PDB-8uda: Crystal Structure of Mu class Glutathione-S-Transferase, TuGSTm12...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8uda

タイトル

Crystal Structure of Mu class Glutathione-S-Transferase, TuGSTm12(Tetur05g05300) from Tetranychus urticae

要素

Glutathione-S-Transferase

キーワード

TRANSFERASE/SUBSTRATE / Glutathione-S-Transferase / Mu class GST / Tetranychus urticae / TuGSTm12 / TRANSFERASE / TRANSFERASE-SUBSTRATE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Tetranychus urticae (なみはだに)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Khatri, K. / Arriaza, R.H. / Chruszcz, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mu class GST from Tetranychus urticae
著者: Khatri, K. / Arriaza, R.H. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2023年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8uda.cif.gz	246.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8uda.ent.gz	155 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8uda.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/8uda ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/8uda	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8udeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (11) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Glutathione-S-Transferase

B: Glutathione-S-Transferase

ヘテロ分子

53 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.086, 60.086, 472.821
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 2 - 223 / Label seq-ID: 2 - 223

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Glutathione-S-Transferase 分子量: 26275.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tetranychus urticae (なみはだに) 遺伝子: 107360608 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T1K577
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M sodium malonate pH 6.0 and 12% w/v polyethylene glycol 3,350 Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 13059 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 31.2
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 15.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 899 / CC_1/2: 0.753 / CC star: 0.927 / R_pim(I) all: 0.256 / R_rim(I) all: 1.012 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→39.056 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.426

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2709	664	5.159 %
R_work	0.2111	12206	-
all	0.214	-	-
obs	-	12870	93.928 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 107.875 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.314 Å²	0.157 Å²	0 Å²
2-	-	0.314 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.018 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.056 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3528	0	28	5	3561

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	3639
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.283	1.647	4931
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.536	5	442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.87	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.559	10	598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.009	10	168
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	533
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.319	0.2	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.198	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.834	6.948	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.362	10.414	2214
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.272	7.167	1863
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.322	10.635	2717
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.857	133.389	15452
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.12	0.05	7001

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.8-2.872	0.329	49	0.265	936	0.268	985	0.937	0.953	100	0.245
2.872-2.951	0.3	44	0.276	872	0.277	916	0.931	0.94	100	0.255
2.951-3.036	0.372	43	0.276	888	0.281	931	0.895	0.942	100	0.255
3.036-3.128	0.31	50	0.262	849	0.265	899	0.934	0.948	100	0.233
3.128-3.23	0.411	48	0.284	809	0.291	857	0.858	0.938	100	0.254
3.23-3.343	0.386	46	0.27	823	0.277	877	0.852	0.945	99.0878	0.246
3.343-3.468	0.309	45	0.263	745	0.266	798	0.922	0.948	98.9975	0.236
3.468-3.609	0.3	40	0.24	726	0.243	791	0.942	0.957	96.8394	0.215
3.609-3.768	0.291	33	0.246	682	0.249	774	0.935	0.953	92.3773	0.226
3.768-3.95	0.245	36	0.213	629	0.215	720	0.947	0.964	92.3611	0.198
3.95-4.161	0.25	38	0.175	563	0.18	705	0.953	0.977	85.2482	0.163
4.161-4.41	0.239	30	0.187	513	0.189	674	0.957	0.972	80.5638	0.181
4.41-4.71	0.254	18	0.184	447	0.187	634	0.962	0.974	73.3438	0.193
4.71-5.082	0.309	25	0.191	453	0.197	601	0.935	0.974	79.5341	0.196
5.082-5.557	0.347	24	0.227	471	0.233	553	0.907	0.964	89.5117	0.231
5.557-6.198	0.265	28	0.233	462	0.235	518	0.941	0.964	94.5946	0.248
6.198-7.126	0.214	27	0.192	418	0.194	462	0.973	0.975	96.3204	0.197
7.126-8.656	0.27	15	0.161	392	0.164	423	0.969	0.984	96.2175	0.189
8.656-11.952	0.129	13	0.145	308	0.144	338	0.996	0.986	94.9704	0.171
11.952-39.056	0.292	12	0.239	216	0.242	232	0.98	0.962	98.2759	0.299

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3452	0.3863	-0.8899	3.9341	-0.6226	3.225	-0.0047	-0.4585	0.0469	0.5416	-0.093	0.6485	-0.2633	-0.1521	0.0976	0.1846	0.044	0.0286	0.1938	0.0293	0.4405	-1.93	33.2	19.102
2	4.0316	-0.7228	-0.5078	3.0855	0.0359	3.6794	-0.0493	-0.3722	0.2295	0.2326	0.1272	-0.1856	-0.5172	0.6433	-0.078	0.1902	-0.0919	-0.0708	0.1707	0.0309	0.4852	13.527	38.701	11.748
3	4.9749	-0.6906	-1.6472	1.435	-0.428	2.673	-0.2151	-0.6744	-0.7627	-0.1092	-0.0452	0.2083	0.4292	0.4903	0.2603	0.2021	0.0823	0.0893	0.1466	0.1357	0.5948	14.415	14.196	15.335
4	5.1416	-1.1625	-0.7	2.21	1.383	4.3736	-0.5841	-1.8949	-1.3898	0.1718	0.2872	0.1891	0.511	0.2789	0.2968	0.3654	0.2094	0.2299	0.7139	0.5396	0.6677	8.596	12.581	31.053

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	2 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	108 - 223

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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