181
6.089-7.003	0.193	16	0.234	436	0.232	452	0.978	0.966	100	0.216
7.003-8.51	0.214	15	0.179	382	0.18	397	0.97	0.979	100	0.178
8.51-11.761	0.207	12	0.172	313	0.174	326	0.978	0.981	99.6933	0.187
11.761-39.197	0.306	8	0.222	206	0.226	215	0.967	0.969	99.5349	0.247

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8354	0.5175	-0.0792	2.2497	-0.5674	2.9424	-0.0349	0.1276	-0.1755	-0.1388	-0.1134	-0.3282	0.0509	0.284	0.1483	0.1499	0.0505	0.0406	0.2455	0.026	0.1123	49.843	-17.239	20.603
2	1.9755	-0.0783	-0.3411	1.9441	-0.5571	2.8505	0.0931	0.0942	0.1845	-0.0433	-0.069	-0.0869	-0.3869	0.0364	-0.0241	0.2879	0.0183	0.0384	0.2084	0.0431	0.1327	46.367	-1.888	28.616
3	2.6153	-1.3405	-0.5333	2.3759	0.4571	1.9117	0.0835	0.1356	-0.1977	-0.13	-0.1975	0.2496	0.0514	-0.3485	0.114	0.2271	0.0065	0.0166	0.2857	-0.0262	0.1329	24.899	-14.39	24.22
4	3.2805	-0.2552	-0.4486	1.6719	-0.5404	1.8388	0.1034	0.5733	-0.1639	-0.4106	-0.2832	-0.0149	0.0107	-0.2003	0.1797	0.334	0.0435	-0.0025	0.337	-0.1115	0.0753	28.838	-17.565	7.482

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	2 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	110 - 223

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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